李炯棠
- 作品数：34 被引量：32H指数：4
- 供职机构：中国水产科学研究院更多>>
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- 相关领域：农业科学生物学医药卫生自动化与计算机技术更多>>
- 利用长测序读段进行全基因组序列补洞的方法
- 本发明公开了利用长测序读段进行全基因组序列补洞的方法，包括如下步骤：步骤一、首先将长测序读段分割为彼此顺次连接的若干个标签片段，然后将若干个标签片段比对到待补洞的全基因组序列上；步骤二、确定出与全基因组序列匹配的标签片段...
- 李炯棠徐桂彩朱锐张研李尚琪孙晓晴
- 利用蛋白质序列构建基因组的方法和装置
- 本发明提供了一种利用蛋白质序列构建基因组的方法和装置。具体地，本发明提供了基于蛋白序列拼接基因组的方法，包括筛选片段化蛋白序列、比对区域在蛋白序列上的排序及筛选、基于最多连接证据的基因组序列拼接筛选、形成新的基因组序列等...
- 李炯棠朱柏翰薛尉
- 文献传递
- 鲤45S rDNA的染色体荧光原位杂交定位被引量：2
- 2012年
- 应用荧光原位杂交技术,通过设计位于5.8S rDNA、18S rDNA和非转录IGS区域的3条探针CAAG1191、CAAG1845和CAAG3602,分别对散鳞镜鲤Cyprinus carpio var.scattered mirror和松浦鲤Cyprinuscarpio Songpu的45S核糖体DNA(ribosomal DNA,rDNA)进行染色体定位及共定位。结果表明:45S rDNA均位于两品种鲤一对近端着丝粒染色体的短臂末端,具有染色体特异性,表明45S rDNA序列的探针能够在鲤细胞遗传学研究中用于标识其所在染色体,并与鲤遗传连锁图谱中长度为227 cM的1号连锁群相对应;两品种鲤的染色体数目均为2n=100,45S rDNA在鲤基因组内仅定位于一对同源染色体,不存在复制位点,证实了鲤基因组在全基因组复制事件之后又经历了重新二倍化过程。
- 赵紫霞邓海霞徐鹏张研李炯棠孙效文
- 关键词：RDNA荧光原位杂交染色体定位
- 鱼类线粒体全基因组DNA扩增
- 本发明提供了鱼类线粒体全基因组DNA扩增。首先本发明提供了鱼类线粒体全基因组DNA扩增的引物对，本发明还提供了利用上述引物组合来扩增鱼类线粒体全基因组DNA的方法。通过本发明提供的扩增方法，能够成功地获得各种鱼类线粒体基...
- 李炯棠薛尉肖贵宝孙效文
- 文献传递
- 鲤两种孕激素受体基因克隆、表达及比较分析被引量：2
- 2019年
- 孕激素受体(Progesterone receptor,Pgr)是介导孕激素调控鱼类性腺发育和生殖细胞成熟的受体。为研究鲤(Cyprinus carpio)2种Pgr时空表达模式和表达分化趋势,采用cDNA末端快速扩增方法克隆两种Pgr基因(Pgr1和Pgr2)。Pgr1和Pgr2的全长cDNA序列分别为2 713 bp和2 730 bp,均编码628个氨基酸。二者核酸和蛋白质一致性分别为91%和90%。这两个基因都含有锌指结构域和核激素受体域同源超家族两个功能域。进化分析将鲤Pgr1和鲫Pgr1聚在一起,鲤Pgr2和鲫Pgr2聚为一支;这两支再与斑马鱼Pgr汇成一支。鲤Pgr1和Pgr2的非同义替换率与同义替换率比值为0.360,表明Pgr1和Pgr2受负选择压力。实时荧光qPCR分析表明,Pgr1和Pgr2在性腺的表达显著高于其他组织,说明二者可能参与性腺发育过程。催产素诱导后,Pgr1和Pgr2在精液和卵细胞的表达量高于受精卵,表明这两种基因与鲤生殖细胞成熟相关。大多数状态下Pgr1表达量显著高于Pgr2,表明Pgr1是介导鲤性腺发育和生殖细胞成熟的主表达基因。
- 朱锐叶雨情王雅欣杨晨茹王红伟孙晓晴张研李尚琪李炯棠
- 关键词：孕激素受体实时荧光定量PCR性腺生殖细胞
- 基于COI和16S rRNA的库页岛马珂蛤遗传多样性和分子系统进化研究被引量：7
