王小芳
- 作品数：21 被引量：30H指数：4
- 供职机构：陕西省血液中心更多>>
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- T细胞表位模型和表达模型对非亲缘造血干细胞移植供受者HLA-DPB1基因错配风险的预测功能评估
- 2024年
- 目的评估T细胞表位(TCE)模型和表达模型对人类白细胞抗原(HLA)相合非亲缘造血干细胞移植(MUD-HSCT)供受者HLA-DPB1基因错配风险的预测功能。方法回顾性分析2016至2019年陕西省血液中心进行HLA高分辨分型确认的MUD-HSCT供受者364例(182对)。182例受者中,男121例,女61例,年龄(26.3±14.2)岁;182例供者中,男148例,女34例,年龄(33.7±7.5)岁。应用聚合酶链反应-测序分型(PCR-SBT)、下一代测序(NGS)技术和基于LABScan^(■)3D平台的聚合酶链反应-序列特异寡核苷酸探针技术(PCR-SSO)等进行HLA-A、B、C、DRB1、DQB1、DPB1基因高分辨分型,采用PCR-SBT进行单核苷酸多态性(SNP)分型,运用TCE模型和表达模型评估MUD-HSCT供受者HLA-DPB1基因错配模式和急性移植物抗宿主病(aGVHD)风险。结果检出26种HLA-DPB1等位基因及其3′-UTR rs9277534 SNP基因型,发现并正式命名2个新等位基因HLA-DPB1^(*)1052∶01和HLA-DPB1^(*)1119∶01。HLA-DPB1基因总错配率达90.66%(165/182),TCE模型允许错配占47.80%(87/182),不允许错配占42.86%(78/182);移植物抗宿主(GvH)方向的不允许错配为13.73%(25/182),宿主抗移植物(HvG)方向的不允许错配为29.12%(53/182)。TCE模型中共有73对供受者符合表达模型评估标准,其中TCE允许错配组的受者DP5错配占34.25%(25/73),根据表达模型预测其移植后aGVHD风险为高风险;TCE不允许错配组的受者DP2错配占6.85%(5/73),受者DP5错配占10.86%(8/73),均被预测为aGVHD高风险。两种模型之间的整体一致性为27.27%,不一致性为16.97%。结论TCE模型和表达模型是预测MUD-HSCT供受者HLA-DPB1基因错配风险的有效工具,综合应用两种模型有助于移植风险分层评估。
- 齐珺王天菊王满妮尚利侠陈乐王小芳李昱辉徐华马超锋
- 关键词：人类白细胞抗原T细胞表位单核苷酸多态性造血干细胞移植
- 中国西藏藏族人群HLA-A/B/DRB1座位基因遗传多态性和单体型分析被引量：3
- 2011年
- 目的分析西藏藏族HLA-A/B/DRB1座位基因遗传多态性和单体型特征。方法采用PCR-SSO Lumi-nex流式磁珠分型方法对343名西藏藏族无关个体作HLA-A/B/DRB1座位基因分型,应用直接计数法统计基因频率和最大数学预期值算法估计HLA双座位和三座位单体型频率。结果检出HLA-A座位基因13个,A*02(GF=30.47%)、A*24(GF=29.74%)和A*11(GF=12.83%);B座位基因24个,高频基因为B*51(GF=19.68%)、B*15(62)(GF=13.41%)和B*40(61)(GF=12.54%);DRB1座位基因13个,高频基因为DRB1*04(GF=24.49%)、DRB1*08(GF=17.49%)和DRB1*11(GF=14.87%);与中国宁夏回族、内蒙古蒙古族和中国汉族人群相比,高频基因分布均存在差异且具统计学意义(P=0.0000)。观察到HLA-A-B-DR三座位单体型247种,占单体型理论总数的32.89%;观察到HLA双座位单体型A-B、A-DR、B-DR分别为113、82、126种,占单体型理论总数的60.43%、72.57%和64.62%。A11-B15(HF=0.15%,RLD=100%)、A31-B75(HF=0.15%,RLD=100%)A3-B63(HF=0.15%,RLD=100%)存在强连锁不平衡;B18-DR4(HF=0.29%,RLD=100%),B15-DR4(HF=0.15%,RLD=100%),B75-DR15(HF=0.15%,RLD=100%)存在强连锁不平衡。结论中国西藏藏族的HLA-A/B/DRB1座位上的等位基因无论在基因频率分布、单体型频率分布以及连锁不平衡参数都具有自己的多态性特征。
- 刘孟黎齐珺沈春梅刘晟王小芳
- 关键词：HLA抗原HLA基因单体型频率遗传多态性
