鲍思元
- 作品数：9 被引量：33H指数：3
- 供职机构：湖北科技学院更多>>
- 发文基金：国家高技术研究发展计划湖北省自然科学基金更多>>
- 相关领域：农业科学生物学文化科学医药卫生更多>>
- DNA变性聚丙烯酰胺凝胶电泳的实验教学改进被引量：10
- 2015年
- DNA变性聚丙烯酰胺凝胶电泳在现代生物技术中的地位十分重要,但在实验中,聚丙烯酰胺凝胶电泳的操作难度比较大,影响因素比较多,耗时比较长。为了使DNA变性聚丙烯酰胺凝胶电泳适合于实验教学,对聚丙烯酰胺凝胶垂直板电泳技术相关操作流程进行了研究和探索,对实验进行了改进和优化。改进和优化后的实验操作简易、详细,试剂配方更合理,成功率得到提高,学生能在4学时内完成,为进行实验教学提供了基本条件。
- 鲍思元
- 关键词：聚丙烯酰胺凝胶电泳实验教学
- 水稻抗白叶枯病基因Xa14的遗传定位被引量：14
- 2010年
- Xa14是一个高抗菲律宾白叶枯病生理小种5的显性基因,位于水稻第4染色体长臂末端。本研究利用中国国家基因中心的水稻第4染色体测序结果,用SSR标记对Xa14进行遗传定位,为进一步用图位克隆法克隆该基因奠定基础。利用775株IRBB14/IR24F2中的145株高感群体,将基因Xa14限定在SSR标记HZR970-8和HZR988-1之间,与两个分子标记的距离各为0.34cM,并找到了在该群体中与基因共分离的HZR645-4、HZR669-2、HZR669-5和HZR669-7四个SSR标记。利用763株IRBB14/珍珠矮F2中158株高感群体,将基因Xa14限定在分子标记HZR648-5与RM280之间的区段,找到与基因紧密连锁的SSR标记HZR648-5,与基因的距离为1.90cM。将两个F2群体的定位结果进行整合,表明Xa14位于分子标记HZR970-8和HZR988-1之间的3个BAC克隆上,并与这两个标记紧密连锁。
- 鲍思元谭明谱林兴华
- 关键词：水稻白叶枯病抗性基因SSR
- 人IDE基因启动子生物信息学分析被引量：1
- 2018年
- 对人IDE基因启动子进行生物信息学分析以获得人IDE基因启动子、CpG岛及转录因子结合位点特征.从UCSC基因组数据库成功获得人IDE基因5’调控区2 000bp序列.Promoter2.0、FPROM、NNPP预测人IDE基因分别有3个、2个、6个启动子.Relative profile score threshold选择80%、85%、90%、95%、100%时,JASPAR预测该序列存在5170、1771、454、87和5个可能的转录因子结合位点.Relative profile score threshold选择80%,搜索到6个潜在的TCF7L2转录因子结合位点.采用进化足迹法,LAGAN预测方法获得位于人和小鼠同源IDE基因启动子保守区域相同位置的转录因子结合位点为14个,包含转录因子SPI-1、cap、c-FOS、FREAC-3、c-ETS、Cdxa、HSF2等.发现一个CpG岛,位于1 303~1 705bp之间,大小为403bp.人IDE基因启动子、CpG岛及转录因子结合位点的生物学信息学分析,为下一步基因表达调控实验奠定了基础.
- 鲍思元金科华陈红霞陈娇娥胡旺平
- 关键词：生物信息学分析转录因子启动子
- 水稻PLA-I{gamma}1类似基因的电子克隆及生物信息学分析被引量：1
- 2014年
- 利用NCBI数据库及电子克隆技术克隆了水稻PLA-I{gamma}1类似基因,命名为OsPLA-I{gamma}1。序列分析表明,其开放阅读框为1 374 bp,只含有1个外显子,没有内含子。利用生物信息学软件对OsPLA-I{gamma}1蛋白的理化性质、疏水性/亲水性、跨膜区、亚细胞定位、蛋白质结构及功能等进行预测分析。结果表明:该蛋白分子式为C2138H3409N625O637S19,氨基酸总数为457个,分子量为48 670.5,理论等电点为pI 8.86,为亲水性稳定蛋白;α螺旋和不规则卷曲是其蛋白质二级结构的主要构件,延伸链散布于整个蛋白质中;属于脂肪酶,活性受可逆磷酸化或糖基化作用调控,具有能量代谢功能,是水稻的生长因子;定位于叶绿体基质腔中;含有19个蛋白激酶磷酸化位点,"Ser"磷酸化位点11个,"Thr"磷酸化位点5个,"Tyr"磷酸化位点3个;含有17个"O-β-GlcNAc"位点,丝氨酸5个,苏氨酸12个;与粗山羊草、蒺藜苜蓿、甘蓝型油菜、拟南芥的脂肪酶有较高的同源性。本研究结果为进一步研究该基因的功能和作用机制奠定基础。
