翁经纬
- 作品数：7 被引量：3H指数：1
- 供职机构：复旦大学化学系更多>>
- 发文基金：国家高技术研究发展计划国家自然科学基金香港特区政府研究资助局资助项目更多>>
- 相关领域：医药卫生生物学理学更多>>
- 分子动力学模拟计算在通用图形处理芯片上的实现被引量：3
- 2008年
- 将在计算生物分子中广泛应用的CHARMM力场应用于Windows computer cluster server(WCCS)环境下,并实现了该力场及分子动力学模拟程序的通用显卡(GPU)并行计算.对一些多肽链的动力学模拟结果显示,与CPU计算相比,GPU计算在计算速度上有巨大的提升.与64位Athlon2.0G相比,在NVIDIA Ge-Force8800GT显卡上的动力学模拟速度提高了至少10倍,而且这个效率比会随着模拟体系及每块尺寸的增大而增大.模拟体系的增大使得GPU并行单元的计算空载相对减少,块尺寸的增大使缓存区尺寸相对减少,单块计算效率得以提高.在测试样本中,该效率比最高可达到28倍以上.利用GPU计算还对一条含有397个原子的多肽链进行了分子动力学模拟,给出了氢键分布随时间的变化结果.
- 宋国梁翁经纬李振华王文宁范康年
- 关键词：分子动力学图形处理芯片CHARMMCOMPUTERCLUSTER
- ABC转运体蛋白的构象动力学和转运机理研究
- 翁经纬王文宁
- 关键词：ABC转运体MSBA
- PSD-95-PDZ12的动力学性质及其对配体结合的调节
- 2009年
- PSD-95是位于神经突触后致密层中的一个重要的骨架蛋白,介导多个神经信号传导通路中的蛋白-蛋白相互作用1。我们运用多维核磁共振结构解析。
- 王文宁翁经纬张明杰
- 关键词：PSD-95核磁共振
- 多药外排泵体系AcrAB-TolC的转运机理:能量和构象变化
- 大肠杆菌中的多药耐药性外排泵体系是一个由三种蛋白组成的复杂跨膜蛋白,在感染治疗的临床耐药性中具有重要作用。在本报告的第一部分,我们通过全原子分子动力学模拟计算了药物分子阿霉素通过内膜转运体AcrB转运的自由能曲线,发现阿...
- 左志成王贝贝翁经纬王文宁
- 关键词：分子动力学模拟膜蛋白
- 文献传递
- 多药外排泵体系AcrAB-TolC的转运机理:能量和构象变化
- 大肠杆菌中的多药耐药性外排泵体系是一个由三种蛋白组成的复杂跨膜蛋白，在感染治疗的临床耐药性中具有重要作用。在本报告的第一部分，我们通过全原子分子动力学模拟计算了药物分子阿霉素通过内膜转运体AcrB转运的自由能曲线，发现阿...
- 左志成王贝贝翁经纬王文宁
- 关键词：分子动力学模拟膜蛋白
- 蛋白质分子大幅度构象变化的计算模拟研究
- 蛋白质是生物体各种生理过程的主要执行者。在生理条件下,不同蛋白质特定序列的氨基酸长链能够折叠成特定的三维结构,行使其生理功能。因此漫长的进化过程必然使蛋白质的结构具有功能意义。随着蛋白质结构测定技术的日益成熟,越来越多的...
- 翁经纬
- 关键词：构象变化蛋白质PDZ结构域SNARE蛋白
- 文献传递
- 脂质修饰引致的构象转换调控Longin结构域SNARE Ykt6的膜融合功能
- 2009年
- SNARE蛋白在膜融合过程中起核心作用。绝大多数SNARE蛋白通过它们的跨膜结构域永久地锚定在膜上。
- 温文玉俞江潘李峰魏志毅余聪翁经纬王文宁张明杰
- 关键词：脂质SNARE构象转变
