张小丹
- 作品数：5 被引量：6H指数：1
- 供职机构：上海交通大学更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金更多>>
- 相关领域：生物学医药卫生更多>>
- 一种改进的冰冻切片方法及其应用
- 本发明涉及组织样本制备及病理研究领域，具体涉及一种制备组织样品的改进的冰冻切片方法及其应用。本发明改进的冰冻切片方法，包括组织预处理步骤、组织包埋步骤，组织冰冻以及切片步骤，切片步骤后获得冰冻组织切片，并且所述组织预处理...
- 郭妍张小丹邵志峰高维强狄文王酉李青
- 文献传递
- 基于免疫荧光激光显微切割的空间转录组技术研发与应用
- 正常或疾病组织的功能及运行机制都不仅仅只依赖于其组成细胞的表型,还与这些细胞所处的空间位置和细胞周围环境紧密相关。因为组织内局部的细胞相互作用可以触发细胞内的程序改变,进而导致基因表达的变化。然而,由于难以获得空间和表型...
- 张小丹
- 关键词：激光显微切割RNA免疫荧光RNA-SEQ
- 组织中少量细胞的微卫星长度精细分析
- 2016年
- 微卫星是基因组上的特殊短重复序列,微卫星不稳定的程度与一些肿瘤的分型、治疗和预后相关。目前,微卫星长度变化的检测往往是基于大量细胞,检测灵敏度低。本文整合激光显微切割技术,基于多次退火环状循环扩增(multiple annealing and looping-based amplification cycles,MALBAC)的单细胞全基因组放大技术和毛细管电泳长度测量方法,经过关键技术点的改进,建立了一套针对组织中少量细胞的多微卫星位点检测方法。研究结果表明,基于技术改进,HE染色的组织细胞经激光显微切割分选后,可成功用MALBAC技术进行全基因组放大,并在多微卫星位点的检测上,获得了高度的准确性和重复性。利用所建立的方法,发现肠型胃癌早期病变组织-肠上皮化生(intestinal metaplasia,IM)的单个腺体内部出现多种长度变化的微卫星改变,说明该癌前病变组织中DNA错配修复系统已经出现问题。本方法所获得的全基因组放大产物,也可以用于外显子组测序和全基因组测序。另外,该方法适用于任何组织的少量细胞,甚至单细胞的多微卫星位点检测,以及全基因组的研究,为精细研究少量病变细胞的基因组特征以及组织异质性提供了有效的方法。
- 黄阿源周彦程酩张小丹李建芳刘炳亚郭妍
- 关键词：肠上皮化生微卫星激光显微切割
- 空间转录组技术研究进展被引量：6
- 2022年
- 空间转录组技术旨在对细胞的基因表达进行定量测量,同时提供细胞在组织空间的具体位置信息。与传统的转录组技术相比,空间转录组技术能获得细胞在组织生理环境下真实的基因表达特征,以及与微环境的关系,进一步推进对正常和病理状态下细胞特性的理解。近年来,空间转录组技术的发展取得了重要的进展,检测的细胞通量、转录本数量和质量不断提高,空间定位信息更加准确全面。本文总结了四大类不同空间转录组技术的特点和应用,并比较了目前不同空间转录组技术的优缺点。
- 危莹张小丹胡苗苗吴忠琴程酩郭妍
- 关键词：组学技术单细胞
- 基于免疫荧光的高精度空间转录组分析方法和系统
- 本发明提供了基于免疫荧光的高精度空间转录组分析方法和系统。具体地，本发明采用特定的RNA酶抑制剂并优化了激光显微切割等相关技术，从而可以对组织切片中免疫荧光标记鉴定的特定细胞进行高分辨的空间转录组分析。本发明对液氮速冻样...
- 邵志峰张小丹郭妍丹尼尔·恰可夫程酩
