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张鑫鑫

作品数：1 被引量：0H指数：0
供职机构：中国科学技术大学计算机科学与技术学院更多>>
发文基金：国家自然科学基金更多>>
相关领域：自动化与计算机技术更多>>

合作作者

文献类型

  • 1篇中文期刊文章

领域

  • 1篇自动化与计算...

主题

  • 1篇信息处理
  • 1篇生物信息处理
  • 1篇统计问题
  • 1篇频次
  • 1篇计数
  • 1篇MER
  • 1篇遍历

机构

  • 1篇中国科学技术...
  • 1篇安徽省高性能...

作者

  • 1篇何继凌
  • 1篇徐云
  • 1篇张鑫鑫
  • 1篇陈波

传媒

  • 1篇计算机系统应...

年份

  • 1篇2014
共 1 条 记 录，以下是 1-1
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排序方式：
生物序列数据K-mer频次统计问题的算法
2014年
生物序列的k-mer频次统计是生物信息处理中一个非常基础且重要的问题.本文针对多序列在对齐模式下,不同偏移处一段长度范围内的k-mer频次统计问题进行了研究.提出了一种逆向遍历k-mer计数算法BTKC.该算法能够充分利用长度的k-mer统计信息,快速得到长度的k-mer统计信息,从而避免了统计任意长度的k-mer频次信息时都需要对所有序列进行遍历.算法的时间复杂度分析及实验结果表明,相比于传统的前向遍历FTKC算法,BTKC算法性能提升非常明显,且其时间复杂度与k-mer长度的变化范围无关,非常适合于在k-mer长度变化范围较大的情况下使用.
张鑫鑫陈波何继凌徐云
关键词：生物信息处理
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