- HLA-DRB1,-DQB1,-DPB1等位基因及单体型多态性与北方汉族急性髓系白血病(非M3型)的关联性研究被引量：2
- 2021年
- 目的探讨HLAⅡ类(-DRB1,-DQB1,-DPB1)等位基因及单体型多态性与北方汉族急性髓系白血病(acute myeloid leukemia, AML)的易感相关性。方法以824名正常非亲缘造血干细胞捐献者(2016年1月—2019年9月)为对照,应用聚合酶链反应-测序分型(PCR-SBT)、下一代测序(NGS-ION S5TM)技术、基于LABScan? 3D平台的聚合酶链反应-序列特异寡核苷酸探针技术(PCR-SSO)等方法对308例AML(非M3型)患者进行HLAⅡ类(-DRB1,-DQB1,-DPB1)基因高分辨分型,用Arlequin 3.5.2.2软件计算HLA基因频率和单体型频率,计算疾病优势比(odds ratio,OR)进行病例对照研究。结果经χ^(2)检验、连续校正显示非M3型AML患者的HLA-DRB1*07∶01(14.61%vs 9.53%,P<0.01)、HLA-DQB1*02∶02(12.82%vs 8.31%,P<0.01)、HLA-DQB1*06∶02(11.53%vs 8.74%,P<0.05)和HLA-DPB1*17∶01(5.84%vs 3.16%,P<0.01)基因频率显著高于对照组,经Bonferroni校正后HLA-DRB1*07∶01(Pc<0.05)、HLA-DQB1*02∶02(Pc<0.05)和HLA-DPB1*17∶01(Pc<0.05)频率仍高于对照组,与AML呈强相关,OR分别为1.62(95%CI=1.23~2.14)、1.62(95%CI=1.21~2.18)和1.91(95%CI=1.23~2.94);AML患者的2座位单体型HLA-DRB1*07∶01-DQB1*02∶02频率经Bonferroni校正后仍高于对照组(12.66%vs 8.19%,Pc<0.05);3座位单体型HLA-DRB1*07∶01-DQB1*02∶02-DPB1*17∶01频率高于对照组,与AML呈强相关,是AML的易感单体型。结论本研究首次获得HLAⅡ(-DRB1,-DQB1,-DPB1)基因及单体型多态性与北方汉族AML相关性的资料,HLA-DRB1*07∶01、HLA-DQB1*02∶02、HLA-DPB1*17∶01及单体型HLA-DRB1*07∶01-DQB1*02∶02-DPB1*17∶01是北方汉族发生AML的风险基因及易感单体型,基于HLA单体型的风险预测可能比基于单个等位基因的风险计算更为精确。
- 齐珺王天菊陈乐王满妮王小芳杜丹尚利侠武君华房婕李恒新
- 关键词：急性髓系白血病人类白细胞抗原单体型
- HLA新等位基因HLA-B_*67:07测序分析及确认被引量：4
- 2017年
- 目的人类白细胞抗原B新等位基因核苷酸序列分析及确认。方法采用序列特异性寡核苷酸探针技术(SSO)对2015年中国造血干细胞捐献者资料库(CMDP)人库数据进行HLA常规检测,结果显示有1个磁珠反应异常,进一步选择多聚酶链反应-测序(PCR-SBT)分型发现1个与HLA-B*67相关的有1个碱基不匹配的等位基因,选择对应的组特异性引物对该等位基因进行2次分离式测序,确认突变的等位基因和突变位点。结果发现1个与HLA-B~*67:01:01序列相近的新等位基因,实验结果表明在HLA-B~*67:0:01第3外显子370位置G>A,其突变造成HLA-B~*67:01:01氨基酸序列中100位的氨基端由甘氨酸(Gly)变成丝氨酸(Ser)。结论本次实验确认了1个新的HLA等位基因,2016年3月30日被世界卫生组织HLA因子命名委员会正式命名为HLA-B~*67:07。
- 王天菊陈利萍王小芳王满妮齐珺
- 关键词：人类白细胞抗原测序
- 罕见等位基因HLA-C~*08:84序列及蛋白分子三维结构模拟分析
- 目的鉴定分析1例人类白细胞抗原(HLA)罕见等位基因C~*08:84,分析其核苷酸和氨基酸序列,预测分析其氨基酸残基改变在编码蛋白分子三维空间结构影响,对其在造血干细胞移植错配中可能的影响进行初步探讨和分析。方法应用直接...
- 王天菊齐珺李恒新郝剑王小芳王满妮房婕武君华尚利侠陈乐
- 一种血站输血检验用样本存放装置
- 本发明涉及样本存放技术领域，且公开了一种血站输血检验用样本存放装置，包括箱体，所述箱体的内底壁设置有样本顶出组件，所述箱体的内侧壁固定安装有样本支架，所述样本支架上放置有样本管，所述样本顶出组件包括转动安装在箱体内侧壁的...
