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基因水平的关联分析方法被引量：5: 2013年; 全基因组关联研究(Genome wide association study,GWAS)已经在国内外的医学遗传学研究中得到广泛应用,但是GWAS数据中所蕴含的与多基因复杂性状疾病机制相关的丰富信息尚未得到深度挖掘。近年来,研究者采用生物网络分析和生物通路分析等生物信息学和生物统计学手段分析GWAS数据,并探索潜在的疾病机制。生物网络分析和生物通路分析主要是以基因为单位进行的,因此必须在分析前将基因上全部或者部分单个单核苷酸多态性(Single nucleotide polymorphism,SNP)的遗传关联结果综合起来,即基因水平的关联分析。基因水平的关联分析需要考虑单个SNP的遗传关联、基因上SNP数量和SNP之间的连锁不平衡结构等多种因素,因此不仅在遗传学的概念上也在统计方法方面具有一定的复杂性和挑战性。文章对基因水平的关联分析的研究进展、原理和应用进行了综述。; 罗旭红刘志芳董长征; 关键词：全基因组关联研究网络分析

基于谷歌地图的传染病空间聚集性分析被引量：5: 2014年; 目的探讨谷歌地图在传染病空间聚集性分析中的应用,探索以社区(行政村)为单位进行空间聚集性分析。方法利用谷歌地图的地理译码技术和计算几何算法以及文本解析方法,将宁波市镇海区2005-2010年结核病的报告数据和模拟数据,转换成以社区(行政村)为单位的发病统计数据,以此为基础利用SaTScan进行扫描统计分析,比较以街道为单位和以社区(行政村)为单位进行空间聚集性分析的结果。结果无论是以街道为单位还是以行政村为单位的聚集性分析,均发现镇海区蛟川街道2005-2010年具有明显的结核病空间聚集性现象,而以行政村为单位的聚集性分析更精确地给出主要聚集区位于中官路村、五里牌村和俞范社区等行政村。对镇海区招宝山街道模拟数据的分析表明,以社区为单位进行聚集性分析能够在早期发现街道内部小范围的空间聚集性,这与以街道为单位进行聚集性分析着重发现较大范围的空间聚集性形成互补。结论谷歌地图及其地理译码技术在传染病空间聚集性分析中具有广阔的应用前景,以社区(行政村)为单位进行空间聚集性分析具有可行性和现实意义。; 袁东方应莉娅刘志芳罗旭红董长征; 关键词：空间聚集性谷歌地图

人肠道病毒71型与手足口病的分子流行病学及其分子进化被引量：31: 2015年; 人肠道病毒71血清型(Enterovirus 71,EV71)是手足口病(Hand,foot and mouth disease,HFMD)的主要病原体之一,除了引起手、足和口腔等部位出现疱疹的手足口病典型症状,还能引起无菌性脑膜炎和急性迟缓性麻痹等神经系统并发症并致死亡。EV71在历史上曾经造成多起手足口病疫情,尤其是1997年之后,在亚太地区发生了大规模的手足口病疫情,造成了大量的手足口病病例和死亡病例。手足口病尚无上市疫苗和抗病毒药物,主要依赖对症治疗,因此对EV71的分子流行病学和分子进化研究对手足口病的监测和防控具有重要意义。文章对EV71基因型的分类、时空分布、进化特征和模式以及所造成的代表性疫情进行了综述,为EV71致病机制、抗病毒药物和疫苗的研究以及对手足口病疫情的监测和防控提供启发。; 刘志芳桂娟娟华启航董长征; 关键词：手足口病肠道病毒71型基因型

宁波市2008～2012年手足口病时空聚集性分析被引量：1: 2017年; 以街道/镇/乡为基本空间单位,采用时空扫描统计量对宁波市2008~2012年手足口病的时空聚集性特征进行分析.结果显示:2009~2012年宁波均出现了有统计学意义的一级时空聚集区,聚集区的相对风险介于3.76~5.37,即聚集区内是聚集区外手足口病发病风险的约3~5倍.时空聚集性出现的主要区域为宁海和象山的绝大多数街道/镇/乡.宁海和象山是宁波市手足口病的发病热点地区,需要采取针对性措施进行重点防控.; 张添方刘志芳祝苗易波许国章顾华董长征; 关键词：手足口病空间流行病学

浙江省2005—2011年肺结核流行特征与空间聚集性被引量：21: 2016年; 目的分析浙江省2005-2011年肺结核的流行特点，探讨其空间聚集特征。方法综合肺结核报告发病率、空间自相关分析法和单纯空间扫描统计量，以区县级为单位对浙江省2005-2011年肺结核监测数据进行分析。结果2005-2011年浙江省90个区县共报告新发肺结核239080例，年均报告发病率为67．50／10万。发病以男性为主，男女占比为2．18：1；年龄分布以15—60岁为主，占75．5％；职业分布以农民为主，占44．9％，其次是民工和工人，分别占22．0％和10．2％。空间自相关分析和单纯空间扫描统计量均发现浙江省西部衢州市的绝大多数区县以及杭州市的部分区县为肺结核高发病率聚集地区，而嘉兴市、宁波市和丽水市则为低发病率聚集地区。结论浙江省肺结核发病率总体呈下降趋势，发病率低于全国平均水平；农村的男性青壮年是肺结核主要易感人群；衢州市是浙江省肺结核的主要发病聚集区域。; 桂娟娟张添方刘志芳华启航陈彬顾华董长征; 关键词：肺结核空间聚集性空间自相关

宁波市镇海区2008—2011年手足口病的时空聚集性分析被引量：2: 2013年; 目的探讨宁波市镇海区近几年来手足口病的时空分布特点。方法采用SaTScan软件中的时空扫描统计量对镇海区2008—2011年手足口病的报告数据(=1 095)进行时空聚集性分析。结果时空扫描统计量探测出了两个可能的手足口病发病聚集区域:九龙湖镇、澥浦镇和骆驼街道区域在2011年5月至2011年11月期间手足口病的发病具有聚集性[=0.001,相对风险()=7.02];庄市街道和蛟川街道区域在2011年3月至2011年7月期间手足口病的发病具有聚集性(=0.001,=6.45)。结论时空聚集性分析作为评价传染病聚集性的一种有效方法,可以对传染病的聚集性同时进行时间和空间两个维度上的分析,可为疾控部门提供预防和控制传染病暴发的相关信息,为手足口病的防治工作提供依据。; 郑珩刘志芳董长征; 关键词：手足口病聚集性

宁波市2008—2012年手足口病流行特征与空间聚集性分析被引量：14: 2016年; 目的分析宁波市2008—2012年手足口病的流行特点,探讨其空间聚集特征。方法综合流行病学方法和空间自相关分析方法,以区县级为单位对宁波市2008—2012年手足口病监测数据进行分析。结果 2008—2012年宁波市共报告新发手足口病63 213例,年均报告发病率为173.72/10万;发病以男性居多,男女占比达1.57∶1;年龄分布以低龄儿童为主,5岁以下占90.35%,3岁以下占60.28%;职业分布以散居儿童为主(63.39%),其次是幼托儿童(34.44%)和学生(2.16%);发病率地区分布和空间自相关分析结果表明宁波市南部的宁海县与象山县为手足口病高发病率聚集地区。结论宁波市手足口病持续高发,发病率高于浙江省平均发病率;宁波市南部的宁海县和象山县是主要发病聚集区域。; 陈琴刘志芳董长征易波许国章顾华; 关键词：手足口病空间聚集性空间自相关

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刘志芳