陈晴晴
- 作品数：6 被引量：11H指数：3
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- 荞麦属植物MAPK基因片段序列比较与进化关系研究被引量：2
- 2016年
- 丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)是植物MAPK级联途径中的重要信号分子。为了研究荞麦属MAPK基因序列变异以及种间进化关系,对荞麦属8个野生种共25份材料的MAPK基因进行特征引物PCR扩增、测序和序列比较分析。结果发现,荞麦属植物种间MAPK基因PCR扩增片段序列较为保守,8个野生种共25份材料中多态位点为125个,不变位点为680个。其中,12份野生苦荞MAPK基因片段序列多态位点S仅为32个,说明荞麦属植物种内MAPK基因序列高度保守。聚类分析发现野生甜荞与左贡野荞被聚为一类。野生苦荞、毛野荞、大野荞、金荞麦、细柄野荞和硬枝万年荞被聚为一大类;其中,细柄野荞和硬枝万年荞被聚在一起,其次与金荞麦聚在一起;毛野荞与大野荞被聚在一起。研究结果可为荞麦属植物MAPK基因功能以及种间遗传多样性与进化关系研究提供理论依据。
- 梁成刚陈晴晴石桃雄陈其皎陈庆富
- 关键词：荞麦丝裂原活化蛋白激酶基因片段序列进化关系
- 荞麦脱落酸不敏感基因序列分析被引量：3
- 2017年
- 脱落酸不敏感基因(ABA-insensitive,ABI)是调控植物逆境胁迫应答、种子脱落和休眠等的一类转录因子。生物信息学分析发现,普通荞麦ABI(CL38501)基因c DNA全长为963 bp,编码320个氨基酸,含有典型的b ZIP结构域和ABI5家族保守区Ⅱ,推测该基因可能编码ABI5家族蛋白。与野生种质相比,花蕾期和开花期栽培品种ABA信号转导途径中绝大多数基因表达量上调,其中,ABI基因表达量分别上调4.42和3.66倍。对9个栽培品种和5份野生种质的ABI基因进行PCR扩增,发现14份材料的405个位点中多态位点为30个,9个栽培品种间仅含1个多态位点,5个野生种质间含有7个多态位点,说明普通荞麦ABI基因序列高度保守。栽培品种与野生种质ABI序列存在11个共同氨基酸差异位点,蛋白构象预测发现第32位点和第60位点氨基酸发生置换导致蛋白构象发生变化,表明其可能与栽培驯化过程中荞麦丧失休眠与落粒特性相关。
- 汪燕刘瑶梁成刚陈晴晴石桃雄陈其皎孟子烨陈庆富
- 关键词：普通荞麦蛋白结构
- 荞麦属植物脱落酸不敏感基因序列比较与亲缘关系研究
- 2017年
- 为了研究荞麦属不同种间植物脱落酸不敏感基因(ABA-insensitive,ABI)序列变异差异与亲缘关系,试验选用7个荞麦野生种,包括野甜荞、野苦荞、左贡野荞、毛野荞、大野荞、金荞麦、硬枝万年荞共30份种质材料,提取苗期幼嫩叶片的DNA,通过聚合酶链式反应(polymerase chain reaction,PCR)扩增获得荞麦ABI基因,并对扩增片段进行基因测序与序列分析。结果发现,7个野生种共30份种质间ABI基因片段的多态位点数占20.28%,其中,14份野苦荞间ABI基因片段多态位点数占1.86%,5份野甜荞间多态位点数占1.81%,说明荞麦属植物种内ABI基因序列高度保守。对扩增序列进行遗传距离分析发现,左贡野荞与毛野荞种间遗传距离最大,硬枝万年荞与金荞麦种间遗传距离最小。聚类分析结果显示:野苦荞与大野荞、金荞麦和硬枝万年荞亲缘关系较近,与毛野荞亲缘关系次之;左贡野荞与野甜荞亲缘关系近;不同地区野苦荞和左贡野荞分别被单独聚为一类,说明生长环境对荞麦ABI基因序列变异具有影响。
- 汪燕梁成刚陈晴晴石桃雄陈其皎孟子烨邓娇黄娟陈庆富
- 关键词：荞麦亲缘关系
