吴小惠
- 作品数：2 被引量：0H指数：0
- 供职机构：厦门大学信息科学与技术学院自动化系更多>>
- 发文基金：国家教育部博士点基金更多>>
- 相关领域：生物学更多>>
- 基于GHMM的植物poly(A)位点识别模型与算法
- 探讨了隐式马尔可夫模型(HMM)在植物poly(A)位点识别中的应用．以拟南芥 mRNA poly(A)位点周围序列的核苷分布的特征为基础,应用改进后的向前-向后(for- ward-backward)算法,构建并实现了...
- 吉国力郑健体吴小惠李恒陈金桥
- 关键词：生物信息学
- 文献传递
- 全基因组分析单核苷酸多态性对多聚腺苷化信号的影响
- 2016年
- 单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP),主要是指在基因组水平上由单个核苷酸的变异所引起的DNA序列多态性,是人类可遗传的变异中最常见的一种。多聚腺苷化(polyadenylation,poly(A))是真核生物基因表达的一个重要步骤,对m RNA从细胞核输出及翻译过程起重要作用。Poly(A)位点的有效剪切、转录终止及翻译终止都跟poly(A)信号(poly(A)signal,PAS)密切相关。研究表明一些poly(A)信号上的碱基突变能够影响poly(A)位点的选择,即单核苷酸多态性能产生、改变或消除目前已被发现的PAS,从而导致poly(A)位点的差异性选择。本文对已发现的保守性排名前50的PAS进行分类,并从全基因组层面分析了SNP对于PAS的不同改变形式,筛选能改变PAS的SNP。为了分析SNP是否影响转录本长度,本文将SNP和EST比对到基因组上,筛选包含SNP的EST,最终筛选出能改变EST长度的SNP,说明了SNP可以通过改变PAS的形式来影响poly(A)位点的选择,进而影响转录本长度。
- 黄蓉婷吉国力吴小惠
- 关键词：单核苷酸多态性EST
