唐典勇 作品数:38 被引量:54 H指数:4 供职机构: 乐山师范学院化学学院 更多>> 发文基金: 四川省自然科学基金 四川省教育厅资助科研项目 教育部科学技术研究重点项目 更多>> 相关领域: 理学 医药卫生 生物学 文化科学 更多>>
HIV-1整合酶G140A/G149A及T66I/S153Y突变后的构象变化 被引量:2 2010年 对HIV-1整合酶(IN)野生体(WT),G140A/G149A和T66I/S153Y突变体分别进行了5ns的分子动力学(MD)模拟,并用成簇和动力学交叉相关图(DCCM)分析了突变前后的构象变化.整体结构分析表明,突变后IN的活性口袋尺寸变化不大,T66I/S153Y突变体分子的整体运动性提高,而G140A/G149A突变体的功能loop区柔性明显上升.INWT的方均根涨落(RMSF)模拟值与B因子实验值的较高相关性证明了柔性分析的合理性.通过成簇分析发现,IN在突变后功能loop区构象有开合运动,构象开放的概率是:体系G140A/G149A>T66I/S153Y>WT.最后DCCM分析结果表明,功能性分区的弱化以及DDE基序残基运动相关性的降低均有可能是突变体G140A/G149A和T66I/S153Y产生抗药性的原因.模拟结果对理解IN突变体的抗药机理以及为基于HIV-1IN的药物分子设计提供了理论帮助。 胡建平 唐典勇 范晶 常珊关键词:整合酶 突变体 构象变化 用分子模拟方法研究大戟科抗HIV病毒蛋白与腺嘌呤的识别及其运动性 2011年 大戟科抗HIV病毒蛋白(GAP31)能有效地抑制HIV-1整合酶的整合功能,是一种潜在的抗AIDS药物。作者对GAP31蛋白与其底物腺嘌呤(adenine,ADE)的复合物进行了5 ns的分子动力学模拟,从能量和氢键两个角度详细分析了GAP31与ADE识别中的关键残基。结果表明,ADE主要结合在GAP31的T71~V80、G111~K120、I161~F170及F87所构成的口袋中,模拟结果与实验吻合。最后,分子整体运动性结果说明,分子的构象变化更多地与糖基化相关,与其抑制整合酶的活性关系不大。 胡建平 刘嵬 张智锦 范晶 唐典勇关键词:腺嘌呤 构象 氢甲酰化反应溶剂效应的量子化学研究 被引量:1 2004年 在B3LYP/6-31G(d,p)(Rh和P采用LANL2DZ+Polar)水平下,利用自洽反应场(SCRF)的Onsager模型,系统研究了C6H12、C6H6、THF、CH2Cl2、CH3OH和H2O(相对介电常数ε分别为2.02、2.25、7.58、8.93、32.63和78.39)六种溶剂对乙烯氢甲酰化反应中各驻点的结构和反应机理的影响.分别在上述溶剂中优化了反应物、产物、中间体和过渡态的结构,并计算了自由能和活化自由能.计算结果表明,不同溶剂对反应势能面上各驻点的结构和能量均有一定的影响,而且随着相对介电常数ε的增加,反应的活化自由能下降.水是以上六种溶剂中最佳的溶剂,这与大量的实验研究结果一致. 罗小玲 唐典勇 李明关键词:氢甲酰化反应 溶剂效应 SCRF 密度泛函理论 生物技术专业有机化学教学改革研究 被引量:2 2011年 有机化学是本科生物技术专业的一门重要的专业基础课程。该文针对目前高校专业基础课课时压缩的情况,结合教学实践和体会,指出现有教学中的弊端,提出了改革探索与实践方案。 胡建平 唐典勇 杨述章 杨勇 罗元春关键词:生物技术专业 有机化学 教学改革 希夫碱型大环多胺锌配合物对α-吡啶甲酸对硝基苯酚酯催化水解的研究 被引量:2 2009年 The kinetics of the hydrolysis of p-nitrophenyl picolinate(PNPP) catalyzed by zinc complex of schiff base macrocyclic polyamine(Zn2+ complex of 1,4,7,10,13,16-hexaazacyclooctadeca-1,3,10,12-tetraene was abbreviated to ZnL2+)were studied at 25℃and pH=7.00.The pseudo-first-order rate constant(kψ)of the catalytic PNPP hydrolysis was 8.85×10-3 s-1,which was 463 times larger than that of the spontaneous hydrolysis of PNPP at pH=7.00.The effect of surfactants(Brij35,CTAB,and SDS),pH,temperature,and the concentration of ZnL2+ on the