- 良恶性乳腺肿瘤外周血基因差异表达研究被引量：2
- 2016年
- 目的:利用基因表达谱数据,探讨良恶性乳腺肿瘤患者外周血基因表达变化。方法:从GEO数据库中获取良性和恶性乳腺肿瘤患者外周血单个核细胞(PBMCs)表达谱。GEO2R在线工具筛选差异表达基因,DAVID工具富集基因功能和通路。STRING数据库构建差异表达基因蛋白产物相互作用的网络,筛选核心基因。结果:良恶性乳腺肿瘤分别筛选到563和237个差异基因,乳腺癌差异基因涉及白细胞激活、血管生成等生物学过程以及白细胞跨内皮迁移信号通路。IL8、RHOB、ITGB1等为关键基因。结论:良恶性乳腺肿瘤患者外周血基因表达模式存在明显差异,为将外周血作为替代材料应用于乳腺肿瘤的诊断及监测研究开辟了新思路。
- 何浪魏娜郭政王丹
- 关键词：乳腺肿瘤外周血单个核细胞差异表达基因
- 整合组学数据分析乳腺癌细胞与外周免疫系统的交互作用
- 2017年
- 目的探讨乳腺癌上皮细胞与外周血之间的交互作用。方法从GEO数据库中获取乳腺癌上皮细胞及外周血单个核细胞(PBMCs)表达谱。GEO2R在线分析工具筛选差异表达基因,利用Uni Prot和STRING数据库对差异表达基因蛋白产物进行亚细胞定位,筛选乳腺癌细胞分泌蛋白及与其相互作用的PBMCs膜蛋白。Cytoscape软件构建互作网络。使用DAVID在线工具基因功能注释和KEGG通路富集方法对互作分子进行分析。结果共筛选到101对相互作用分子,基因功能主要涉及细胞黏附、细胞迁移、白细胞激活、免疫反应等生物学过程,参与的信号通路主要有细胞外基质—受体相互作用,细胞因子—细胞因子受体相互作用,趋化因子信号通路等。其中FN1、ITGBI、FLT1、COMP、CXCL12为关键蛋白。结论利用生物信息学方法,整合组学数据,能够有效获取信息,为乳腺癌的治疗及预后监测的研究开辟新思路。
- 魏娜王丹何浪
- 关键词：乳腺癌外周血生物信息学
