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草鱼Annexin A4基因克隆、表达特性及进化被引量：1: 2009年; 草鱼(Ctenopharyngodon idellus)Annexin A4基因克隆于肝肾cDNA文库,该cDNA全长为1307bp,其中,5′非编码区为104bp,3′非编码区为237bp,开放阅读框为966bp,编码321个氨基酸。草鱼Annexin A4编码的蛋白质N端由15个氨基酸残基组成,C端具有4个重复序列,每个重复序列都有一个Ⅱ型钙结合位点,在第4个钙结合位点中包含一个"KGD"序列。Annexin A4在草鱼肝、肾、脾、心、鳃、肠中的表达量均较高,而肌肉和脑中不表达;PolyⅠ:C诱导后,其表达均有所下调。系统发育树显示,草鱼Annexin A4与斑马鱼(Danio rerio)的进化距离最近。适应性进化分析没有检测到正选择位点,表明Annexin A4非常保守,受到强烈的功能约束。; 吴初新马梅生王丽坤胡成钰; 关键词：适应性进化 POLY 草鱼

Adaptive Evolution of Large Subunits of RubisCO in Magnoliophyta Crops被引量：3: 2009年; [Objective] The aim was to study adaptive evolution of the large subunits of RubisCO in Magnoliophyta crops. [Method] Taking Magnoliophyta crops such as corn and rice as research materials, the analysis on molecular adaptive evolution was carded out by using codon replacement and maximum likelihood methods. [ Result] The RubisCO suffered positive selection effect and six amino acid sites were identified. [ Conclusion] The six amino acid sites are of important guiding significance for studying catalytic activity of RubisCO large subunits and crop improvement.; 刘晗王丽坤熊冬金

草鱼CCL4基因的克隆及表达被引量：3: 2009年; 草鱼CCL4基因全长854 bp,最大开放阅读框位于104~397 bp,编码97个氨基酸,其中32~73氨基酸为其保守的CC趋化因子家族结构域,N-端有1个由24个氨基酸组成的信号肽。草鱼CCL4与斑马鱼的同源性为69%,与其他鱼类和哺乳类的同源性在50%以下。系统进化分析也显示其与斑马鱼CCL4基因的亲缘关系最近。CCL4基因在草鱼各组织中都有表达,以脾脏表达量最高,心、肌、鳃、肝中次之,肠和肾中有少量表达,在脑中有痕量表达。经Poly I：C感染后,在肝脏、脾、肠、肾、鳃中,CCL4的表达水平有不同程度的增加,而在心、肌、脑中无明显变化。; 王丽坤王娜马梅生胡成钰; 关键词：草鱼 CCL4

木兰门作物RubisCO大亚基的分子适应性进化研究被引量：2: 2009年; [目的]研究玉米、水稻等木兰门作物RubisCO大亚基的分子适应性进化。[方法]以玉米、水稻等木兰门作物为研究对象,利用利用密码子替换模型和位点间取不同ω值的最大似然法模型对叶绿体rbcL基因进行分子适应性进化分析。[结果]RubisCO受到正选择作用,并鉴定出了6个正选择位点。[结论]该研究鉴定的6个正选择位点对于研究RubisCO大亚基催化活性和作物改良具有重要的指导意义。; 刘晗王丽坤熊冬金; 关键词：RBCL基因正选择

热休克、Poly I:C上调草鱼GRP78基因表达被引量：4: 2009年; 葡萄糖调节蛋白78(GRP78)是细胞内一种应急蛋白,它通过对细胞内、外胁迫因子产生强烈的应答而调节内质网稳态.草鱼(Ctenopharyngodon idellus)GRP78克隆于草鱼肝肾cDNA文库,全长2490bp.其中,5'非编码区为155bp,含有7个热休克元件,3'非编码区为373bp,最大开放阅读框为1962bp,编码653个氨基酸.序列分析表明,草鱼GRP78的N端包含3个HSP70家族的签名序列,C末端为内质网蛋白滞留信号KDEL,草鱼GRP78与人及其它动物的同源性很高.适应性进化分析也显示GRP78非常保守,受到强烈的功能约束,说明该蛋白质在进化中非常重要.RT-PCR分析表明,相对于本底水平,34℃热激和Poly I:C诱导后,草鱼GRP78在肝、肾等组织中的表达明显上调.; 吴初新刘毅马梅生王丽坤胡成钰; 关键词：热休克 POLY GRP78 草鱼胁迫

草鱼eIF-5A的克隆、组织表达和进化分析被引量：1: 2009年; 【目的】克隆和鉴定草鱼(Ctenopharyngodonidella)的eIF-5A基因,并分析其组织表达和适应性进化。【方法】在克隆草鱼eIF-5A全长cDNA的基础上,利用ORF finder、SMART等在线软件对草鱼eIF-5A的分子特征进行分析,并利用PAML 3.15软件包中的密码子替换模型检测eIF-5A的分子适应性进化;RT-PCR分析eIF-5A在草鱼心、脑、肌肉、鳃、脾、肝、肠、肾等组织中的本底表达和Poly I:C诱导表达。【结果】草鱼eIF-5A全长cDNA为2 249 bp,其中包含5′非编码区41 bp,3′非编码区1 743 bp;最大开放阅读框为465 bp,编码1个由155个氨基酸残基组成的蛋白质;草鱼eIF-5A分子质量为16.856 ku,等电点pI为5.18,N端含有eIF-5A家族共有的羧腐胺赖氨酸,C端包含一段富含亮氨酸的结构域。草鱼eIF-5A与人及其他动物具有较高的同源性,只有少数氨基酸残基发生替换;适应性进化分析也表明,eIF-5A不但具有结构的保守性,还具有功能的保守性;eIF-5A在草鱼心、脑、肌肉、鳃、脾、肝、肠、肾等组织中恒量表达,并且其表达不因Poly I:C的诱导而发生变化。【结论】eIF-5A是一类与细胞分裂和分化密切相关的蛋白质,在生物体中具有多种剪切体,提示eIF-5A对维持细胞生存非常重要;鉴定的草鱼eIF-5A为eIF-5A1,而非eIF-5A2。; 王军花陈琼马梅生王丽坤胡成钰; 关键词：基因克隆基因表达草鱼

草鱼肝肾cDNA文库构建及部分功能基因的序列分析: 本文以草鱼肝脏和肾脏为实验材料,采用Oligo/(dT/)引物定向克隆技术构建了草鱼肝肾脏组织的cDNA文库,随机对其中510个克隆测序并利用生物信息学方法对这些序列进行了初步的分类分析。首先,利用TRIz...; 王丽坤; 关键词：CDNA文库功能基因; 文献传递

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王丽坤

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