PNPP hydrolysis catalyzed by ZnL2+ was also studied in present paper.The thermodynamic and kinetic parameters of the titled reaction were obtained with the mathematical model.The activated water molecule in the reactant-catalyst complex was a strongly nucleophilic species,which could promote the PNNP hydrolysis reaction effectively. 刘凡 唐典勇 刘志昌 张元勤关键词:PNPP 催化水解 杂双核Rh(Ⅰ)-Cr配合物催化乙炔氢甲酰化反应机理的密度泛函研究 2009年 用密度泛函B3LYP方法对杂双核(CO)4Cr(μ-PH2)2RhH(CO)(PH3)配合物催化乙炔氢甲酰化反应机理进行了详细研究.对结合和解离机理所涉及中间体和过渡态的结构进行详细分析,在此基础上阐明了金属铬的协同性.计算结果表明解离机理占主导地位.乙炔氢甲酰化反应的决速步骤为炔烃插入步骤,在298.15K和101.325kPa下的活化自由能为73.72kJ/mol.乙炔插入和醛还原消除步骤均在热力学上不可逆.Cr(CO)4部分的引入并没有改变乙炔氢甲酰化反应机理.Rh与Cr间的d轨道相互作用在反应过程起重要作用. 唐典勇 胡常伟关键词:乙炔 反应机理 不对称Simmons-Smith反应的密度泛函研究 被引量:3 2003年 用密度泛函方法研究了Zn催化二氯甲烷和二碘甲烷分别与(3Z,2S)戊3烯2醇反应的机理.计算表明,反应是吸热的.产物手性的决定步骤是环丙烷化.二碘甲烷与(3Z,2S)戊3烯2醇的反应具有明显的对映选择性,其反应显著快于二氯甲烷与(3Z,2S)戊3烯2醇的反应. 唐典勇 申伟 李明关键词:密度泛函方法 不对称催化反应 反应机理 量子化学计算 金镍六原子团簇吸附CO的密度泛函研究 2011年 在UBP86/LAN2DZ水平上计算了金镍二元团簇(AunNi6-n,n=0~6)吸附CO的稳定构型和相关性质。计算结果表明,AunNi6-nCO团簇的最低能量结构是在AunNi6-n团簇最低能量结构或亚稳态结构基础上吸附CO分子而形成。优化结构中C-O键长表明,吸附后的CO没有解离,即CO分子在AunNi6-n团簇表面发生非解离吸附。除Au6和Au5Ni团簇外,AunNi6-nCO团簇中C-O键长均在0.120 nm以上,CO分子的活化程度较大。除Au6团簇外,CO在AunNi6-n团簇表面的吸附能均比较大,表明CO吸附后不容易发生解离。 唐典勇 胡建平 伏秦超 张元勤关键词:CO吸附 吸附能 密度泛函方法 戊烷与颗粒型甲烷单加氧酶的相互作用研究 2011年 颗粒型甲烷单加氧酶(Particulate methane monooxygenase,PMMO)是一个与细胞膜结合的金属酶,能将烷烃生物催化为醇.研究PMMO与烷烃的结合模式及催化机制将有利于设计合成一个新的模拟酶,进而有效地利用烷烃作为新能源.用分子对接方法获得了PMMO单体与一系列烷烃的结合模式,并对PMMO单体和PMMO-戊烷复合物进行了6 ns的分子动力学模拟,最后对复合物进行了构象成簇及结合能分析.结果表明,戊烷结合到靠近Zn2+的疏水口袋中,该口袋由pmoA亚基的M45~W60和R190~T193以及pmoC亚基的Q161’三个片段组成.动力学结果表明,与PMMO单体比,PMMO-戊烷复合物保持着相近的运动模式,但幅度更明显,另外,戊烷在疏水口袋中的大幅度运动对于PMMO发挥催化作用是必须的.结合能计算揭示疏水相互作用是戊烷与PMMO稳定识别的主要驱动力,所有模拟结果与实验数据吻合较好. 唐典勇 刘嵬 胡建平 孙国峰 张元勤 常珊关键词:戊烷 分子对接 分子动力学 相互作用 Cu_2^-催化CO氧化反应机理的理论研究 被引量:1 2010年 用量子化学密度泛函方法详细研究了双原子铜阴离子Cu-2催化CO氧化形成CO2反应在气相中机理.在UB3LYP结合混合基组水平上,优化了所有反应物,中间体,过渡态和产物的几何构型,并进行了振动分析和波函数稳定性测试.计算结果表明最可能反应通道为CO和O2共吸附到Cu-2,然后形成四元环中间体,最后四元环中间体分解形成产物或另一分子CO进攻四元环中间体从而形成产物.第二个CO分子的协同作用比较小,能垒仅相差0.02eV.最难进行的反应通道为CO从Cu2O-2摘取氧原子形成CO2.Cu-2催化CO氧化反应活性比Au-2好. 唐典勇 胡建平 张元勤 胡常伟关键词:CO氧化反应 反应机理 密度泛函理论