上官少方
- 作品数：13 被引量：21H指数：2
- 供职机构：首都儿科研究所更多>>
- 发文基金：首都卫生发展科研专项北京市自然科学基金国家自然科学基金更多>>
- 相关领域：医药卫生生物学更多>>
- 利用分子量阵列平台进行特定序列甲基化分析的方法探讨被引量：1
- 2011年
- 目的:探讨利用分子量阵列平台进行特定序列甲基化分析的方法。方法:通过对不同扩增条件和扩增效率及不同条件处理的质谱分析比较了MassArray平台进行甲基化分析的特点。结果:本研究通过与重亚硫酸盐测序结果比较证实,MassArray分子量阵列技术平台能够反映甲基化修饰的真实水平;通过不同条件下PCR扩增效率与甲基化分析的结果,发现扩增效率是制约MassArray分子量阵列技术平台甲基化分析的关键因素,而产物的放置时间和不同的处理没有明显影响甲基化分析。结论:Mas-sArray甲基化分析平台是高效快速检测甲基化修饰的平台,在使用过程中应该根据实际的实验条件,进行合理的质控。
- 王理上官少方马晓红张霆
- 关键词：甲基化
- Rubinstein-Taybi综合征患儿21例临床及基因变异谱系特点被引量：1
- 2024年
- 目的总结Rubinstein-Taybi综合征(RSTS)的基因变异类型和临床表型特点,探讨其基因型与表型的相关性。方法病例系列研究,收集2013年1月至2022年7月就诊于首都儿科研究所附属儿童医院,通过全外显子测序或染色体芯片、拷贝数变异测序,检出CREBBP或EP300基因变异的21例RSTS患儿的病例资料。总结其基因变异类型并回访其表型数目。根据变异类型将患儿分别分为点变异或拷贝数缺失组、EP300基因或CREBBP基因变异组、功能丧失或错义变异组。组间表型数目比较采用两独立样本秩和检验。结果21例患儿中男12例、女9例,年龄范围为1月龄至14岁2月龄,14例(67%)点变异,7例(33%)拷贝数缺失;其中20例(95%)为新生变异。20例患儿随访获得详细表型数目,95%(19/20)在2岁以内出现神经发育迟缓,80%(16/20)具有特殊面容。组间表型数目比较,点变异组(14例)与拷贝数缺失变异组(6例)[5.0(3.0,7.0)比5.0(2.5,5.3)个,Z=0.75,P=0.452];CREBBP基因组(10例)与EP300基因变异组(4例)[5.0(3.8,7.0)比4.0(2.0,6.0)个,Z=1.14,P=0.253];功能丧失变异组(9例)与错义变异组(5例)[6.0(4.5,7.0)比3.0(2.5,5.5)个,Z=1.54,P=0.121],差异均无统计学意义。结论RSTS患儿主要临床表型为神经发育迟缓,特定面容为疑似患者寻求基因检测提供依据。基因变异类型和表型数目无关。
- 杨圣海刘浩然李佳一张裕刘子勤王琳陈晓丽上官少方
- 小鼠胚胎干细胞增殖分化过程中叶酸缺乏对LINE-1甲基化的影响
- 目的叶酸是人体必需的维生素,参与DNA合成与甲基化修饰,在胚胎发育过程中起重要作用。LINE-1(long interspersed nucleotid element1,L1)在基因组中含量非常丰富,是具有自主转座的反...
- 常韶燕王理关云谦上官少方杜庆安王疡张霆张愚
- 关键词：小鼠胚胎干细胞叶酸缺乏增殖分化甲基化
- 调控铁调素表达的HjV-BMPs-SMADs通路中基因多态性与中国12-18岁青少年贫血的相关性研究被引量：4
- 2016年
