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用16S rDNA克隆文库法分析患病刺参幼苗的菌群结构被引量：4: 2014年; 采用16S rDNA克隆文库法对某刺参养殖场患病刺参Apostichopus japonicus幼苗（体长为3～5 cm）表皮的菌群结构进行分析。结果表明：化皮参苗病灶组织和未明显化皮参苗表皮菌群均由γ-变形菌纲、β-变形菌纲和α-变形菌纲组成,优势菌为γ-变形菌纲,主要包括志贺氏菌Shigella sp.、不动杆菌Acinetobacter sp.和假单胞菌Pseudomonas sp.;化皮参苗病灶组织中志贺氏菌、不动杆菌和假单胞菌比例分别为49%、17%和5%,未明显化皮参苗表皮中3类菌的比例分别为20%、26%、9%。将该养殖场育苗池海水作为对照并进行菌群结构分析,结果显示,水中菌群同样由γ-变形菌纲、β-变形菌纲和α-变形菌纲组成,优势菌也为γ-变形菌纲,主要包含弧菌Vibrio sp.（75%）与志贺氏菌（12%）。此外,对化皮参苗病灶处进行细菌分离培养,得到一株优势菌,经16S rDNA初步鉴定为弧菌。研究表明,采用16S rDNA克隆文库法所得结果与传统的病原分离培养法存在差异。; 王轶南王俊杰王姣姣刘志敏于卓丁君常亚青; 关键词：刺参

不同养殖时期刺参肠道内菌群结构的分析被引量：6: 2015年; 为研究不同养殖时期刺参Apostichopus japonicus肠道内的细菌菌群结构,采用PCR-DGGE技术对DGGE凝胶中的主要条带进行切割、回收、克隆、测序。结果表明：3、4、5、6、9、10月,大连瓦房店海区养殖刺参肠道内细菌16S r DNA-V3可变区序列经PCR扩增及DGGE电泳后分别获得49、49、54、53、52、51个条带;3月与9月的菌群结构相似度最高,为67.9%,4月与10月次之,为63.8%;经条带序列分析得到43个主要条带对应的核酸序列,11个与未培养菌相似,32个与归属为7个细菌类群的细菌序列相似,包括α-变形菌纲、γ-变形菌纲、δ-变形菌纲、黄杆菌纲、蓝藻纲、绿弯菌门、疣微菌门;α-变形菌纲、γ-变形菌纲、黄杆菌纲是不同养殖时期刺参肠道内的主要细菌群落,其中γ-变形菌纲所占比例最高,达25.00%~35.71%,除3月和9月外,黄杆菌纲的相对含量均高于α-变形菌纲。研究表明,春秋两季刺参肠道内菌群结构呈现类似的演替变化规律,α-变形菌纲所占比例下降,而γ-变形菌纲与黄杆菌纲所占比例上升。; 王姣姣李丹王轶南王俊杰刘艳萍常亚青; 关键词：刺参变性梯度凝胶电泳菌群结构

虾夷马粪海胆TLR基因cDNA克隆及表达分析被引量：3: 2014年; 采用同源克隆和cDNA末端快速扩增（ RACE）技术克隆获得一条虾夷马粪海胆Strongylocentrotus in-termedius TLR基因的全长cDNA序列SiTLR-1（GenBank： HQ259110）,并采用实时定量PCR技术分析了其在组织中的分布以及在致病弧菌Vibrio fortis、β-D葡聚糖和dsRNA刺激后的表达情况。结果表明： SiTLR-1全长序列为3637 bp,形成16个α螺旋、33个β折叠； SiTLR-1蛋白有两个跨膜区段,在725-750位有跨膜区,发现1个信号肽（1-32aa）、1个亮氨酸重复富集区（LRR）； SiTLR-1在检测的各组织中均有表达,在体腔液中表达量显著高于围口膜、管足和齿间肌（ P〈0.05）；经V. fortis、β-D-葡聚糖刺激后,体腔液中的SiTLR-1表达量显著上升,刺激后12 h达到最高值；经dsRNA刺激后,体腔液中的SiTLR-1表达变化较小,仅在3 h 时略有升高。研究表明, TLR 基因参与虾夷马粪海胆的免疫应答,克隆获得的SiTLR-1可特异性识别细菌和β-D-葡聚糖。; 王轶南于卓刘洋刘学伟王姣姣常亚青; 关键词：虾夷马粪海胆 TLR RACE 定量PCR

不同时期刺参养殖池塘海水菌群结构分析被引量：6: 2015年; 对辽宁省大连市瓦房店刺参养殖池塘海水菌群结构组成和变化情况进行分析,采集不同时期刺参养殖池塘海水,扩增细菌16S r DNA基因V3可变区序列,进行变性梯度凝胶电泳（DGGE）,分析指纹图谱,并对主要条带进行切胶、回收和测序。结果表明,不同时期海水各样品的多样性指数在1.994 5~2.230 5之间,均匀度差异不大,样品的丰富度在42~48之间。不同时期海水中3月和9月的菌群结构最为相近（80%）,6月与其他各时期聚类距离最大。对39个主要条带的测序结果表明,12个条带与未培养细菌相近,1个条带与放线菌纲（Actinobacteridae）的菌株相似,另外26个条带相似菌株分别归类为黄杆菌纲（Flavobacteria）、α-变形菌纲（Alpha proteobacteria）、γ-变形菌纲（Gamma proteobacteria）。黄杆菌纲、α-变形菌纲和γ-变形菌纲在各时期海水中均有出现,其中黄杆菌纲优势度最高,占23.8%~50.0%。不同时期养殖池塘海水菌群的结构相对稳定,但具体菌种存在差异。; 王姣姣李丹宋坚刘艳萍常亚青王轶南; 关键词：刺参 PCR-DGGE

刺参养殖环境中群体感应抑制作用菌株的筛选、分析: <正>随着人工养殖规模的扩大,刺参养殖(Apostichopus japonicus)病害问题已严重阻碍刺参养殖业发展,刺参疾病主要由细菌性病原引起,并具有病原多样性的特点。针对单一病原菌的进行刺参的疾病防治很难奏效,而...; 王轶南王姣姣丁君常亚青; 文献传递

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王姣姣