李晓园
- 作品数：2 被引量：3H指数：1
- 供职机构：西北工业大学计算机学院更多>>
- 发文基金：国家重点基础研究发展计划更多>>
- 相关领域：自动化与计算机技术更多>>
- 一种基于蛋白质交互网络链接预测的新方法被引量：3
- 2012年
- 当前可用的生物数据在不断地迅速增长,仍有很多生物信息如蛋白质交互信息(protein-protein interac-tion,PPI)还未被发现,而这些潜在的或未知的信息对生物过程的研究是至关重要的。近年来,对未知生物信息的挖掘和研究吸引了很多人的关注。通过实验检测方法来发现这些信息是非常耗时耗力的,所以链接预测成为一种新的挖掘这些信息的指导方法。基于蛋白质交互网络并融合了基因表达数据信息,从拓扑和基因表达两个方面的信息来构建PPI权值网络,提出了一种在权值网络中基于相似度比较的链接预测的新方法来预测PPI网络中未知的交互信息。使用MIPS数据库评估了实验结果,表明了该算法有很好的准确率和良好的性能。
- 李晶尚学群郭阳李晓园
- 关键词：链接预测剪枝
- 从基因表达数据中有效挖掘差异共表达双聚类——DiCluster算法被引量：1
- 2012年
- 双聚类是一种可以同时在基因和条件两个维度上分析基因表达数据的方法,它可以找出在部分条件下具有相似表达趋势的基因。已有的方法都是从一个数据集中挖掘双聚类。从生物意义上分析,从不同基因表达数据集中挖掘差异表达双聚类可以发现具有生物意义的转录因子等信息。因此,提出一种挖掘不同数据集上差异共表达双聚类的算法——DiCluster。该算法采用深度优先基因扩展方法,并引入了剪枝策略,有效挖掘最大差异表达双聚类。实验结果表明,DiCluster不仅比已有算法具有更高的效率,而且挖掘出的结果具有更好的统计学和生物学意义。
- 李晓园尚学群王淼
- 关键词：基因表达数据
