郭锋彪
- 作品数：5 被引量：3H指数：1
- 供职机构：电子科技大学生命科学与技术学院更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金中央高校基本科研业务费专项资金更多>>
- 相关领域：生物学医药卫生更多>>
- 新洋葱伯克霍尔德氏菌AU-1054菌株的三条染色体上必需基因的异常分布
- 绝大部分细菌基因组只包含一条染色体，极少数细菌包含两条甚至三条染色体。Burkholderia是一类格蓝氏阴性的，无孢予的beta变形菌，包括40多个菌种。在Burkholderia菌属中，Bcc由至少9种遗传差异很大但...
- 郭锋彪宁绿文黄健林昊张会雄
- 关键词：染色体必需基因基因异常
- 基于Z曲线方法重新注释脑膜炎奈瑟菌MC58株基因组被引量：1
- 2011年
- 已测序的微生物基因组中包含的注释开放阅读框(open reading frames,ORFs)可以分为两大类:第一类对应于功能已知的蛋白质编码基因;第二类则为功能未知的假设ORFs,其中通常有一部分实际上不编码蛋白质。采用基于Z曲线的方法从属于第一类的功能已知基因出发训练参数,进而确定第二类ORFs中非编码的部分。通过支持向量机的学习及分类,结果显示十重交叉检验平均正确率为98.45%,说明Z曲线联合支持向量机是一种高度准确的基因识别方法。最终,确定216个假设ORFs实际上不编码蛋白质。通过采用Blastp进行序列比对,保留的假设ORFs中有341个在高可靠性的条件下获得了功能信息。根据蛋白质直系同源簇方法进行功能分类,分别有30、53、59和159个新注释的假设ORFs属于信息储存和加工类、细胞加工和信号传递类、新陈代谢类和特征不明显类。另外还有70个不属于其中的任何一类。注释结果比RefSeq及GenBank提供的原注释更加准确,更加完整。
- 魏闻郭锋彪吴映辉
- 关键词：支持向量机
- 新洋葱伯克霍尔德氏菌AU-1054菌株的三条染色体上必需基因的异常分布
- 绝大部分细菌基因组只包含一条染色体,极少数细菌包含两条甚至三条染色体。在(GenBank数据库中储存的已经完全测序的1000种细菌种,有11个基因组具有三条染色体。这11个菌株属于同一个属(伯霍尔德杆菌,Burkhold...
- 郭锋彪宁绿文黄健林昊张会雄
- 关键词：染色体转位必需基因
- 文献传递
- 微生物必需基因的理论研究现状被引量：2
- 2012年
- 必需基因是生物体在优化条件下生长不可缺少的基因。近年来,对必需基因的研究已逐渐成为微生物学、基因组学和生物信息学研究领域的热点。文章首先描述了已经实验确定必需基因的微生物物种。然后,对必需基因的理论研究现状进行了综述。从进化保守性和序列组成两方面比较必需基因和非必需基因的差异,到必需基因的理论预测及必需基因在染色体上的分布等。最后,对这一重要研究领域的进展进行了总结和展望。
- 叶远浓郭锋彪
- 关键词：必需基因
- 强烈的复制链组成偏差——某些专性寄生(共生)菌特有的基因组学特征
- 2011年
- DNA复制是一个不对称的过程。不对称的一个体现是复制链分为前导链和滞后链,前者连续复制而后者的复制却不连续。这种不对称最终导致两条链上核酸组成的不对称。链特异的核酸组成偏差最先发现于棘皮类动物和脊椎动物的线粒体DNA上。随着全基因组的大量测序,越来越多的细菌被发现具有类似的链特异的核酸组成偏差,甚至很多真核生物的染色体基因组也被发现具有类似偏差。在某些细菌中,链特异的组成偏差强烈到足以使前导链和滞后链的基因间具有分离的密码子使用。至今,共有11种细菌被发现具有和复制相关的分离的密码子使用。这11种细菌无一例外都属于专性寄生(共生)菌。对于链组成偏差产生的内在机制以及特定细菌具有强烈链组成偏差的成因,目前学术界尚没有统一的理论解释。文章对这一遗传学及基因组学的重要问题进行了综述和展望。
- 郭锋彪