- 目的探讨调控铁调素表达的Hj V-BMPs-SMADs通路中基因多态性与中国12-18岁青少年人群贫血的关联性。方法采用整群随机抽样的方法,在四川省成都市、吉林省白城市、广东省肇庆市、贵州省普定县、山东省汶上县、浙江省松阳县共选取657名12～18岁初中一年级寄宿制学生,使用氰化高铁法对其静脉血血红蛋白（Hb）浓度进行检测,并依据《人群贫血筛查方法》对样本进行分类。使用磁珠法提取血液样本中的DNA,经Sequenom Mass Array系统对样本进行29个目标位点的基因多态性检测。将Hb检测分类结果与基因位点分型结果进行卡方检验和t检验,分析该通路中基因多态性与Hb浓度与贫血状况的关系。结果 rs173107的TT纯合子携带人群的贫血风险是GG纯合子携带人群的5.80倍（P〈0.05,OR=5.80,95%CI 1.34～25.04）,Hb浓度分别为（143.7±14.6）和（145.6±12.0）g/L。rs855791的AG杂合子携带人群贫血发生风险是AA纯合子携带人群的4.00倍（P〈0.05,OR=4.00,95%CI 1.35～11.82）,Hb浓度分别为（144.2±14.8）和（145.8±12.0）g/L。G等位基因型携带人群贫血风险是AA纯合子携带人群的3.68倍（P〈0.05,OR=3.68,95%CI 1.27～10.66）,Hb浓度分别为（144.3±14.4）和（145.8±12.0）g/L。两个阳性位点各基因型之间的Hb水平差异均无统计学意义,但可以观察到rs173107的TT纯合子和rs855791的G等位基因携带人群的Hb浓度均低于其他相应基因型组别的Hb浓度。结论 Hj V-BMPs-SMADs通路上的rs173107和rs855791与中国青少年人群贫血之间存在关联。
- 朴玮王理张霆王珍上官少方孙静霍军生
- 关键词：铁调素基因多态性贫血
- 全外显子测序在语言发育迟缓/障碍儿童早期诊断中的应用被引量：12
- 2021年
- 目的评估全外显子测序技术(WES)对儿童语言发育迟缓/障碍的早期诊断价值。方法回顾性研究。选取2019年1月至2020年12月于首都儿科研究所附属儿童医院保健科就诊的语言发育迟缓/障碍患儿为研究对象。知情同意基础上采集患儿和父母外周血进行WES,结合患儿的临床表型筛选候选变异,包括单核苷酸突变(SNVs)和基因拷贝数变异(CNVs)。候选变异利用Sanger测序/real-time PCR/CNV-Seq完成验证和家系分离分析,最终根据美国医学遗传学与基因组学学会(ACMG)指南完成致病性评估和遗传诊断。对其中完成《儿童神经心理行为检查量表2016版》检查的125例患儿,以WES检测结果阳/阴性分组,采用t检验比较两组患儿总发育商、大运动、精细动作、适应能力、语言和社会行为能区的发育水平。结果165例语言发育迟缓/障碍患儿完成WES检测,男女比例为1.95∶1,男童109例,女童56例,年龄(3.2±1.2)岁、中位数3.0岁,共检测出与疾病相关的致病性突变者45例,阳性诊断率为27.3%(45/165)。其中36例检测到的变异为SNVs,9例为CNVs。家系成员的变异来源检测显示新发突变在致病性基因变异中占比为86%(31/36)。女童的阳性诊断率45%(25/56),显著高于男童(18.3%、20/109,χ^(²)=12.171,P<0.05);各年龄段的阳性诊断率无显著差异(χ^(²)=4.349,P>0.05);WES检测阳性组患儿大运动发育商均值低于阴性组(61.5±15.39 vs.69.4±14.36),差异有统计学意义(t=-2.610,P<0.05);两组患儿在精细动作、适应能力、语言、社会行为能区发育商的差异无统计学意义(t=-0.933、-1.298、-0.114、-0.214,P均>0.05)。结论语言发育迟缓/障碍具有复杂的遗传异质性,WES在全外显子层面对语言发育迟缓/障碍儿童的早期病因诊断具有重要价值。
- 王建红谢华许琪田宇王曦上官少方张裕卢贺阳陈晓丽王琳
- 关键词：儿童语言障碍外显子测序
- PTCH1基因单核苷酸多态性和山西NTDs高发人群脊柱裂遗传易感性的关联性研究
- 目的1.研究山西NTDs高发人群PTCH1基因单核苷酸多态性和NTDs发病风险的关系。2.分析NTDs易感SNP位点周围CpG位点甲基化水平,探讨遗传易感性和甲基化调控之间的关系。方法研究对象来自山西省NTDs高发区,对...
