张原
- 作品数：16 被引量：34H指数：3
- 供职机构：中国医学科学院北京协和医学院病原生物学研究所更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金中国科学院知识创新工程重要方向项目上海市科学技术委员会资助项目更多>>
- 相关领域：生物学医药卫生自动化与计算机技术更多>>
- 分子系统学分析平台的建立和应用
- 为了奠定分子系统学研究中信息管理和数据分析工作的坚实基础,本文建立了分子系统发育分析平台.该平台为研究人员提供专业数据库服务和数据分析技术支持,以及相关的网络资源.分子系统发育分析平台包括了3个专业数据库.第一个是DNA...
- 张原
- 关键词：分子系统发育生物地理学分歧时间SARS冠状病毒正选择
- 文献传递
- SARS冠状病毒及相关病毒的分子系统学分析
- 2003年
- 根据SARS冠状病毒及其相关病毒的基因组核酸序列和 3种不同蛋白质序列 ,应用最大简约法和最小进化法重建系统发育树 ;并对SARS冠状病毒的 11个推测蛋白质 (ORF)做BLAST分析。结果表明 ,SARS冠状病毒和鼠肝炎病毒———牛冠状病毒分支构成姊妹群 .其单系群性质得到强有力的统计学支持 .这暗示了SARS的爆发可能源自种间屏障的突破事件 ,该病毒天然宿主可能为猪、牛或鼠 .SARS冠状病毒与已知的人冠状病毒分属冠状病毒科的不同分支 ,因此致病机制可能有很大不同 .3个基因的系统树分支格局的一致性表明 :SARS冠状病毒这 3个主要基因与其他冠状病毒间不存在重组 ,但全部
- 张原齐一琳洪泂郑光宇阮力郑楠
- 关键词：SARS冠状病毒相关病毒分子系统学蛋白质序列严重急性呼吸道综合症
- SARS冠状病毒S基因的最近共同祖先序列重建及Spike蛋白的适应性进化检测被引量：2
- 2004年
- 张原郑楠郝沛钟扬
- 关键词：SARS冠状病毒S基因SPIKE蛋白适应性严重急性呼吸系统综合症
- Gallopheasants中协同进化性状的似然比检验被引量：1
- 2003年
- 基于细胞色素b基因全序列的贝叶斯系统树 ,应用似然比检验方法比较研究了Gallopheasants类群的 2个性状对的进化格局和过程 .结果揭示了栖息地结构和海拔高度的密切关系 .完全性成熟年龄和卵大小显示了协同进化格局 ;时序分析表明在进化过程中 ,前者先于后者出现 .
- 张原张正旺郑楠
- 关键词：似然比检验协同进化
- 真菌线粒体基因组计划的研究进展被引量：1
- 2012年
- 线粒体基因组是真菌等生物的一个鉴定和分类的遗传标志，对系统发生分析有重要的意义。近年来加拿大学者提出了真菌线粒体基因组计划。真菌线粒体基因组均为闭合环形双链DNA，基因组的大小为10Kb～80kb，通常包括编码呼吸链亚基的基因、编码ATP合成酶复合物亚基的基因、编码核糖体RNA的基因和tRNA基因。真菌线粒体基因组具有丰富的多态性，可以作为真菌不同物种的DNA指纹用于鉴别，并且可对病原真菌进行科学的分类和亲缘分析。
- 刘沐桑郑楠张原刘维达
- 关键词：真菌线粒体基因组
- 山柽柳属系统位置的初步探讨:基于形态性状与nrDNA ITS的证据被引量：1
- 2006年
- 以准噶尔琵琶柴(Peaumuria soongarica(Pall．)Maxim)为外类群,对包括秀丽水柏枝(Myricaria elegans Royle)在内的柽柳科10个代表类群进行nrDNA ITS序列分析,并结合形态证据,对山柽柳属(Myrtama Ovcz．& Kinz．)的确立与否及其系统位置进行研究,得到如下结论:通过最大似然法和贝叶斯分析,构建了惟一的最简约基因谱系树,其中,柽柳属植物构成一单系分支,另一个为秀丽水柏枝-水柏枝属类群分支,并得到100％的靴带支持率;而由形态性状构建的系统树中,秀丽水柏枝与柽柳属植物聚为一支,并得到67％的支持率．综合形态、孢粉、植物化学及分子性状,认为将秀丽水柏枝独立成属,即建立山柽柳属,更为合理,但山柽柳属是否为杂交属有待于进一步深入研究．
- 张道远张原J.F. Gaskin陈之端
- 关键词：ITS序列核糖体DNA柽柳科
- 贝叶斯推论重建乳头瘤病毒的进化系统被引量：2
- 2003年
- 基于90种乳头瘤病毒的L1基因和E2基因的DNA全序列,应用似然比检验和贝叶斯推论重建病毒的系统发育树,并在此基础上讨论病毒分子系统学研究的一般原则和方法。同时比较研究贝叶斯推论和过去常用的最小进化、最大简约、最大似然三种建树算法的优劣。结果表明:乳头瘤病毒可分为4超群,不同超群的乳头瘤病毒宿主和组织特异性不同。引起人宫颈癌的高危和低危乳头瘤病毒在进化上分别具有相近的亲缘关系,高危类群起源于共同祖先。算法的比较研究表明,贝叶斯推论作为进化生物学的最新进展,在计算速度和可靠性上明显优于其它算法。
- 郑楠张原敖滨郑光宇
- 关键词：乳头瘤病毒系统学进化贝叶斯
- 分子进化生物学中序列分析方法的新进展被引量：6
- 2003年
- 简要介绍了分子进化生物学中序列分析方法的最新进展 ,特别强调了似然比检验和贝叶斯推论在分子进化和系统发育假说检验中的重要性 ,并介绍了新方法的一些成功应用 。
- 张原陈之端
- 关键词：基因组似然比检验分子系统
- 似然比检验和贝叶斯推论在雉科分子系统学中的应用被引量：7
- 2003年
- 应用似然比检验和贝叶斯推论进行雉科分子系统学研究 .所用的 56条细胞色素b基因全序列代表了雉科 2 4属 50种以及作为外类群的 6个相关属 .等级制似然比检验表明该数据集的最佳进化模型为GTR +I+G .建立在坚实的统计学基础上的贝叶斯系统树表明雉科可以分为3个分支 .特别是包括角雉、松鸡、火鸡和 gallopheasant等在内的第 3分支的单系群性质得到了充分的支持 .深层分支格局的高分辨率和高支持率说明将雉科划分为雉族和鹑族是人为的 .结果表明 ,似然比检验和贝叶斯推论是分子系统学研究的强有力工具 .
- 张原张正旺郑楠
- 关键词：雉科分子系统学似然比检验进化生物学假说检验
- 应用最大似然法检测丙肝病毒包膜蛋白编码基因的适应性进化被引量：2
- 2006年
- 非同义-同义置换速率比值(dN/dS)是藉蛋白质编码序列评价选择压力的一种重要测度,而基于密码子置换模型的最大似然法业已成为检测承受正选择的氨基酸位点及适应性进化的统计分析工具.本研究应用最大似然法分析了丙型肝炎病毒的包膜蛋白编码序列,从全世界18个常见的基因型/亚型中,发现了4个正选择/适应性位点.由于这些氨基酸位点位于不同的免疫表位,本研究结果具有潜在的生物医学价值,同时表明最大似然法可以作为一种检测高分歧度病毒蛋白中适应性进化存在与否的有效手段.
- 张文娟张原钟扬
- 关键词：适应性进化最大似然法正选择丙型肝炎病毒包膜蛋白