- 刘晟王小芳段勇
- 罕见等位基因HLA-C*08:84碱基序列和蛋白分子三维结构分析
- 2021年
- 目的鉴定1例人类白细胞抗原(human leukocyte antigen,HLA)罕见等位基因C*08:84,并调查该基因的家系遗传情况,预测分析其氨基酸残基改变在编码蛋白分子三维空间结构影响。方法应用单核苷酸序列分析、序列特异性寡核苷酸探针聚合酶链反应及单等位基因组特异性测序确定HLA-C分型并对该基因的先证者进行家系调查。应用Swiss-Model服务器,Phyre2和FATCAT在线软件对其三级结构进行模拟分析,对差异氨基酸结构和所处位置及可能的影响进行推测。结果家系分析表明HLA-C*08:84来自先证者母亲,与同源性最高的HLA-C*08:01相比较存在g.512G>C(p.Trp147Ser)变异。其编码三级结构模拟分析表明氨基酸变异位置为α2链,该位置参与构成抗原多肽结合凹槽F。C*08:84与C*08:01、C*08:02、C*08:03、C*08:22肽结合区182个氨基酸主链分子间抗原结合槽均方根偏差(RMSD)分别为1.70 nm、1.79 nm、0.71 nm、1.70 nm。结论确认并分析了罕见等位基因C*08:84,对其临床意义进行初步探讨和分析。
- 王天菊齐珺李恒新郝剑王小芳王满妮房婕武君华尚利侠陈乐
- 关键词：人类白细胞抗原
- 中国西安地区血小板捐献者HPA及HLA-Ⅰ分型的研究被引量：5
- 2011年
- 为了研究中国西安地区人群HPA和HLA-Ⅰ分型的分布及多态性,采用PCR-SSP和PCR-SSO流式微磁珠技术检测西安地区375位血小板无偿捐献者HPA和HLA-Ⅰ分型并进行统计分析。结果发现,在HPA-1-HPA-17中,HPA-7-HPA-14、HPA-16和HPA-17只有-aa型,不具多态性;仅在HPA-3、HPA-15中检出-bb型。在16个表现型为HPA-5ab中有9个样本同时表达HPA-15ab,另7个样本表达-15bb,未见-15aa表型。此次检出的表型有HPA-1aa-17aa、HPA-1ab、-2ab、-3ab、-3bb、-4ab、-5ab、-6ab、-15ab和-15bb。在375人中可观察到16种HLA-A特异性,占该座位可检出表型特异性的76%(16/21),其中大于1%的有11种;观察到36种HLA-B特异性,占该座位可检出表型特异性的84%(36/43),其中大于1%的有23种,均涵盖在中国北方地区HLA-Ⅰ特异性常见型里。在375人中观察到HLA-A-B单体型264种,频率大于1%的有30种。结论:西安地区人群HPA和HLA-Ⅰ基因多态性基本符合中国北方地区分布情况,但具有西安地区特点。
- 王小芳刘孟黎周党侠齐珺刘晟王天菊
- 关键词：血小板HPA
- 基于UCLA DNA交换室间质评的HLA分型策略探讨被引量：1
- 2015年
- 目的探讨提高HLA分型精准性的策略。方法采用聚合酶链反应-序列特异寡核苷酸探针技术、聚合酶链反应-测序分型方法和针对组特异性的序列特异性引物扩增和杂合性模棱两可引物分离法等方法对2009-2014年288份HLA质控品进行HLA低/中/高分辨分型并回报每期结果。结果 HLA分型精准性随着分型方法及试剂的改进更新不断提高,自2011年质控品高分辨提交比例升高至60.6%-94.1%;分型方法的限制性和等位基因指定性错误是导致质控中错检漏检的常见原因。288份质控品检出的等位基因中,仅HLA-A*26∶05、B*08∶12、B*53∶10不包含在美国组织相容性和免疫遗传协会常见及确认的等位基因表2.0内,且A、B、DRB1座位分别有8、22和14个等位基因不包含在中国CWD2.0表内。结论 HLA分型方法试剂的更新换代和实验室质控水平的提升是室间质评分辨度和符合率大幅提高的根本原因。样品因地域种族差异,常呈现出中国人少见或罕见的HLA表型或单体型,ASHI及中国CWD、单体型频率、罕见等位基因频率等群体性资料和生物信息学仍是极具参考价值的数据平台。
- 齐珺刘孟黎王小芳王天菊陈利萍王满妮叶世辉
- 关键词：HLA分型室间质评等位基因单体型频率
- 一组引物以及HLA-DPB1基因测序分型的检测方法
- 本发明公开了一组引物以及HLA‑DPB1基因测序分型的检测方法，包括2对特异性扩增引物和5条寡核苷酸测序引物。该方法包括PCR扩增、电泳检测PCR产物、PCR产物纯化、测序反应、测序产物醋酸钠‑乙醇沉淀法纯化、上机测序和...
- 齐珺王天菊李恒新赵京文尚利侠武君华陈乐王满妮王小芳房婕
- 文献传递
