杨犀
- 作品数：4 被引量：19H指数：2
- 供职机构：中国科学院微生物研究所更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金国家重点基础研究发展计划更多>>
- 相关领域：医药卫生生物学更多>>
- 鸡T细胞受体γ链基因位点重新测序和组装
- 2015年
- 动物T细胞受体(T cell receptor,TCR)基因由多个不同的高度同源的基因家族组成,通过全基因组测序很难获得准确的基因序列和排列位置。文章通过在NCBI中发布的鸡TCR的γ链(TCRγ或TRG)基因片段序列定位了鸡TRG基因所在区域,并确定了与鸡TRG基因位点对应的细菌人工染色体(BAC)克隆(CH261-174P24)。对该克隆进行高通量的重新测序和组装后,得到含有10个scaffolds的基因组草图,较完整地覆盖了鸡TRG基因位点及两侧区域。通过PCR扩增和测序证明了scaffold内部结构的正确性,校正了鸡参考基因组TRG基因位点一个可变基因和一个缺口序列(gap)附近各一处错误序列,以及可变基因区多处序列错误。文章通过校正鸡参考基因组TRG基因位点的序列,为鸡TRA/D和TRB基因位点的基因组序列分析提供了新方法。
- 马俊平杨犀律娜刘飞陈燕朱宝利
- 关键词：测序
- 结直肠腺瘤及结直肠癌患者肠道中梭杆菌属与产丁酸菌的定量研究被引量：7
- 2014年
- 【目的】通过观察梭杆菌属(Fusobacterium spp.)和两株产丁酸菌(Eubacterium rectale、Faecalibacterium prausnitzii)在结直肠癌患者及结直肠腺瘤患者粪便样品中的丰度差异,研究梭杆菌属和产丁酸菌数量变化在结直肠腺瘤和结直肠癌发生发展中的作用和意义。【方法】收集结直肠癌患者(n=19)、结直肠腺瘤患者(n=12)及健康人(n=19)3组粪便样品,提取细菌基因组DNA,利用实时荧光定量PCR技术定量检测3组样品中梭杆菌属(Fusobacterium spp.)、直肠真杆菌(Eubacterium rectale)、普拉梭菌(Faecalibacterium prausnitzii)以及总菌的16S rRNA基因的拷贝数,然后利用秩和检验两两比较3组样品中目标菌群的数量和丰度差异。【结果】结直肠癌组的梭杆菌属丰度显著高于结直肠腺瘤组(P=0.013)和健康组(P=0.000),结直肠腺瘤组的梭杆菌属丰度显著高于健康组(P=0.002);结直肠腺瘤组普拉梭菌的丰度显著低于健康组(P=0.033);结直肠腺瘤组的总菌16S rRNA基因拷贝数也显著低于健康组(P=0.002);直肠真杆菌的水平在3组样品间没有显著差异。【结论】与健康人的粪便样品相比,结直肠腺瘤病人的粪便中产丁酸菌普拉梭菌数量下降,而结直肠腺瘤和结直肠癌病人的粪便样品中梭杆菌属数量增加;梭杆菌属和产丁酸菌数量上的变化提示它们可能与结直肠腺瘤和结直肠癌的发生密切相关。
- 苗慧芳武娜栾春光杨犀张瑞芬律娜朱宝利
- 关键词：结直肠癌结直肠腺瘤梭杆菌属实时荧光定量PCR
- 一种鉴定或辅助鉴定细菌菌门的引物及其应用
- 本发明提供了一种鉴定或辅助鉴定细菌菌种的引物及其应用。本发明的引物是由如SEQ ID No.1中第59-75位核苷酸分子所示的正向引物、如SEQ ID No.2中第59-75位核苷酸分子所示的正向引物、如SEQ ID N...
- 朱宝利栾春光苗慧芳杨犀张瑞芬
- 文献传递
- 多重耐药铜绿假单胞菌中Ⅰ型整合子新结构的发现及其与耐药的相关性被引量：12
- 2013年
- 【目的】研究临床多重耐药铜绿假单胞菌中Ⅰ型整合子的结构特征,探讨整合子与细菌多重耐药之间的相关性。【方法】收集临床样品中的铜绿假单胞菌,从中挑选多重耐药菌。采用聚合酶链式反应扩增Ⅰ型整合子可变区,应用酶切方法和DNA测序技术分析整合子基因结构,并采用SPSS19.0软件分析整合子与耐药表型间的相关性。【结果】多重耐药铜绿假单胞菌中Ⅰ型整合子的检出率为27.3%。Ⅰ型整合子基因盒排列形式共有3种(1500 bp、2300 bp和4000 bp),其中2种在其他细菌中也有发现。基因盒所编码的耐药基因有氨基糖苷类抗生素抗性基因(aadA、aadB、aac(6')Ⅱ和aadA13)、β-内酰胺类抗生素抗性基因(blaCARB8和oxa10)和氯霉素外排泵基因(cmlA8),耐药表型相关性分析表明整合子与氨基糖苷类抗生素抗性密切相关。【结论】在多重耐药铜绿假单胞菌临床分离株中发现了3种不同Ⅰ型整合子结构,这3种结构中均含有氨基糖苷类抗生素耐药基因,其中aadB-aac(6')Ⅱ-blaCARB8结构最为流行。
- 朱玉莹易勇杨犀律娜李晶朱宝利胡永飞
- 关键词：铜绿假单胞菌多重耐药整合子基因盒
