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南方医科大学基础医学院生物信息学系: 作品数：12 被引量：42H指数：4; 相关作者：钟胜河王文辉更多>>; 发文基金：广东省科技计划工业攻关项目国家自然科学基金广州市科技计划项目更多>>; 相关领域：医药卫生自动化与计算机技术电子电信生物学更多>>

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基于胸阻抗的人体肺功能参数测量方法被引量：3: 2013年; 目的研制一种基于人体胸阻抗变化的测量,获取人体肺功能参数的新方法。方法基于生物阻抗法研究用力呼吸过程中胸阻抗的变化与肺功能参数值的关系,研制了胸阻抗测量仪实验样机,分别采用所研制的实验样机和基于传统流量计进行肺功能测量的MIR公司的spirolabⅢ肺功能仪,对10例健康人进行对比实验,所测肺功能参数包括:用力肺活量、一秒率和峰值流量。结果所测数据均落于其均值的正负两倍标准差范围之内因为两种方法具有较好的一致性。结论基于生物阻抗法研制的实验样机所测肺功能参数与市售肺功能仪(基于流量计测量方法)的测量结果有较好的一致性。; 杨建明钟胜河梁妃学郭劲松李伟龙李金明; 关键词：胸阻抗用力肺活量

简谈混合式教学在《生物信息学导论》课程中的教学实践: 2023年; 混合式教学是指将网络在线教学与传统课堂教学有机结合的一种“线上”+“线下”的教学模式,本项目在南方医科大学开设的《生物信息学导论》课程中进行混合式教学教改实践研究。结果表明:利用优质在线教学资源开展线上教学实现高效传递知识,在此基础上线下案例分析和翻转实践内化知识实现创新,配合线上和线下、过程与结果相结合的多途径课程考核方式,能实现有效提高本科教学质量效果。; 郭艳芳余光创贺莎王倩雯; 关键词：混合式教学教学实践案例分析

非负矩阵分解在微阵列数据分类和聚类发现中的应用被引量：5: 2014年; 基因芯片是微阵列技术的典型代表,它具有高通量的特性和同时检测全部基因组基因表达水平的能力。应用微阵列芯片的一个主要目的是基因表达模式的发现,即在基因组水平发现功能相似,生物学过程相关的基因簇;或者将样本分类,发现样本的各种亚型。例如根据基因表达水平对癌症样本进行分类,发现疾病的分子亚型。非负矩阵分解NMF方法是一种非监督的、非正交的、基于局部表示的矩阵分解方法。近年来这种方法被越来越多地应用在微阵列数据的分类分析和聚类发现中。系统地介绍了非负矩阵分解的原理、算法和应用,分解结果的生物学解释,分类结果的质量评估和基于NMF算法的分类软件。总结并评估了NMF方法在微阵列数据分类和聚类发现应用中的表现。; 任重鲁李金明; 关键词：非负矩阵分解微阵列数据

组蛋白赖氨酸去甲基化酶家族在膀胱癌中的表达模式及其潜在作用:基于多组学分析: 2022年; 目的探讨19个组蛋白赖氨酸去甲基化酶(KDMs)在膀胱癌多组学中的表达模式与潜在作用。方法本研究使用UALCAN和GSCALite分析来自TCGA的膀胱癌样本的KDMs的转录表达和甲基化水平、体细胞变异多组学高通量测序数据。使用Kaplan Meier-Plotter和Assistant for clinical bioinformatics探讨KDMs的表达对BLCA样本的预后影响。利用Timer和GSCALite分析KDMs在膀胱癌中的免疫浸润和药物敏感性。结果分析结果首先揭示了KDMs在膀胱癌多组学中的表达特征,并不是所有KDMs都具有一致的表达模式。转录组数据分析显示KDM1A/1B/2B/4A/4B/5B/5C的表达上调(P<0.05),而KDM3B/6B/7C的表达下调。甲基化水平差异分析显示KDM1A/3B/4A/4B/4C/5A/5B/5C/7B的甲基化水平下调,而KDM7C甲基化水平上调(P<0.05)。相关性分析显示,14个KDMs家族成员的转录水平与甲基化水平呈负相关,其中KDM1A最显著。突变分析显示,KDM6A非同义突变频率最高,突变种类最多,且与其它KDMs的非同义突变具有互补性。生存分析显示,KDM3A/4C/5D/6A/7B对BLCA患者总生存率具有保护性作用,而KDM3B/5B/5C对BLCA患者无复发生存率具有危险性影响。综合预后模型证实KDM4C/6A/7B具有膀胱癌预后生物标志物的潜在作用,其表达与BLCA患者免疫浸润呈正相关。药物敏感性分析显示,KDM2B/3B/4B/4C/5A与大多数抗癌药物呈负相关,而KDM2B/4B与6种抗癌药物呈正相关(P<0.05)。结论本研究系统性地揭示了KDMs基因家族在膀胱癌中的高突变互补性、过表达与低甲基化负相关性的特征,并与膀胱癌预后、免疫浸润和药物敏感性密切相关。; 付小聪余光创郭艳芳; 关键词：膀胱癌

