周贺
- 作品数：2 被引量：19H指数：2
- 供职机构：南京农业大学园艺学院更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金江苏省农业科技自主创新基金更多>>
- 相关领域：农业科学生物学更多>>
- ‘黄花’梨及其芽变‘绿黄花’梨HHT基因克隆与表达分析被引量：6
- 2016年
- 该试验以砂梨品种‘黄花’梨（果皮褐色）及其芽变‘绿黄花’梨（果皮绿色）盛花后第8周的果皮为试材,利用常规PCR和巢式PCR技术克隆了ω-羟基棕榈酸O-阿魏酰转移酶（ω-hydroxypalmitate O-feruloyl transferase,HHT）基因cDNA的全长,命名为PpyHHT（登录号为KX131155）。序列分析结果表明,该基因开放阅读框（ORF）为1 335bp,编码444个氨基酸。生物信息学分析显示,推定的PpyHHT蛋白质相对分子质量为49.91kD,等电点是4.75,与白梨相似性高达98%,亲缘关系最近。实时荧光定量PCR（qRT-PCR）表达分析显示,2种梨果皮中PpyHHT基因在盛花后6～9周的4个转色关键期表达量不断变化,在‘黄花’梨果皮中的表达量明显高于‘绿黄花’梨。推测PpyHHT基因可能参与砂梨果实褐色/绿色性状的形成。
- 吕照清任丹丹周贺乔玉山
- 关键词：砂梨克隆生物信息学基因表达
- 砂梨果皮转录组SNP位点发掘及其功能注释分析被引量：13
- 2014年
- 从褐色砂梨品种‘黄花’(Pyrus pyrifolia Nakai‘Huanghua’)色泽形成期的果皮转录组数据开发SNP分子标记。检测了75764条unigene(总长度55676271bp)序列信息后,在25589条unigene(33.77%)中共发现SNP位点162048个,SNP发生频率为1/344bp,其中转换(transition)102342个,颠换(transversion)59706个。在所有变异类型中,A/G和C/T发生频率最高,分别达31.66%和31.50%。为进一步对得到的SNP所在基因功能进行分析,将包含SNP位点的25589条unigene序列注释到GenBank Nr蛋白数据库、Nt核苷酸数据库和Swiss-prot数据库中,并对其进行GO分类、COG分类注释和代谢通路注释(KEGG pathway),结合已有研究,筛选到1178个可能与果皮色泽形成相关的SNP标记。
- 周贺李浩男蔡斌华乔玉山
- 关键词：转录组功能注释
