林魁
- 作品数：7 被引量：13H指数：2
- 供职机构：北京师范大学生命科学学院更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金美国国家自然科学基金北京市自然科学基金更多>>
- 相关领域：农业科学生物学自动化与计算机技术更多>>
- 高等学校生命科学数字化教育环境与平台建设浅析
- 2005年
- 刘建武王英典林魁葛剑平
- 关键词：高校生命科学教育资源教学质量教学模式
- 西瓜基因组框架图绘制与果实品质基因挖掘
- 2016年
- 该研究在西瓜全基因组测序数据基础上,进一步利用Solexa等新一代测序技术开展了具有典型生态类型的西瓜代表性种质资源的全基因组变异分析,完成了西瓜基因组序列精细图谱构建、全基因组的基因功能注释和大规模SNP位点挖掘。以该实验室构建的西瓜97103 X PI296341-FR重组自交系群体,利用基于全基因组精细图谱开发的SSR、In Del和SV标记,构建了西瓜高密度SSR遗传图谱。利用西瓜高密度SSR遗传图谱和标记scaffold定位结果,将234个scaffold锚定到染色体上,scaffold总长度330.4Mb,覆盖了西瓜组装基因组大小的93.5%。对该实验室构建的97103细菌人工染色体（BAC）文库进行末端测序,获得了1664条长度约为800bp的BAC末端序列,对物理染色体进行FISH杂交分析,明确了人工染色体与物理染色体的对应关系。利用高抗枯萎病3个生理小种的西瓜材料PI296341-FR,完成了枯萎病生理小种race1诱导的根系SSH文库测序分析,获得了1 756条unigene,构建了枯萎病菌诱导的西瓜根系转录组表达图谱等。利用全基因组测序构建的西瓜全基因组精细图谱,通过序列比对,对影响果实糖分积累重要基因、影响果肉颜色形成的重要基因、西瓜根系对枯萎病生理小种race1的抗性相关的12个基因进行基因组精细定位,确定了这16基因在西瓜基因组上的精确位置,以及与之紧密连锁的侧翼标记。建立了国际西瓜功能基因组学数据库（International Watermelon Genome Initiative,IWGI）。
- 张海英林魁张明方张建国张永兵
- 关键词：西瓜基因组果实基因
- miRNA与其靶mRNA的相互作用:绑定位点的质量与数量特征的整合计算分析(英文)被引量：5
- 2009年
- miRNAs通过完全或不完全的碱基互补绑定到信使RNA(mRNA)上,通过抑制翻译或者直接导致mRNA降解的方式来调节靶基因的表达.为了研究miRNAs在转录水平上面的调控作用,两种人类基因组中组织特异的miRNAs(miR-1和miR-124)被转染到HeLa细胞中,微阵列(microarray)分析转染前后细胞中各基因mRNA表达水平变化情况的结果表明:动物基因组中靶基因与miRNAs不完全的碱基互补也会导致mRNA的直接降解.通过分析实验得到的mRNA表达水平变化数据,发现这相同miRNA的不同靶基因mRNA表达水平的下调倍数有着明显的差别,推测这些靶基因mRNA序列本身存在某些影响其受调节程度的因素.为此,提取和分析这些靶基因mRNA的序列特征,通过对这些序列特征与mRNA表达水平下调数据进行统计相关分析,最终发现,miRNA靶基因受调节的程度与以下几个因素相关联:mRNA序列中miRNA靶位点的个数,靶位点与miRNA序列碱基互补的程度,以及绑定后形成二级结构的稳定程度(即最低自由能的大小).在此基础上,初步建立起一个多因子作用下的miRNA靶基因mRNA表达水平下调程度模型,分析表明:该模型在一定程度上可以反映了部分序列特征对于miRNA靶基因mRNA表达水平下调程度的影响.
