赵屹
- 作品数：33 被引量：54H指数：4
- 供职机构：中国科学院计算技术研究所更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金国家重点基础研究发展计划江苏省自然科学基金更多>>
- 相关领域：生物学自动化与计算机技术医药卫生农业科学更多>>
- 生物信息学重大基础科学问题及关键技术——第51期“双清论坛”综述
- 2012年
- 第51期"双清论坛"围绕"生物信息学重大基础科学问题及关键技术"进行了深入研讨,会议结合国内外研究现状和国内的研究基础及优势,提出了未来我国生物信息学应当关注的重要科学问题。
- 赵屹谷瑞升杜生明
- 关键词：生物信息学双清论坛
- 基于深度学习的分裂中期染色体图像质量筛选方法和系统
- 本发明公开了一种基于深度学习的分裂中期染色体图像质量筛选方法和系统，所述方法和系统使用附带标注的分裂中期细胞染色体图像构建训练集和测试集，并进行模型的构建和训练。模型完成训练后，可以对输入的一个病例的每一张染色体图像进行...
- 乔杰赵屹田婵罗纯龙卢永杰靳辉于天琦于富海王曼卿肖立
- 文献传递
- 基于高通量数据与复杂网络的小肽功能预测算法
- 2018年
- 近期,基因组、转录组和蛋白组学研究发现了成千上万个已翻译但未被注释的小开放读码框(smORFs)。这个发现填补了蛋白编码基因的空白。研究结果表明,许多smORFs翻译的小肽在代谢、细胞凋亡和发育过程中有着重要的作用。这些进展就提出一个问题,在全基因组范围内到底还有多少类似的smORFs及小肽具备功能?目前,尚未有生物手段能够在全基因组范围内进行研究小肽功能。本研究提出了一种基于高通量数据和复杂网络的全基因组范围小肽功能预测算法。算法利用小肽在多个组织中转录及翻译的表达向量,比较蛋白在相同组织中的表达情况,构建小肽与蛋白相关关系网。研究将表达相关关系和同源关系联合,构成复杂网络,然后采用基于模块(module)和基于中枢(hub)两种方法,提取典型的、有显著意义的功能子网,然后将子网的功能富集赋予子网中未知功能的小肽。该方法在三个320不同的仿真未知功能的蛋白节点集上进行测试,预测率为89.1%。最后,该方法应用在真实测序数据中,共鉴定出500多个有功能的功能小肽,文章将预测结果与现有的小肽功能报道做了比较,结果表明算法预测结果与实验验证结果基本一致。
- 李慧赵屹赵屹
- 关键词：复杂网络小肽
- 长链非编码RNANRAV在抗病毒应答中对干扰素刺激基因(ISG)转录的调控作用被引量：1
- 2015年
- 天然免疫是宿主抵抗病毒的第一道防线。病毒侵染宿主后，宿主的病原识别受体（PRR）鉴别出病毒的核酸或蛋门质组分，激活抗病毒天然免疫应答。一系列天然免疫信号通路被PRR激活，通路下游的转录因子随之活化并进入细胞核，核内各种免疫相关基因依次开始转录调控。首先，干扰素大量表达并被分泌至细胞外，随后上百种干扰素刺激基因（ISG）转录表达。
- 欧阳晶朱晓梅陈玉海魏海涛陈庆煌池晓娟祁保民张连峰赵屹高福汪国顺陈吉龙
- 关键词：免疫相关基因抗病毒非编码
- 染色体核型分析深度学习方法综述
- 2023年
- 染色体核型分析是细胞遗传学领域重要的实验技术,并逐步在包括生殖医学在内的诸多现代临床领域和科学研究方面得到广泛应用,但即使是经验丰富的细胞遗传学家也需要大量时间才能完成染色体核型分析。基于传统方法的染色体核型自动化分析方法精度较低,仍需要细胞遗传学家花费大量时间、精力校正。目前基于深度学习的染色体核型自动分析方法成果较多,但缺乏对该领域现状的总结、对未来发展的展望等。因此,本文对基于深度学习的染色体核型自动分析方法进行综述,归纳总结了现有的研究分析任务,挑选了具有代表性的方法并梳理解决方案,展望了未来发展方向。通过整理发现,基于深度学习的染色体核型自动化分析方法取得了很多成果,但仍存在一些问题。首先,已有的中文综述性工作仅集中于某一子领域或者调研不够全面和深入。其次,染色体核型分析任务与临床紧密结合,受各种因素制约,任务类型繁多,解决方案复杂,难以窥斑见豹。最后,现有方法主要集中于染色体分类和染色体分割任务,而诸如染色体计数、染色体预处理等任务研究成果较少,需要厘清问题,吸引更多研究人员关注。综上所述,基于深度学习的染色体核型自动分析方法仍有较大发展空间。
- 罗纯龙赵屹
- 关键词：计算机辅助诊断染色体核型分析
- 一种基于多任务级联的多模态医疗数据融合建模方法及装置
- 本发明为一种基于多任务级联的多模态医疗数据融合建模方法及装置，包括以下步骤：对多个医疗数据模态进行学习建模，得到多个单模态医疗数据模型；对所述单模态医疗数据模型进行预测空间输出校准；对校准后所述单模态医疗数据模型进行交叉...
- 卜德超赵屹李晨昊徐珠峰
- 长非编码RNA功能的生物信息学研究
- 赵屹
- 一种以基因组位置为索引的生物信息数据库跨库检索方法
- 本发明为一种以基因组位置为索引的生物信息数据库跨库检索方法，包括以下步骤：创建跨库生物信息检索表；对多个现有生物信息数据库的条目进行遍历，获取第一基因数据；对所述第一基因数据按照基因组位置进行统一表述，得到统一表述索引；...
- 卜德超徐珠峰李晨昊赵屹
- 一种基于深度学习的染色体极性识别方法和系统
- 本发明提供了一种基于深度学习的染色体极性识别方法，所述方法包括（1）收集数据集，（2）构建训练集和测试集，（3）基于训练集对染色体极性识别模型进行学习训练，（4）将测试集输入到染色体极性识别模型进行测试，输出待预测染色体...
- 田婵赵屹乔杰肖立于天琦罗纯龙于富海罗宇凡王曼卿赵相然
- 文献传递
- 人类肿瘤组织中非编码RNA-NC28和NC119的鉴定及表达
- 2007年
- 目的寻找并验证与肿瘤相关的非编码RNA。方法采用RT-PCR和Northern blot分析非编码RNA在肿瘤组织及细胞系中的表达情况。结果RT-PCR在实体肿瘤和细胞系中鉴定了2个非编码RNA-NC28和NC119的表达,Northernblot检测发现NC28转录子长度大约为1800个核苷酸,NC119转录子长度大约为1200个核苷酸。结论这两种非编码RNA具有一定的肿瘤共享性,非编码RNA在肿瘤发生发展中可能发挥一定作用。
- 孙贞媛袁艳华刘长宁赵屹黄洁夫桑新亭毛一雷卢欣王歈常永生赵海涛
- 关键词：肿瘤非编码RNA肿瘤特异性表达序列标签
