龚超文
- 作品数：2 被引量：4H指数：1
- 供职机构：上海海洋大学食品学院更多>>
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- 噬病毒体启动子模体的初步预测分析
- 2015年
- 噬病毒体作为遗传信息的承载者和传播者,在生态系统中有着举足轻重的作用。为了探索噬病毒体以及噬病毒体与其宿主巨病毒间的调控模式和进化关系,本文基于MEME启动子预测分析工具,对噬病毒体ORF上游部分序列(包括起始密码子ATG)中的启动子模体进行了预测分析。依据预测得到的启动子模体E值和在基因组上的位置、数量和长度等信息,共得到17个潜在的启动子模体。sputnik的模体2和zamilon的模体2都存在一个富含AT的区域,广泛分布在基因组上,可能调控大部分ORF的表达;mavirus启动子模体中存在TCTA盒子,而ALM启动子模体中存在ATCT盒子,这两个模体可能为后期启动子模体;OLV的模体2、YSLV1和2的模体3、YSLV3的模体1以及YSLV4的模体1和2都存在富含AT的区域,广泛存在各基因组上,为各噬病毒体的潜在启动子模体。该结果为进一步研究噬病毒体ORF的表达时序及其与宿主巨病毒之间的协同调控表达奠定了一定的理论基础。
- 龚超文周雪雯潘迎捷王永杰
- 洋山深水港海域表层海水中古菌多样性特点被引量：4
- 2014年
- 利用DGGE、定量PCR以及16S rRNA基因克隆文库技术对洋山深水港海域表层海水中的古菌多样性组成进行了调查和分析.通过Quantity One软件分析不同样品的DGGE图谱,发现洋山深水港3个不同海域（小洋山港口区、大洋山港口区、中间航道）的古菌群落多样性组成不存在明显的区别;利用定量PCR的方法对3个不同样品中的古菌16S rRNA基因拷贝进行计数,发现3个不同海域的古菌16S rRNA基因拷贝数的数量关系为：大洋山海域（（1.69±0.19）×106 copies/mL）＜中间航道（（2.17±0.20）×106 copies/mL）＜小洋山港口区（（2.42±0.22）× 106 copies/mL）,这说明洋山深水港3个不同海域的古菌群落组成是一致的,只是在数量上略有差异,为对该海域古菌的更深入调查研究提供了便利和数据基础.洋山深水港海域表层海水的古菌16S rRNA基因文库分析表明,古菌由三大门类组成：广古菌门（Euryarchaeota）、泉古菌门（Crenarchaeota）和奇古菌门（Thaumarchaeota）.广古菌门所占比例约为26.8％,泉古菌门约为33.0％,奇古菌门约为40.2％.广古菌门含有2个类群,分别是Mathanobacteriales（10.3％）和Marine Group Ⅱ（16.5％）;泉古菌门含有1个类群,为Unidentified Crenarchaeotic Group（33.0％）;奇古菌门含有1个类群,为Marine Group Ⅰ （40.2％）.结果显示,Mathanobacteriales类群和Marine Group Ⅱ类群的比例失调,这可能预示着洋山深水港海域存在油污污染及外来微生物物种入侵的风险.
- 孙国伟肖劲洲陈小兵王洪明龚超文潘迎捷王永杰
- 关键词：洋山深水港RRNA基因古菌多样性