- 王理王珍张霆上官少方常韶燕卢晓琳吴丽华
- 关键词：高发人群甲基化水平基因单核苷酸多态性易感性
- 努南样综合征伴毛发松动患儿的临床特征分析
- 2025年
- 目的分析努南样综合征伴毛发松动(NS-LAH)患儿的临床及遗传学特征。方法回顾性分析首都儿科研究所内分泌科2018年1月至2024年6月诊断的5例NS-LAH患儿一般情况、临床表现、特殊体征、治疗、预后等临床资料,总结其临床特征,通过全外显子测序联合Sanger测序完成家系遗传学病因分析,变异应用美国医学遗传学与基因组学学会指南进行解读。结果5例NS-LAH患儿中男3例、女2例,诊断年龄为2.3~7.7岁,均因身高增长缓慢就诊。母孕产史、出生史均未见异常。例2、5出生时为巨大儿。5例患儿除具有Noonan综合征特征性面容、身材矮小及不同程度的智力运动发育落后外,均表现为毛发稀疏、易脱落以及大头围。心脏结构异常者4例,其中肥厚型心肌病1例,房间隔缺损2例,卵圆孔未闭1例。4例患儿发现SHOC2基因新生杂合错义变异,其中3例为c.4A>G(p.S2G),1例为c.519G>C(p.M173I)。1例发现PPP1CB基因新生杂合错义变异c.146C>G(p.P49R)。3例患儿诊断生长激素缺乏症,应用人重组生长激素治疗1.7、2.7、0.5年,身高增长11.8、8.4、13.0 cm/年。4例SHOC2基因变异患儿中,2例患系统性红斑狼疮,1例出现不明原因关节炎。结论NS-LAH临床多以生长缓慢就诊,头围增大及毛发稀疏、松动为特征性表现;生长激素缺乏症发生率高,生长激素治疗效果可;SHOC2基因的经典变异(c.4A>G)有发生自身免疫性疾病的风险。
- 王稀欧刘子勤上官少方赖建铭王鹏超宋福英叶雪杜牧黄书越高亢
- 遗传性球形红细胞增多症患儿16例的SPTB基因变异特征分析被引量：1
- 2023年
- 目的分析16例SPTB基因变异所致遗传性球形红细胞增多症(HS)患儿的临床特征和变异谱,探讨变异类型与HS临床表型的相关性。方法选择2018年11月至2022年7月就诊于首都儿科研究所附属儿童医院血液科门诊的HS患儿为研究对象。收集患儿的临床资料,采用全外显子组测序对患儿进行检测,对候选变异进行Sanger测序家系验证,同时进行生物信息学分析和蛋白三维结构预测。采用χ^(2)检验比较具有不同蛋白质功能结构域的SPTB基因变异位点的患儿的临床表型差异。结果16例HS患儿的男、女比例为6:10,中位发病年龄为7岁10个月,主要临床表现为贫血、黄疸、网状红细胞增多,其中轻、中、重度贫血占比分别为56.25%(9/16)、31.25%(5/16)、12.50%(2/16)。基因检测结果显示,16例HS患儿均携带SPTB基因变异,其中10种变异既往未见报道,7例患儿的变异为新发。生物信息学分析显示,16例HS患儿中SPTB基因功能丧失型变异(LOF)占93.75%(15/16),错义变异占6.25%(1/16);变异位点分别位于收缩蛋白部分重复结构域(68.75%,11/16)、肌动蛋白结合域CH1(25.00%,4/16)和二聚化结构域(6.25%,1/16)。χ^(2)检验显示,变异位点位于不同功能结构域的患儿的贫血程度差异无统计学意义(χ^(2)=3.345,P>0.05)。蛋白三维结构预测结果显示,c.253G>A(p.G85R)错义变异可能影响蛋白质的正确折叠和二聚化的氢键网络,导致蛋白结构的异常;其余15种LOF变异可产生相应的截短蛋白,影响收缩蛋白的功能。根据美国医学遗传学与基因组学学会相关指南,上述变异均被评判为致病或可能致病。结论16例携带SPTB基因变异的HS患儿中轻中度贫血占比较高,变异类型以LOF为主,不同功能结构域的变异并不影响HS患儿的临床表现。本研究丰富了SPTB基因的致病变异谱和临床表型谱。
- 葛洋洋李娟娟韩烨谢华上官少方姜茜陈晓丽刘嵘
- 关键词：儿童遗传性球形红细胞增多症
- 脊柱裂胚胎脑组织FZD3基因启动子区甲基化修饰特点分析
- 目的研究FZD3基因单核苷酸多态性和NTDs发生的相关性及脑组织中FZD3启动子区甲基化改变与脊柱裂发生的相关性。研究FZD3启动子区甲基化对该基因表达的调控作用。方法本研究的所有研究对象均来自山西省NTDs高发区。FZ...
- 上官少方包怡华邹继珍赵慧智牛勃张霆王理常韶燕卢晓玲王珍吴丽华王建华王秀伟官臻
- 关键词：启动子区甲基化基因表达胚胎脑组织甲基化水平
- PRKCI基因单核苷酸多态性与神经管畸形的相关性研究
- 2011年
- 目的探讨PRKCI基因单核苷酸多态性(SNP)与中国山西省神经管畸形(NTDs)发生的相关性。方法采用病例对照研究,利用MassARRAY分子量阵列分析平台,检测133例NTDs标本和135例非病理性胎儿标本PRKCI基因中17个标签SNPs的基因分型,分析其与NTDs发生的相关性。结果 17个SNPs位点中,16个的微效等位基因频率(MAF)与HapMap或dbSNP数据库的结果基本一致。除rs9876082外,其余SNPs位点的基因型分布和等位基因频率在病例组和对照组均无明显差异。rs9876082位点为纯合的微效等位基因A时,NTDs的发病率增加(P=0.035,比值比=2.135,95%可信区间=1.846-2.471),但是调整其它变量后进行logistic回归分析,这种相关性不再明显(P=0.057)。结论 PRKCI基因rs9876082位点与NTDs的发生有弱的相关性,这种相关性需进一步加大样本进行验证,PRKCI基因可能不是通过其SNPs影响NTDs的易感性。
- 高永辉陈晓丽上官少方包怡华卢晓琳邹继珍张霆戴耀华
