廖建友
- 作品数：6 被引量：1H指数：1
- 供职机构：中山大学孙逸仙纪念医院更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金广东省自然科学基金广东省科技计划工业攻关项目更多>>
- 相关领域：医药卫生生物学更多>>
- 肿瘤U1 snRNA蛋白互作图谱及特征分析被引量：1
- 2023年
- 目的利用CHIRP⁃MS技术系统地鉴定肿瘤细胞中U1 snRNA的互作蛋白,并建立U1 snRNA高通量互作蛋白图谱,研究U1 snRNA在肿瘤细胞中新的生物学功能和分子调控机制。方法通过带生物素标记的U1 snRNA探针捕获与U1 snRNA结合的互作蛋白,并分别取部分样品纯化蛋白和RNA,通过qPCR与跑胶银染确认探针富集效果,然后利用高效液相色谱⁃质谱联用技术鉴定获取的蛋白,最后利用生物信息学的方法进行GO、KEGG、蛋白复合体富集分析和PPI分析。结果我们共鉴定到了135个高可靠的U1 snRNA结合蛋白,其中包括60个已知的和75个新的U1 snRNA结合蛋白。通路富集等生物信息学分析显示U1 snRNA协同调控RNA剪接、胞内运输、定位、端粒和表观遗传等多个生物学过程。蛋白互作网络分析揭示ESWR1等肿瘤相关蛋白可能介导了U1 snRNA的肿瘤调控功能。结论本研究在国际上首次建立了U1 snRNA互作蛋白图谱,揭示了U1 snRNA在肿瘤细胞中的多种生物学功能,为进一步研究U1 snRNA参与肿瘤发生发展以及肿瘤预防和治疗提供了理论基础。
- 田彬杨兵马星宇杨芝芝廖建友
- 关键词：肿瘤
- 5S rRNA互作蛋白组研究揭示5S rRNA参与mRNA剪接调控
- 2019年
- 为系统揭示5SrRNA调控细胞进程的新功能和分子机制,合成了生物素标记探针,利用分子杂交技术特异捕获5SrRBP,并结合高灵敏度质谱技术和生物信息学分析共鉴定出162个5SrRNA互作蛋白。基于ConsensusPathDB和STRING数据库获取蛋白复合体富集信息和构建蛋白与蛋白互作网络,利用GO数据库获取互作蛋白的功能注释,利用KEGG数据库进行通路富集分析。分析结果显示5SrRNA除了与翻译相关蛋白发生互作外,还与大量来自microRNA加工通路、mRNA剪接通路和细胞信号调控通路蛋白有互作。这说明5SrRNA除了具有蛋白质翻译调控功能外,还参与mRNA剪接等过程的调控,为5SrRNA功能和调控机制研究指明了一个新的方向。
- 周祥明杨兵赖巧李乐董军廖建友朱爽
- 高通量互作蛋白组图谱研究揭示U6 snRNA在肿瘤细胞中多维度调控mRNA加工成熟过程
- 2022年
- 目的采用ChIRP技术纯化肿瘤细胞中内源U6 snRNA(简称U6)互作蛋白,结合高灵敏度液相色谱-质谱联用技术对所获得的互作蛋白组进行鉴定,系统揭示U6参与肿瘤细胞中新的生物学功能和分子调控机制。方法合成含生物素标记的U6特异性探针,利用分子杂交技术特异捕获经甲醛交联的内源U6与互作蛋白形成的复合物,并结合高灵敏度质谱分析技术鉴定出U6互作蛋白组。利用生物信息分析手段分析U6在肿瘤细胞中的功能。结果通过严格的筛选本研究最终鉴定到135个特异的内源U6互作蛋白。GO、KEGG、蛋白复合体富集分析和PPI分析显示U6除了与mRNA前体剪接加工等相关蛋白发生相互作用外,还参与了mRNA从产生到转录后调控等一系列生物学过程,包括参与mRNA转录调控、囊泡运输、成熟mRNA的出核转运、mRNA降解、RNA定位、转录后调控等过程。结论我们的研究在国际上首次系统揭示了肿瘤细胞U6的相互作用蛋白组图谱,通过对该图谱的分析表明U6多维度地参与了mRNA生物学发生的全过程调控,为U6参与肿瘤发生发展的功能和机制研究提供了全新的方向和思路。