- 付聪林魁
- 关键词：MICRORNA靶位点下调
- 基因组分析揭示番茄育种的历史被引量：7
- 2014年
- 番茄（Solanum lycopersicum）适应性广，产量高，营养丰富，风味独特，栽培方式多样，是世界范围内广泛种植的第一大蔬菜作物。2012年全球产量达到1.62亿吨（联合国粮农组织（FAO）统计），产值超过550亿美元。番茄也是植物遗传、发育和生理研究的重要模式系统。番茄起源于南美洲的安第斯山脉，随着人类迁移和驯化逐渐传到中美洲和墨西哥一代，16世纪传到欧洲，在随后的几百年中番茄被传播到世界各地，在这一过程中受到不同的人工选择，产生了丰富的变异类型。番茄果实大小的变化是驯化的一个重要特征，今天人们食用的大果栽培番茄是由野生醋栗番茄（Solanum pimpinellifolium）驯化而来，野生番茄果实非常小，只有1~2g 重，经过人工的长期驯化，现代栽培番茄的果重是其祖先的100多倍。然而，番茄果实变大的人工驯化过程一直未有全面的研究，人类选择如何改变番茄基因组仍是知之甚少。
- 林涛祝光涛张俊红许向阳余庆辉郑铮张忠华伦尧尧李帅王孝宣黄泽军李君明张春芝王涛涛张余洋王傲雪张艳聪林魁李传友熊国胜薛勇彪Andrea MazzucatoMathilde CausseZhangjun FeiJames J.GiovannoniRoger T.ChetelatDani ZamirThomas Stadler李景富叶志彪杜永臣黄三文
- 关键词：栽培番茄基因组分析联合国粮农组织驯化过程育种
- 浅谈微生物基因组的进化研究
- 2008年
- 近十几年来,随着大规模DNA测序技术的飞速发展,今天拥有了包括我们人类自己在内的近千种不同细胞生物的全基因组参考序列.而如何比较分析这么多的基因组数据是生物学家面临的一大挑战。结合我们研究组的一些工作,重点介绍进化生物学家是如何利用这些丰富的基因组数据——特别是原核生物的基因组序列——通过挑选不同的分子标记。计算分析并重建这些系统发育关系,以期帮助人们更好地理解地球生命的起源与进化,生命系统对地球环境变化的作用,以及微生物与人类健康的关系等一系列科学问题。
- 林魁
- 关键词：基因组微生物分子系统发育系统发育基因组学
- 西瓜基因组框架图谱绘制与20份代表性资源重测序研究被引量：1
- 2019年
- 目的与意义:西瓜是一种重要的葫芦科作物,占全世界蔬菜生产面积的7%.经过长期人工选育,西瓜遗传多样性变的十分狭窄,已成为西瓜品种改良的瓶颈.本研究以东亚类型高品质西瓜品种‘97103’为材料进行西瓜全基因组序列分析,并开展20份代表性西瓜资源的基因组重测序分析,以明确西瓜基因组结构和进化历程,阐明果实品质和维管束信号传导等重要生物学过程的分子机制.
- 郭绍贵许勇(编译)许勇孙宏贺Jerome SalseWilliam JLucas张海英张海英毛林勇任毅任毅闵久梦郭晓森Florent MuratByung-Kook Ham张召亮高山黄明云徐益民钟思林钟思林Lukas A Mueller赵泓赵泓何洪巨张忠华张忠华黄三文谭涛庞尔丽林魁匡汉辉倪培相王博刘景安刘景安侯文菊邹小花江姣宫国义宫国义Heiko Schoof黄莹胡雪松董珊珊梁德全王娟吴奎夏阳赵翔郑泽群邢淼梁新明黄邦清吕添王军一尹烨伊鸿平伊鸿平吴明珠吴明珠张兴平James J Giovannoni王俊李云伏王俊
- 关键词：全基因组测序分析西瓜果实品质
- 11.脊椎动物皮层发育相关基因的比较研究--哺乳动物新皮质的进化
- 张江燕席超李臻侯冰曾少举林魁
- 文献传递