- 普通荞麦种内丝裂原活化蛋白激酶序列分析被引量：1
- 2016年
- 【目的】比较普通荞麦Fagopyrum esculentum种内丝裂原活化蛋白激酶基因(MAPK)序列的差异,研究MAPK基因序列在普通荞麦栽培进化过程中的变化。【方法】以普通荞麦的9个栽培品种和3个落花落果野生种质为材料,PCR特异性扩增获得MAPK基因的保守片段,对基因片段序列进行差异分析和蛋白结构预测。【结果】荞麦MAPK基因cDNA全长为2 835 bp,开放阅读框1 827 bp,编码609个氨基酸,含有TDY的三肽模块,为植物D组MAPK蛋白。PCR扩增获得12个供试材料的MAPK序列,其单型不变位点为723个,多态位点为70个。9个栽培品种间开放阅读框(ORF)区域无序列差异,3个野生种质间ORF区域也无序列差异。栽培品种与野生品种的ORF区域序列含有8个差异位点,编码3个差异氨基酸。其中,ORF区域第13位点组氨酸(H)→酪氨酸(Y)发生置换,导致1个α-螺旋构象发生变化。【结论】普通荞麦MAPK基因序列高度保守,栽培驯化对ORF区域第13位点差异氨基酸的选择具有高度一致性。
- 梁成刚陈晴晴石桃雄陈其皎孟子烨陈庆富
- 关键词：普通荞麦丝裂原活化蛋白激酶蛋白结构
- 荞麦不同种间BW10KD过敏蛋白基因序列比较被引量：4
- 2013年
- 荞麦过敏蛋白(BW10KD)与变应原病人的血清免疫球蛋白(immunoglobulin E,IgE)有强烈反应。通过对属于8个荞麦种和1个变种的58个收集系中的BW10KD过敏蛋白基因保守片段进行差异分析与系统进化关系研究,为探讨BW10KD基因的结构功能及其在不同种间的进化奠定了基础,并为发生在物种基因DNA水平的微尺度的变异与进化研究中提供新的分析方法。用设计的特异引物进行扩增,所得序列与已报道过敏蛋白编码基因序列相似性达99%。各收集系间进行序列比对,得到307个排列位点(不含缺失位点),其中单型不变位点150个,多态位点S为157个(含简约信息位点数101个和单型可变位点56个)。整个序列突变位点Eta为201个。选择特定分类群内变异小、分类群间变异大的19个位点进行系统聚类分析得到清晰的种系关系图。金荞、细柄野荞、硬枝万年荞聚在一起,暗示其具有较保守的BW10KD过敏蛋白基因序列;栽培甜荞与野甜荞亲缘关系近,其次与左贡野荞较近缘;毛野荞与大野荞彼此较近缘;栽培苦荞与野苦荞亲缘关系最近,与毛野荞和大野荞亲缘关系次之。
- 陈晴晴石桃雄陈庆富
- 关键词：荞麦系统发育
- 荞麦属种间13S球蛋白基因序列比较研究被引量：3
- 2016年
- 荞麦13S球蛋白是荞麦种子中的一类主要贮藏蛋白。本研究选用荞麦属植物甜荞栽培种及其野生类型、苦荞栽培种及其野生类型、毛野荞、左贡野荞、细柄野荞和硬枝万年荞6个种共44份材料,进行PCR特异性扩增、测序得到荞麦13S球蛋白基因的保守片段序列。对序列进行差异分析,结果发现44份供试材料13S球蛋白基因片段的285个排列位点中不变位点为24个,多态性位点S为261个(含简约信息位点数198个和单型可变位点63个),序列总突变位点Eta为503个。野生甜荞种内13S球蛋白基因序列差异明显高于栽培甜荞,但野生苦荞种内13S球蛋白基因序列差异仅稍高于栽培苦荞。推测其一方面可能与繁殖方式有关,另一方面可能与荞麦驯化过程中通常只有少数野生型群体被驯化有关。系统聚类分析发现栽培甜荞与野甜荞亲缘关系近,与左贡野荞亲缘关系次之;栽培苦荞与野苦荞亲缘关系近,与毛野荞亲缘关系次之;细柄野荞和硬枝万年荞的13S蛋白基因片段序列差异较小,说明其亲缘关系较近。上述结果为荞麦属种间遗传多样性与进化关系研究提供了理论依据。
- 梁成刚陈晴晴石桃雄陈其皎孟子烨陈庆富
- 关键词：荞麦
