Human bocavirus,which was firstly discovered in 2005,is a new human parvovirus associated with lower respiratory tract infection in children.In this study,a human bocavirus,named WLL-1 isolate,was identified in Wenlin County, Zhejiang Province.The genome of bocavirus WLL-1 has been sequenced and analyzed.Phylogenetic analyses showed that WLL-1 shares 99% homology with other bocaviruses recently reported,but also has some special variations.
目的对分离的人博卡病毒WLL-1株进行全基因组测序和生物信息学分析。方法运用NCBI提供的blastp分析各编码蛋白质的同源性;用SIB提供的ProtParam和ScanProsite推测计算蛋白质的各种物理特性参数。蛋白进行结构域分析采用SIB提供的ScanProsite。对具有同源序列和无同源序列的蛋白分别采用SwissProt和Scratch Protein Predictor预测其三级结构。蛋白质功能分析采用CBS Prediction Servers提供的ProtFun软件。结果WLL-1病毒株与其它微小病毒不存在亲缘关系,与目前报道的其他几株人博卡病毒有高度同源的基因组序列。WLL-1病毒株与其它已报道的病毒株有一定的进化距离,具有一些独特的突变位点。在NS1蛋白中发现调节DNA复制的超家族3结构域,在衣壳蛋白VP1、VP2中发现了在病毒的自组装中起重要作用的"β桶"拓扑基序。发现NP1蛋白具有多个N-糖基化及磷酸化修饰位点。结论经基因顺序分离病毒为人博卡病毒,这些位点参与病毒基因的翻译调控。
