张宇镭
- 作品数：5 被引量：112H指数：2
- 供职机构：上海交通大学生命科学技术学院更多>>
- 相关领域：自动化与计算机技术生物学医药卫生更多>>
- 利用Pearson相关系数定量分析生物亲缘关系被引量：107
- 2005年
- 论文主要利用计算语言学中使用的统计学方法定量分析生物物种的亲缘关系。以包含生物体遗传信息的核酸序列为研究对象,采用计算语言学的思想和方法,将每一个生物体的核酸序列看作一篇很长的自然语言文本,抽取核酸序列的双核苷酸频率分布特征向量,用以表征其数字特征。而后采用PearsonCorrelationCoefficient(Pearson相关系数)定量分析其亲缘关系的远近程度。将119个细菌的全基因组核酸序列进行两两比对,对所得的7021个r值进行分析,得出的结论是:亲缘关系越相近的物种,其Pearson相关系数越大。取定0.985作为“属”的分界阈值时,得到召回率为75.824%,准确率为73.404%。论文对定量分析生物学核酸序列的相似性和对生物亲缘关系远近的建模有重要的实际意义。
- 张宇镭党琰贺平安
- 关键词：核酸序列自然语言文本
- 使用角色反演句法分析器RNA二级结构的预测被引量：1
- 2006年
- RNA二级结构预测问题是生物信息学的一个研究重点。该文主要利用自然语言理解中句法分析的方法来研究RNA二级结构预测。使用基于角色反演算法建立起来的,采用概率上下文无关文法进行分析的句法分析器,来预测RNA二级结构。结合传统Chart算法分析器和广义LR算法分析器的优点,建立角色反演句法分析器;根据RNA二级结构的构建方法建立相应的概率上下文无关文法;给出对RNA二级结构进行预测的具体实例。
- 党琰张宇镭张冬茉赵立平
- 关键词：RNA二级结构预测句法分析概率上下文无关文法
- 基于双核酸频率分布特征的细菌亲缘关系定量分析被引量：1
- 2006年
- 目的采用生物信息学方法定量分析细菌的亲缘关系。方法抽取全基因组核酸序列的双核苷酸频率特征向量,表征数字特征。采用Pearson相关系数分析特征向量之间的距离。结果以119个细菌的全基因组核酸序列为研究对象,两两比对的结果为:越是相近的物种,Pearson相关系数越大,PCC距离越小。结论该方法对细菌亲缘关系的定量描述做了有益的探索。
- 张宇镭赵立平
- 基于频率分布特征的生物核酸序列的定量分析
- 抽取不同长度单词的频率分布特征向量用以刻画序列特征的方法，称为基于Genome Signature 方法。基于计算核酸序列组合的一个重要的应用就是进行长序列的比对，甚至是全基因组的比对。这种基于语言学方法进行序列分析和比...
- 张宇镭
- 关键词：水平基因转移
- 文献传递
- 从粪便样品中检测动物冠状病毒的分子技术研究被引量：2
- 2005年
- 目的感染冠状病毒的动物向环境排毒主要是通过粪便,建立直接从粪便样品对动物冠状病毒进行检测的分子技术具有重要的公共卫生学意义。方法通过计算机模拟和实验方法对已报道的2对针对冠状病毒pol基因的通用引物的通用性进行了验证。不经传统的病毒分离,直接从环境样品中提取病毒RNA,通过一步法RT-PCR进行检测,并通过分子杂交和NestedPCR扩增结合TaqMan探针实时荧光检测的PCR技术,提高对冠状病毒检测的灵敏度和准确度,并对猪、禽冠状病毒感染的临床样品进行分析检测。结果2对引物可以覆盖所有已知的冠状病毒,包括SARS,RT-PCR产物通过测序可以确定冠状病毒种类;实时荧光定量NestedPCR有很高的灵敏度,可以灵敏地检出所有供试的阳性样品,而荧光增量实时监测可以排除凝胶电泳检查的假阳性。结论该研究为从环境中普查和鉴定冠状病毒提供了可靠的技术方法。
- 魏桂芳张宇镭刘惠莉赵立平
- 关键词：冠状病毒通用引物
