生物医学文献信息抽取对充分挖掘利用生物医学领域取得的重要成果,促进生物医学的进一步发展具有重要意义。本文针对生物医学缩略语的分析理解问题,提出了基于加权投票K—近邻法的生物医学缩略语消歧算法。该算法基于"One Sense Per Discourse"假设自动生成带类标实例数据,消歧特征选用能表达文本主题的全局特征词,分类算法采用加权投票K—近邻法。在包含177762篇Medline摘要的真实语料上进行的实验表明,本文所提出的算法明显优于相关工作中的算法。此外,实验还表明,对于缩略语消歧,加权投票K—近邻法与经典K—近邻法相比,不但具有高的预测准确率,而且性能更加稳定。
在生物信息学领域内生物医学命名实体识别(Bio-NER)是生物医学文献挖掘、利用的基础工作,由于实体边界识别的困难导致目前Bio-NER效率较低,因此提出了基于感知器的实体边界识别算法,该算法采用随机梯度下降算法训练权重,利用token过滤器、n-gram模型及实体过滤器实现生物医学命名实体边界识别。在GENIA corpus 3.02语料库上进行的实验表明,该算法可以达到71.5%的准确率和79.2%的召回率,与相关工作相比均有一定提高。另外算法相对简单,识别算法速度较快,易在生产中应用。