孙晓晴
- 作品数：13 被引量：17H指数：2
- 供职机构：中国水产科学研究院更多>>
- 发文基金：国家科技基础性工作专项国家自然科学基金中国水产科学研究院基本科研业务费专项基金更多>>
- 相关领域：农业科学医药卫生更多>>
- 利用长测序读段进行全基因组序列补洞的方法
- 本发明公开了利用长测序读段进行全基因组序列补洞的方法，包括如下步骤：步骤一、首先将长测序读段分割为彼此顺次连接的若干个标签片段，然后将若干个标签片段比对到待补洞的全基因组序列上；步骤二、确定出与全基因组序列匹配的标签片段...
- 李炯棠徐桂彩朱锐张研李尚琪孙晓晴
- 一种在鲤EPC细胞中高效瞬时转染质粒的方法
- 本发明公开了用于鲤EPC细胞转染的乳白蛋白载体，乳白蛋白载体为表面修饰有马来酰亚胺的α‑乳白蛋白球型颗粒。本发明还公开了乳白蛋白载体的制备方法，包括：将α‑乳白蛋白通过酶解后以超声重聚的方法使其成为球型颗粒；连接马来酰亚...
- 赵然李炯棠张研王琦李尚琪孙晓晴黄杨美迪崔明姝
- 2个鲤群体(Cyprinus carpio L.)表型生长性状的AI测量与手工测量的相关性分析
- 2024年
- 鱼类形态是人工育种、功能基因定位以及水产养殖和生态学研究的重要种群资源。鲤(Cyprinus carpio L.)是中国重要的养殖淡水鱼类之一,鲤的自然和人工选择导致不同品种间的表型极具多样性。近年来,随着成像技术、计算能力和硬件设备的飞速发展,基于机器视觉的无损测量方法逐渐成为一种高效、可重复批量检测鱼体的方法。本研究旨在检验AI测量对鱼类表型性状测量的准确性。本文选择了表型指数差异显著的元江鲤(Cyprinus carpio yuankiang)和金背鲤(Cyprinus carpio var.Jinbei)2个群体,共计204尾鱼进行研究。针对全长、体长、体高、体厚、头长、尾柄长、尾柄高、吻长、眼径和眼间距共10种线性、圆形和空间性状进行手工测量和AI测量,并进行了比较分析。其结果显示:(1)元江鲤和金背鲤2个群体中,针对10种表型性状的测量,相较于手工测量,AI测量结果整体偏大;在表型指数中,体宽指数(体厚/体长),头长指数(头长/体长)和尾鳍指数(尾柄长/体长)2种测量方法均无显著差异,而2种方法在体深指数(体高/体长)结果中,呈现显著差异。(2)元江鲤和金背鲤群体中,对2种测量方法进行相关性和一致性分析,发现针对全长、体长、体高、体厚、头长和眼间距共6种性状,2种方法呈现高度一致性(r>0.85);(3)2种测量方法重复性测量的一致性分析中,发现手工测量和AI测量均呈现较好的一致性(r>0.85),但手工测量的一致性要略高于AI测量。综上所述,AI测量准确度的提升能够加快全长等线性表型性状测量的工作效率和选择育种速度,但对于圆形和空间等表型性状测量的准确度,还需进一步提升。
- 马子尧潘红王开阔陈颖杰曹逸铭孙晓晴张研
- 适用于三代测序技术检测人长链非编码RNA的样品处理方法
- 本发明涉及一种适用于三代测序技术检测人长链非编码RNA的样品处理方法，包括步骤：利用探针‑磁珠法去除人总RNA样品中的核糖体RNA，消除样品内大量核糖体RNA对长链非编码RNA的影响；之后进行RNA聚合酶和rATP条件下...
- 李尚琪李炯棠赵宇杰张研孙晓晴
- 文献传递
- 鲤上皮瘤细胞两种转染试剂的条件优化及应用
- 2024年
- 鲤上皮瘤细胞是常用的鱼类细胞系,广泛使用在各种病毒学和基因功能研究中。利用细胞转染技术在鲤上皮瘤细胞进行基因功能研究时,转染试剂和DNA的剂量以及取样时间没有统一的数据支持。为解决该问题,选取两种常用转染试剂Lipofectamine®2000和FuGENE®HD,分别对荧光蛋白标记的多种质粒进行多配组转染试验,多温度、多时间节点追踪记录转染效率。28℃,以35 mm培养皿铺板,16μL Lipofectamine®2000和4μg DNA在转染后48 h达到最高转染效率(5.92±0.52)%;12μL FuGENE®HD和4μg DNA在转染72 h后转染效率达到(9.81±0.33)%。为验证该条件,构建一个鲤高不饱和脂肪酸合成相关转录因子过氧化物酶体增殖物激活受体蛋白α(PPARα)的EGFP标签载体,该载体利用两种转染试剂分别获得了约4%和约8%的转染效率。以实时荧光定量PCR检测该转录因子对下游脂肪酸去饱和酶2(fads2)基因的转录调控效应,虽然两种转染试剂本身可导致下游基因的上调,但与空载质粒组相比,两种转染试剂高表达转录因子均对下游靶基因产生了转录激活效应。本试验获得了常用转染试剂Lipofectamine®2000和FuGENE®HD在鲤上皮瘤细胞细胞转染时的最适转染试剂和DNA剂量和最优取样时间,并在一转录调控实例中进行了验证,试验结果为后续充分利用鲤上皮瘤细胞进行基因功能研究提供了数据支持,有助于更好地服务于渔业种质资源育种创新。
- 李尚琪徐梓明赵然孙晓晴张研李炯棠
- 鱼类低氧耐受基因及其用途
- 本发明公开了一种具有提高鱼类低氧耐受能力功能的核苷酸序列，所述核苷酸序列的碱基序列如(a)或(b)或(c)或(d)所示：(a)如SEQ ID NO:1所示；(b)如SEQ ID NO:2所示；(c)编码如SEQ ID N...