- 2018年
- 本研究以库页岛马珂蛤(Pseudocardium sachalinense)为研究对象,讨论COI和16S rRNA两种DNA条形码在贝类的遗传多样性、分子进化和种类鉴定的适用性,并利用两种条形码评估库页岛马珂蛤的遗传多样性。本文在获得库页岛马珂蛤线粒体全基因组的基础上,测序获得库页岛马珂蛤群体的COI和16S rRNA序列,发现COI基因核苷酸多样性为0.00195,高于16S rRNA核苷酸多样性(0.00073)。基于COI基因的单倍型多样性为0.76,大于16S rRNA的单倍型多样性(0.318)。其次,用全线粒体基因组构建8种贝类的系统进化树为参考,发现基于COI和16S rRNA的系统进化树与参考一致,提示这两种条形码片段可用于推断贝类的分子进化关系。最后,分别对马珂蛤科和帘蛤科15属17种贝类的COI基因和16Sr DNA进行序列比较,发现COI基因和16S rRNA的种间遗传距离均是种内距离的62倍。以上结果说明,16S rRNA与COI基因一样,能有效地构建马珂蛤科和帘蛤科的系统发育关系和物种鉴定,但在分析库页岛马珂蛤的遗传多样性时利用COI基因比16S rRNA能发现更多的遗传变异。
- 孙明媛朱锐孙晓晴孙晓晴张研王红伟李炯棠
- 关键词：COIRRNA帘蛤科
- 利用长转录组测序结果装配基因组的方法及装置
- 本发明涉及一种利用长转录组测序结果装配基因组的方法及装置，该方法是将同一物种的转录组测序读段与基因组片段进行比对，去除仅比对到1个基因组片段的转录组测序读段，对保留下来的转录组测序读段上的查询区段以规定条件进行筛选，然后...
- 李炯棠薛尉汪金兔祝雅萍孙效文
- 文献传递
- 锦鲤Hepcidin基因的克隆及其组织特异性表达分析（英文）
- 2017年
- 【目的】克隆锦鲤Hepcidin全长c DNA序列(k-hepc),并获得此基因在鱼体内的表达模式。【方法】利用RT-PCR和RACE PCR的方法,从锦鲤肝脏中克隆锦鲤Hepcidin的全长c DNA,进行序列测定和分析;锦鲤经肌肉注射维氏气单胞菌0、4、8、12、24和48 h后,分别取其肝、脾、肾、肠、脑、心、肌肉和鳃组织,采用实时荧光定量PCR的方法,以β-actin为内参基因,检测k-hepc基因的表达量。【结果】锦鲤抗菌肽(Gen Bank登录号KC795559)全长755 bp,编码序列276 bp,编码91个氨基酸,包括信号肽、原肽和成熟肽,成熟肽C端含有8个半胱氨酸,可形成4个分子内二硫键。与已报道的普通鲤鱼Hepcidin氨基酸序列的一致性为93%,与其他鱼类Hepcidin氨基酸序列的一致性为29%-93%。在本研究所检测的正常锦鲤的组织中,k-hepc均有表达,其中在肝组织中表达量最高,鳃组织中表达量最低。经维氏气单胞菌感染后,k-hepc在肝和心组织中的表达量明显增加,在其余组织中变化不显著。【结论】k-hepc编码的蛋白是Hepcidin家族的成员之一。锦鲤Hepcidin的表达主要受内在调节因素影响。
- 马志宏姜娜邢薇李铁梁袁丁李文通李炯棠罗琳
- 关键词：HEPCIDIN锦鲤克隆基因表达
- 鱼类线粒体全基因组DNA扩增
- 本发明提供了鱼类线粒体全基因组DNA扩增。首先本发明提供了鱼类线粒体全基因组DNA扩增的引物对，本发明还提供了利用上述引物组合来扩增鱼类线粒体全基因组DNA的方法。通过本发明提供的扩增方法，能够成功地获得各种鱼类线粒体基...
- 李炯棠薛尉肖贵宝孙效文
- 文献传递
- 红白锦鲤单色和多色分选装置及其使用方法
- 本发明公开了红白锦鲤单色和多色分选装置及其使用方法，装置包括：安装框架；漏鱼管道，其设置在安装框架上，漏鱼管道的上部具有取像区，下部设置有一个开口，开口处设置有漏鱼板，漏鱼板倾斜设置，且其上端与所述漏鱼管道转动连接；驱动...
- 李炯棠王琦张研陈颖杰王开阔赵然曹逸铭侯明喜龚方袁伟李旭东
