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余晓哲
作品数:
2
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供职机构:
中国科学院计算机网络信息中心
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发文基金:
国家自然科学基金
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相关领域:
自动化与计算机技术
生物学
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合作作者
郎显宇
中国科学院计算机网络信息中心
迟学斌
中国科学院计算机网络信息中心
陆忠华
中国科学院计算机网络信息中心
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计算机应用研...
年份
2篇
2008
共
2
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人类基因组嵌合芯片数据处理流程及并行优化
1999年著名的人类基因组测序计划正式启动,标志着基因组时代的序幕由此拉开。随着基因组测序的完成,揭示海量生物数据背后蕴藏的生物信息,是生物学家所面临的更大挑战。在此背景下,嵌合芯片(Tiling Array)技术应运而...
余晓哲
关键词:
生物信息学
并行计算
数据分割
一种Tiling Array信号识别流程的并行优化
2008年
针对一种非常有效的信号识别算法——滑窗法(sliding window,SW),在其嵌入的串行信号识别流程基础上提出并行处理方案,并基于MPI(message passing interface)平台实现并行优化版本。这在基因芯片研究领域是个崭新的思路。最后,根据公共数据Affymetrix(2005) Tiling Array,展示SW并行流程的运行性能。实验结果表明,信号识别流程的并行化对大规模的数据运算非常有效且十分必要。
余晓哲
郎显宇
陆忠华
迟学斌
关键词:
基因芯片
TILING
ARRAY
消息传递接口
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