吴蔚
- 作品数：2 被引量：12H指数：1
- 供职机构：南京师范大学生命科学学院更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金江苏高校优势学科建设工程资助项目更多>>
- 相关领域：生物学更多>>
- 应用非序列联配方法对哺乳动物系统发育关系的探讨
- 2018年
- 非序列联配的序列分析方法,将序列中特定寡聚核苷酸的kmer统计频率作为特征,在序列间按特征进行比较和分析。这种方法综合考虑了所有变异类型对序列整体特征的影响,因而在组学数据分析上有独特的优势。但是,这类方法在复杂多细胞生物基因组系统发育中的适用性仍然有待检验。在本文中,我们使用基于非序列联配方法的CVTree软件,以45种哺乳动物的蛋白质组数据建立了系统发育关系NJ树,并据此探讨了哺乳动物系统发育的若干问题。在广受关注的真兽下纲四个总目的关系问题上,CVTree支持形态学的普遍结论即上兽类(Epitheria)假说。这与基于序列联配方法支持的外非洲胎盘类(Exafro-placentalia)假说不同。在哺乳动物内部目的层次上,CVTree树的结论与分子和形态所普遍接受的系统发育关系基本一致。但是在目的内部,CVTree树会有较多的差异。研究结果初步显示非序列联配方法在使用复杂多细胞生物的组学数据进行系统发育关系分析中的可行性。对非序列联配方法自身的改进及其与传统基于取代的序列联配方法之间的比较仍有待深入研究。
- 吴蔚张梦洁朱立峰吴琦
- 关键词：哺乳动物系统发育关系
- 雉科鸟类肠道微生物的多样性与功能及其对食性的适应被引量：12
- 2016年
- 肠道菌群对动物的生命活动有着极其重要的影响.本研究利用高通量测序手段,对雉科(Phasianidae)鸟类粪便进行16S r RNA基因测序,并结合其自身的杂食性饮食结构,探究了雉科鸟类肠道菌群的情况,共得到189 860条有效序列并定义4 305个OTU(Operational Taxonomic Unit).结果发现雉科鸟类肠道菌群中变形菌门的相对丰度高于许多已知的其他鸟类.尽管食性相同,但雉科鸟类肠道菌群依然存在部分分化的现象,说明宿主系统发生地位对肠道菌群结构起到了重要的作用.不仅如此,更深入的宏基因组研究显示,雉科肠道菌群功能中,分解雉科摄入的有害物质的通路被富集,以此来确保雉科鸟类的正常生命活动.
- 沈佳斌张雪敬吴蔚胡婉婷张成林朱立峰
- 关键词：肠道菌群雉科
