刘丛玲
- 作品数：3 被引量：8H指数：2
- 供职机构：陕西师范大学生命科学学院药用植物资源与天然药物化学教育部重点实验室更多>>
- 发文基金：国家科技支撑计划更多>>
- 相关领域：农业科学生物学更多>>
- 丹参中病程相关蛋白基因SmSTH-2的生物信息学分析被引量：3
- 2007年
- 对丹参cDNA文库的表达序列标签(EST)序列进行BLAST分析显示,其中一条序列与病程相关蛋白基因STH-2有较高的同源性。该序列全长691bp,包含1个长483bp的开放阅读框(ORF),编码160个氨基酸,命名为SmSTH-2。生物信息学分析显示:SmSTH-2所编码蛋白的分子质量为17990Da,等电点为5.15,富含谷氨酸、赖氨酸、甘氨酸、丝氨酸,无信号肽,属于稳定类蛋白。与NCBI注册的其他6种植物来源的病程相关蛋白基因编码的氨基酸序列的同源性在42%～46%之间。实时荧光定量PCR的方法检测丹参不同组织部位中SmSTH-2表达和病原菌对该基因诱导表达的影响的结果表明:SmSTH-2在植物的根、茎、叶中均有不同程度的表达,其表达丰度为根>叶>茎;丹参叶片接种黄瓜细菌性角斑病病原菌后,4d内可诱导该基因的表达量持续增加。用PCR方法从基因组水平克隆到SmSTH-2的DNA序列,测序表明SmSTH-2的编码序列在DNA水平上含有一个71bp的内含子,DNA序列注册号为EF621486.
- 曹晓燕刘丛玲王喆之
- 关键词：病程相关蛋白丹参实时荧光定量PCR生物信息学
- 丹参晚期胚胎蛋白基因SmLEA的克隆及表达分析被引量：4
- 2009年
- 对丹参EST序列进行Blast分析,发现一条序列与晚期胚胎丰富蛋白(late embryogenesis abundant)基因有较高的相似性,在此基础上设计引物,分别从cDNA和gDNA水平克隆到该基因的全长(Genbank注册号:AY725206),命名为SmLEA。该序列全长739 bp,无内含子,包含1个长为495 bp的开放阅读框,编码164个氨基酸。序列比对结果显示,该序列与番茄的晚期胚胎丰富蛋白Lemmi9有较高的相似性(69%),推测该编码蛋白属于晚期胚胎蛋白LEA14家族成员。生物信息学显示,SmLEA所编码蛋白SmLEA的相对分子质量为17.34 kD,理论等电点为4.51,富含天冬氨酸及AS、IP、KV、VS、TIP肽段,定位于细胞质中,为稳定类蛋白。实时荧光定量PCR结果显示,该基因在丹参的根、茎、叶中均有表达,为组成型表达基因。
- 刘丛玲王喆之
- 关键词：生物信息学丹参
- 丹参晚期胚胎富集蛋白基因SmLEA的表达特征研究被引量：2
- 2010年
- 利用DNA walking的方法克隆到了丹参SmLEA基因5′端上游调控序列,约1038bp。经生物信息学预测分析,该区域含有多种与逆境胁迫、ABA、种子特异表达相关的顺式作用元件。实时荧光定量PCR检测结果表明,100μmol/LABA,200mmol/LNaCl,低温(4℃)及脱水处理后,SmLEA基因的表达均得到了明显的提高,与启动子序列分析的结果相符合。表明SmLEA基因可对盐、脱水和低温胁迫以及ABA做出响应。
- 刘丛玲王喆之
- 关键词：丹参启动子