Z-DNA与人类疾病: 2014年; Z-DNA在1979年被Rich等人发现,它处于高能状态而不稳定,不同于传统的B-DNA,Z-DNA以其特殊的构象和重要生物学功能越来越受到人们关注,与其作用相关的Z-DNA结合蛋白也备受关注。Z-DNA有其特殊的序列和形成条件,其重要生物学功能也逐渐被揭开面纱,在基因调控、肿瘤发生与病毒感染中都有重要作用。; 周文琪陈诗哲马天骏李金明郭艳芳; 关键词：Z-DNA 人类疾病基因调控

基于公共网络远程诊断系统的研究被引量：2: 2013年; 目的:构建一种远程家庭医疗模式,使更多老弱病残人群在家中得到有效的监护。方法:研制一种基于3G网络和Internet网络的社区远程诊断系统,将测量得到的生理参数通过网络传送到数据库,医生在其终端通过访问数据库进行会诊,然后向用户反馈意见。结果:该系统可满足社区或家庭的常规生理参数检查。结论:该系统可以作为远程家庭医疗的有效平台,能为患者提供更好的家庭监护。; 钟胜河杨建明郭劲松邓亲恺梁妃学; 关键词：公共网络远程诊断系统远程医疗

整合卵巢癌染色体拷贝数变异与差异表达基因的生物信息学分析被引量：5: 2014年; 目的从分子的遗传变异和表达水平综合探讨卵巢癌的发病机制,为临床诊疗提供新思路。方法从TCGA数据门户上下载大样本的高浆液性卵巢癌DNA拷贝数数据和mRNA表达数据,使用GISTIC对拷贝数变异进行分析,利用SAM软件包samr筛选差异表达基因;并利用GSEA等工具进行生物信息学分析。结果 GISTIC发现45个拷贝数扩增区域;SAM和Fisher's exact test发现拷贝数扩增区域中有40个拷贝数变异的基因能引起表达差异;GSEA富集分析发现这些拷贝数变异基因主要富集在多个有关癌症基因集的研究报告中。结论利用生物信息学方法综合分析拷贝数变异数据和基因表达数据,能充分有效地获取信息,为确定卵巢癌的早期诊断和治疗靶点提供新的思路。; 邓祯祥王文辉李金明; 关键词：卵巢癌拷贝数变异基因差异表达

PBL教学法在医学生物信息学实践教学中的应用被引量：11: 2011年; 实践教学是医学生物信息学课程的最重要的特点,改进实践教学方法是提高本课程教学质量的重要途径。探讨了在医学生物信息学实践课程中结合"基于问题的学习"(PBL)的教学思路与方法,为完善医学生物信息学教学提供参考。; 郭艳芳李金明; 关键词：生物信息学实践教学 PBL教学法

基于生理信号的精神疲劳评估被引量：15: 2012年; 目的通过非介入式的生理参数的监测,评估精神疲劳。方法根据实验对象的反应时间在反应时测试实验过程中伴随疲劳而发生的变化,记录14例实验对象疲劳过程前后的皮肤电活动、心率、心率变异性3组生理参数,并进行统计分析。结果人体清醒和精神疲劳状态下的平均皮肤电导水平、平均心率、总功率密度、极低频功率密度占总功率密度百分比、高频功率密度占总功率密度百分比均有显著性差异。结论通过监测皮肤电活动、心率和心率变异性等生理参数对人体精神疲劳进行评估的方法具有无创、有效和实用的特点,有较好的运用前景。; 夏岚王见荣梁妃学李伟龙郭劲松邓亲恺; 关键词：心率心率变异性

基因的单核苷酸多态性与乳腺癌关系的研究进展被引量：1: 2014年; 乳腺癌是女性发病率最高的恶性肿瘤,具有家族聚集性,其发生发展是一个复杂的过程,涉及多种不同基因的相互作用和相互调控。随着基因技术和分子生物技术的飞速发展,许多基因被揭示在乳腺癌的发生发展中起关键作用,如BRCA、FGFR、ATM、ZNF365、Pokemon基因等。基于流行病学研究,这些易感基因可被分为高外显率易感基因和低外显率易感基因,其多态性对乳腺癌具有重要的影响。对乳腺癌易感基因的研究有助于阐明乳腺癌的发生机制、发展过程,对其早期诊断、预后判断和良恶性鉴别也有着重要的意义,可为乳腺癌的临床生物基因靶向治疗提供新的靶点和理论基础。本文主要对这些基因的单核苷酸多态性与乳腺癌关系的研究进展进行了综述。; 陈诗哲马天骏周文琪李金明郭艳芳; 关键词：单核苷酸多态性乳腺癌 BRCA FGFR ATM POKEMON

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