余祝君
- 作品数：4 被引量：29H指数：3
- 供职机构：大连海洋大学更多>>
- 发文基金：辽宁省教育厅高等学校科学研究项目国家自然科学基金更多>>
- 相关领域：生物学农业科学更多>>
- 盐藻小G蛋白基因的克隆及表达分析
- 克隆盐藻小G蛋白基因(命名为DsRab),为研究盐藻耐盐分子机制奠定基础。采用RT-PCR和RACE技术克隆了盐藻小G蛋白基因DsRab cDNA全长序列(GenBank Accession No.JN989548),对...
- 柴晓杰余祝君王媛丛玉婷
- 关键词：盐藻RACE技术生物信息学荧光定量PCR
- 文献传递
- 盐藻CDPK基因的克隆与生物信息学分析被引量：15
- 2013年
- 为了研究CDPK基因的结构和功能,应用RT-PCR和RACE方法从盐藻Dunaliella salina中克隆得到CDPK基因(GenBank登录号为JQ964113),并对其进行生物信息学分析。结果表明:盐藻CDPK基因的cDNA全长3 052bp。5'-UTR长70bp;开放阅读框长1650bp,编码549个氨基酸;3'-UTR长1332bp。蛋白表现为弱酸性,且稳定、亲水,二级结构中以无规则卷曲和α-螺旋为主,三级结构同源建模成功。亚细胞定位于叶绿体和细胞核中,无跨膜结构域,无信号肽。蛋白序列中存在4个丝氨酸磷酸化位点、4个苏氨酸磷酸化位点和3个酪氨酸磷酸化位点,蛋白激酶结构域在53～331位氨基酸处,蛋白激酶ATP结合域在59～82位氨基酸处,丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶活性域在173～185位氨基酸处,4个EF-hand钙结合域分别在357～385、393～421、429～457、465～493位氨基酸处。进化分析结果表明,克隆的CDPK基因与团藻、衣藻、盐藻Dunaliella tertiolecta的CDPK亲缘关系最近。为进一步研究CDPK基因的功能及探究盐藻耐盐机制的信号转导途径奠定了分子基础。
- 张晓琳柴晓杰张婷余祝君薛飞
- 关键词：盐藻CDNA全长生物信息学分析
- 盐藻小G蛋白基因(DsRab)的克隆及在高盐胁迫下的表达分析被引量：5
- 2013年
- 采用RT-PCR和RACE技术扩增了杜氏盐藻小G蛋白基因cDNA全长序列(GenBank Accession No.JN989548),命名为DsRab,对其进行生物信息学分析,并通过实时荧光定量PCR方法检测盐胁迫下该基因的表达情况。结果表明,DsRab基因的cDNA全长为1 299 bp,开放阅读框(ORF)为612 bp,编码203个氨基酸,5'非编码区78 bp,3'非编码区609 bp;保守性结构域分析可知编码的小G蛋白有4个GTP/GDP保守结构域,1个效应区、1个羧基端的半胱氨酸结构域和5个Rab亚家族共有的结构域;二级结构预测表明该蛋白有32.02%的α-螺旋,23.65%的伸展片段,44.33%的自由卷曲,三维建模成功;比对分析发现DsRab蛋白与多种生物的Ypt/Rab的氨基酸序列具有较高的同源性。荧光定量PCR结果表明,盐藻在高盐(3.0 mol/L)胁迫下,DsRab基因表达量显著上调,1 h后表达量达到最大值,为正常培养下对照组(0 h)的4.9倍,差异极显著(P<0.01)。
- 余祝君柴晓杰张晓琳张婷薛飞
- 关键词：杜氏盐藻RACE技术生物信息学荧光定量PCR
- 盐藻新基因DsSTPK的克隆及生物信息学分析被引量：12
- 2012年
- 采用RT-PCR和RACE技术克隆了杜氏盐藻DsSTPK的1种丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶基因(GenBank accession No.JN625213),命名为DsSTPK,并对其进行了生物信息学分析.结果表明,盐藻DsSTPK基因的cDNA全长为3 129 bp,可阅读框为2 184 bp,编码727个氨基酸.该蛋白为亲水性蛋白,无信号肽,无跨膜区域,为非跨膜蛋白,且定位于细胞质基质,二级结构的主要元件为无规卷曲和α螺旋,三维建模成功,在167～190位有1个蛋白激酶的ATP结合区、293～305位1个丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶活性区,存在多个潜在的磷酸化位点.进一步的进化分析表明,其与衣藻、团藻亲缘关系最近.这些研究结果为进一步阐明DsSTPK的功能及作用机制奠定了基础.
- 薛飞柴晓杰余祝君张晓琳张婷
- 关键词：杜氏盐藻全长CDNA生物信息学分析