- 鲍思元
- 关键词：水稻脂肪酶
- 水稻OsUVR8基因电子克隆及生物信息学分析被引量：3
- 2016年
- [目的]获得水稻Os UVR8基因的编码区序列,并进行生物信息学分析。[方法]以拟南芥UVR8蛋白的氨基酸序列作为查询探针,用电子克隆的方法获得Os UVR8基因的编码区序列;用生物信息学软件对Os UVR8蛋白进行预测和分析。[结果]Os UVR8基因有13个外显子,编码区序列长1 764 bp,编码587个氨基酸。Os UVR8蛋白分子量为62132.7 Da,理论等电点为5.87,含有41个芳香族氨基酸,比较稳定,为亲水性蛋白。无规则卷曲是主要的二级结构,其次是延伸链。位于细胞内叶绿体、线粒体之外的区域。具有9个RCC1重复。有35个磷酸化位点,19个O-β-葡萄糖糖基化位点,6个Yin-Yang位点。三级结构与拟南芥UVR8蛋白三级结构相似。[结论]获得了水稻Os UVR8基因的编码区序列并进行了生物信息学分析。
- 鲍思元
- 关键词：水稻生物信息学分析
- 水稻抗白叶枯病基因在物理图谱上的锚定被引量：1
- 2013年
- 到目前为止,经国际注册确认和期刊报道的水稻白叶枯病抗性基因共35个。已被定位的抗性基因有26个,即第1染色体上有2个,Xa29(t)和xa34(t);第3染色体上有Xa11;第4染色体上有6个,Xa1、Xa2、Xa12、Xa14、Xa25(t)、Xa31(t);第5染色体上有xa5;第6染色体上有3个,Xa7、Xa27(t)、xa33(t);第7染色体上有xa8;第8染色体上有xa13;第11染色体上有9个,Xa3/Xa26、Xa4、Xa10、Xa21、Xa22(t)、Xa23、Xa30(t)、Xa32(t)、Xa36(t);第12染色体上有2个,xa25、xa32(t)。Xa1、xa5、xa13、Xa21、Xa23、xa25、Xa26、Xa27已成功克隆。文中利用GRAMENE网站公布的抗白叶枯病基因的分子标记,在日本晴的测序图谱Gramene Annotated Nipponbare Sequence 2009上进行物理图谱锚定,将已定位的26个抗白叶枯病基因锚定在其物理图谱的26个位点上,为抗白叶枯病基因的基因克隆、分子标记辅助选择奠定了基础。
- 鲍思元
- 关键词：水稻白叶枯病基因分子标记
- 水稻ARAB-1类似基因的电子克隆及生物信息学分析
- 2015年
- [目的]对水稻OsARAB-1基因进行电子克隆，并对其进行生物信息学分析。[方法]以NP174188．1为查询探针，通过电子克隆获得OsARAB，1基因全长eDNA，用生物信息学软件对其核苷酸序列和蛋白质序列进行生物信息学分析。[结果]获得了OsARAB．1基因全长eDNA，基因编码区序列（CDS）全长1086bp。电子定位于第五染色体基因组序列NC008398．2核苷酸序列6769813-6773213bp区域。OsARAB-1蛋白属于亲水性的胞外蛋白，比较稳定，偏碱性。二级结构以α螺旋和无规则卷曲为主。具有2个功能结构域：SGNH水解酶型酯酶、GDSL脂肪酶。有21个磷酸化位点、7个糖基化住点。推定的活性位点的氨基酸残基为Ser34、Gly107、Asn167、Asp333、His336。与玉米酯酶亚型B4FM12亲缘关系最近。OsARAB-1基因的表达对水稻的发育和形态发生起重要作用，与水稻抗稻瘟病有关。[结论]该研究为用试验方法克隆该基因和功能鉴定奠定了基础。
- 鲍思元刘卫东李冬波
- 关键词：水稻脂肪酶
- 水稻抗白叶枯病基因Xa14的遗传定位
- 水稻是重要的粮食作物。由革兰氏阴性菌黄单孢水稻变种/(Xanthomonas oryzae pv．oryzae，Xoo/)引起的白叶枯病是世界水稻生产中最严重的细菌性病害。水稻遭受白叶枯病危害后，造成产量的巨大损失。由于...
- 鲍思元
- 文献传递
- 水稻抗白叶枯病基因Xa12区间连锁图的构建被引量：6
- 2006年
- 利用SSR标记对143株Java14/珍珠矮F2随机群体进行分析,构建了水稻第4染色体上抗白叶枯病基因Xa12高饱和度的SSR标记区间连锁图。该分子图谱整合了SSR标记RM349、RM348、RM255、MRG4611,为进一步利用SSR标记在Java14/珍珠矮F2群体中精细定位Xa12以及克隆该基因奠定了基础。
- 鲍思元谭明谱林兴华
- 关键词：水稻SSR