- 杨芝芝杨兵田彬廖建友
- 关键词：剪接
- 敲低核糖体发生蛋白BRIX1能够抑制三阴乳腺癌细胞的增殖、迁移和侵袭
- 2024年
- 目的探讨核糖体生物发生蛋白BRX1同源物(BRIX1)在三阴乳腺癌(TNBC)中的功能。方法通过GEPIA2数据库分析BRIX1在正常组织和三阴乳腺癌的表达差异;设计两条siRNA并分别转入三阴乳腺癌细胞系HS578T和MDA⁃MB⁃231细胞内沉默BRIX1的表达,利用Western Blot验证BRIX1的敲低效率;使用CCK⁃8和集落克隆形成实验检测敲低BRIX1后细胞的增殖情况,使用Transwell实验检测敲低BRIX1后细胞的侵袭迁移能力;使用MDA⁃MB⁃231细胞,分为三组分别转入siNC、siBRIX1#1、siBRIX1#2后提取细胞的total RNA进行RNA⁃seq检测,进行基因表达差异分析。结果GEPIA2数据库结果显示三阴乳腺癌中高表达BRIX1(P<0.05),在HS578T和MDA⁃MB⁃231细胞内敲低,克隆形成数目减少(P<0.05);cck⁃8检测OD值减弱,证明敲低BRIX1后细胞增殖活性下降;TranswellTM实验显示敲低BRIX1后,乳腺癌侵袭迁移能力减弱;RNA⁃Seq数据进行GO功能富集分析生物学过程(BP),分子功能(MF),细胞组成(CC),最终展示了top10相关性较高的信号通路,结果显示敲低BRIX1后,ERBB⁃ERK信号通路和WNT信号通路被激活,P53信号通路被抑制。结论BRIX1基因敲低后明显抑制三阴乳腺癌细胞的增殖能力和迁移侵袭,提示BRIX1基因具有成为三阴乳腺癌治疗的潜在分子靶点。
- 董一鸣石川平廖建友
- 组织特异miRNA在小鼠造血体系细胞终末分化中的表达和意义
- 2015年
- 目的鉴定小鼠造血体系发育过程中特异性表达的mi RNAs,探讨其调控细胞终末分化的分子机制。方法 PMA诱导HL-60分化为巨噬细胞样细胞,Cayman吞噬作用检测试剂盒结合荧光显微镜显影检测诱导后细胞的吞噬作用,Real-time PCR检测巨噬细胞分化指标CD 11 b、CD 4以及mi R-155的表达。结果成功建立使用PMA诱导人前髓性白血病细胞HL-60分化为巨噬细胞样细胞模型,并发现组织特异性mi R-155随着巨噬细胞分化表达水平逐渐上调。结论造血体系特异mi R-155参与调控巨噬细胞终末分化,揭示组织特异性mi RNAs调控小鼠组织细胞分化和组织发育的普遍意义。
- 何洁华廖建友吴珏邓伟溪
- 关键词：巨噬细胞终末分化
- 造血系统特异性miR-155通过靶向CUX1参与小鼠巨噬细胞终末分化
- 2015年
- 目的筛选靶向CUX1的造血系统特异性mi RNAs,探讨其调控巨噬细胞终末分化的分子机制。方法双荧光报告检测筛选靶向CUX1的造血作用相关mi RNAs,Real-time PCR检测巨噬细胞分化过程中mi R-155和CUX1 m RNA表达,免疫印迹检测CUX1蛋白表达水平。结果双荧光报告检测筛选到5个脾脏和胸腺特异或富集mi RNAs在CUX1 3’UTR上有作用位点,进一步在PMA诱导HL-60分化为巨噬细胞样细胞模型中发现,mi R-155随着巨噬细胞分化表达水平逐渐上调,与之相反CUX1蛋白和m RNA表达水平逐渐下调,且mi R-155能直接调控CUX1蛋白水平。结论造血系统特异mi R-155通过转录后调控CUX1蛋白表达参与巨噬细胞终末分化。
- 何洁华廖建友吴珏邓伟溪
- 关键词：巨噬细胞终末分化