- 赵紫霞徐鹏张研江炎亮李尚琪孙晓晴
- 中国渔业生物DNA条形码信息平台构建及应用被引量：8
- 2018年
- 构建DNA条形码数据信息系统是规范管理DNA条形码数据和实现数据共享的有效解决方案。项目在采集我国重要渔业生物的凭证标本及相应DNA条形码的基础上,通过统一提交数据的规范格式,实现物种、凭证标本和DNA条形码的三级关联,构建了中国渔业生物DNA条形码信息平台(http://www.fishery-barcode.cn)。该平台数据信息由物种名录数据库、凭证标本数据库和DNA条形码数据库组成,涵盖6020种渔业生物的凭证信息和DNA条形码资源。平台能够提供方便的网络查询,实现未知渔业生物样本的DNA条形码物种鉴定。研究首次构建涵盖我国重要渔业生物的DNA条形码信息平台,通过平台实现国内外数据共享和合作交流,为渔业生物分类、种质资源利用、濒危物种保护和水产品物种物种鉴定提供重要数据资源。
- 李尚琪李炯棠张研孙晓晴柳淑芳庄志猛
- 关键词：渔业生物数据库DNA条形码物种鉴定
- 基于COI和16S rRNA的库页岛马珂蛤遗传多样性和分子系统进化研究被引量：7
- 2018年
- 本研究以库页岛马珂蛤(Pseudocardium sachalinense)为研究对象,讨论COI和16S rRNA两种DNA条形码在贝类的遗传多样性、分子进化和种类鉴定的适用性,并利用两种条形码评估库页岛马珂蛤的遗传多样性。本文在获得库页岛马珂蛤线粒体全基因组的基础上,测序获得库页岛马珂蛤群体的COI和16S rRNA序列,发现COI基因核苷酸多样性为0.00195,高于16S rRNA核苷酸多样性(0.00073)。基于COI基因的单倍型多样性为0.76,大于16S rRNA的单倍型多样性(0.318)。其次,用全线粒体基因组构建8种贝类的系统进化树为参考,发现基于COI和16S rRNA的系统进化树与参考一致,提示这两种条形码片段可用于推断贝类的分子进化关系。最后,分别对马珂蛤科和帘蛤科15属17种贝类的COI基因和16Sr DNA进行序列比较,发现COI基因和16S rRNA的种间遗传距离均是种内距离的62倍。以上结果说明,16S rRNA与COI基因一样,能有效地构建马珂蛤科和帘蛤科的系统发育关系和物种鉴定,但在分析库页岛马珂蛤的遗传多样性时利用COI基因比16S rRNA能发现更多的遗传变异。
- 孙明媛朱锐孙晓晴孙晓晴张研王红伟李炯棠
- 关键词：COIRRNA帘蛤科
- 一种在鲤EPC细胞中高效瞬时转染质粒的方法
- 本发明公开了用于鲤EPC细胞转染的乳白蛋白载体，乳白蛋白载体为表面修饰有马来酰亚胺的α‑乳白蛋白球型颗粒。本发明还公开了乳白蛋白载体的制备方法，包括：将α‑乳白蛋白通过酶解后以超声重聚的方法使其成为球型颗粒；连接马来酰亚...
- 赵然李炯棠张研王琦李尚琪孙晓晴黄杨美迪崔明姝
- 文献传递
- 利用长测序读段进行全基因组序列补洞的方法
- 本发明公开了利用长测序读段进行全基因组序列补洞的方法，包括如下步骤：步骤一、首先将长测序读段分割为彼此顺次连接的若干个标签片段，然后将若干个标签片段比对到待补洞的全基因组序列上；步骤二、确定出与全基因组序列匹配的标签片段...
- 李炯棠徐桂彩朱锐张研李尚琪孙晓晴
- 文献传递
