王贤 作品数:6 被引量:12 H指数:2 供职机构: 江苏省人民医院 更多>> 发文基金: 江苏省政府“135”重点实验室科研基金 江苏省卫生厅面上基金 江苏省卫生厅科技发展基金 更多>> 相关领域: 医药卫生 生物学 更多>>
肺癌中结肠多发性腺瘤样息肉基因启动子1A序列甲基化模式的研究 被引量:10 2006年 目的探寻结肠多发性腺瘤样息肉(APC)基因启动子1A序列中肺癌甲基化位点及其存在模式。方法用甲基化序列特异性引物,对阳性控制样品(CB+)、阴性控制样品(CB-)、13份正常肺组织及19份肺癌组织进行APC基因启动子1A序列甲基化特异性扩增(MSP),其扩增产物直接测序和进行克隆测序分析。结果在19份肺癌组织中,APC基因启动子1A序列的707、714、719和726位点发生高甲基化,甲基化率分别为95%(18/19)、74%(14/19)、74%(14/19)和74%(14/19),与正常肺组织比较,差异均有统计学意义(P<0.001)。而679和687位点甲基化发生率均为11%(2/19),与正常肺组织甲基化发生率(0/13)接近(P>0.05)。结论在APC基因启动子1A序列中存在CPG胞嘧啶二核苷酸特定甲基化模式,其对肺癌早期诊断可能有重要意义。 潘世扬 张寄南 魏源华 姚孝明 王贤 黎青 黄珮珺 杨笛 束永前 童明庆关键词:甲基化 肺肿瘤 芯片技术用于APC基因启动子甲基化定量检测 被引量:3 2006年 目的研制抑癌基因APC启动子1A的甲基化定量检测芯片,对临床标本进行初步定量检测分析。方法采用脐带血DNA克隆体作为阴性、阳性质控品建立芯片,提取6例健康人的肺组织DNA、6例肺癌患者的肺组织和癌组织DNA,进行亚硫酸盐化学修饰,以甲基化特异性引物进行基因扩增,与探针杂交检测,并进行甲基化特异性序列分析。结果甲基化阳性、阴性质控品的芯片检测与测序结果吻合。687、707、714、719和726共5个位点的荧光强度标准曲线的R2为0.93-0.99。687、707、714、719和726共5个位点非甲基化的检测范围:(0±8.7)%、(0±17.6)%、(0±17)%、(0±13)%、(0±8)%;甲基化杂合型的检测范围:(50±3.6)%、(50±6.9)%、(50±3.5)%、(50±8.5)%、(50±7.3)%。标本的芯片检测与测序结果一致。结论本研究首次建立了以微阵列技术为基础的APC基因启动子甲基化定量检测芯片。 王贤 潘世扬 陆祖宏 程璐 魏源华 张丽霞 陈丹 张寄南关键词:APC基因 甲基化 芯片 APC基因甲基化定量检测芯片的建立 目的建立抑癌基因APC(adenomatous polyposis coli,APC)启动子1A的甲基化定量芯片检测方法。方法选取一段420bp的APC基因启动子1A CpG密集序列作为靶序列,针对M0、M1、M2、M3... 潘世扬 王贤 张丽霞 陆祖宏 程璐 陈丹 张寄南关键词:DNA甲基化 芯片 APC基因 文献传递 K-RAS基因突变的套式PCR检测及其在大肠癌中的应用 被引量:2 2006年 目的探讨高敏感性K-RAS基因点突变检测方法在大肠癌临床的应用价值。方法用套式聚合酶链反应结合限制性片段多态性分析(PCR-RFLP)检测大肠癌组织及其癌旁组织K-RAS基因第12密码子点突变。结果癌组织K-RAS基因第12密码子点突变率为12%(4/34),表现为GGT→GAT和GGT→GTT,癌旁组织无K-RAS突变。伴有12密码子突变的大肠癌以隆起型为主,患者年龄较大,均属C和D期。结论大肠癌患者K-RAS基因突变与患者的年龄、肿瘤的大体形态和患者Dukes分期等临床病理参数有关。 顾进 潘世扬 戎国栋 黄珮珺 魏源华 王贤 陈丹 张丽霞 胡宜蘅关键词:结肠肿瘤 直肠肿瘤 突变 APC基因甲基化定量检测芯片的建立 被引量:1 2008年 目的建立抑癌基因APC(adenomatous polyposis coli,APC)启动子1A的甲基化定量芯片检测方法。方法选取一段420bp的APC基因启动子1A CpG密集序列作为靶序列,针对M0、M1、M2、M3、M45个CpG靶位点,设计一套检测甲基化与非甲基化的探针。采用脐带血DNA克隆体作为阴性、阳性质控品。结果甲基化阳性、阴性质控的芯片结果与测序吻合。每组探针中荧光强度由强至弱依次为,阳性质控(甲基化):探针1>2、3>4;阴性质控(非甲基化):探针3>4、1>2。5个位点的5条荧光强度标准曲线,R2范围是0.93~0.99。M0、M1、M2、M3、M45个位点甲基化杂合型的检测范围分别为50.0%±3.6%、50.0%±6.9%、50.0%±3.5%、50.0%±8.5%、50.0%±7.3%。结论建立了APC基因启动子5个CpG位点的甲基化定量检测芯片。 潘世扬 王贤 张丽霞 陆祖宏 程璐 陈丹 张寄南关键词:DNA甲基化 芯片 甲基化特异性基因扩增检测过程中的质量控制 被引量:2 2006年 目的构建adenomatous polyposis coli(APC)基因启动子1A的甲基化阳性质粒标准品,对甲基化特异性基因扩增(meth-ylation specific PCR,MSP)的检测灵敏度进行质量控制。方法对脐血淋巴细胞DNA转甲基并化学修饰,制备甲基化阳性和阴性模板,MSP后获得目的片段,克隆到pMD18-T质粒载体,测序筛选阳性和阴性质粒标准品,紫外分光法对标准品定量,对10倍梯度稀释的质粒进行SYBR Green I荧光定量PCR来获得弱阳性质控品,对36份组织样本进行MSP检测。结果将MSP后电泳能显示的质粒(105拷贝/ml)作为弱阳性质控品。在加入弱阳性质控品后,2例阴性的样本最终定为阳性;11例未定结果的样本最终7例定为阳性,4例定为阴性。36例样本无质控品前的甲基化阳性率为25%,有质控品后的阳性率为50%,两次结果差异显著(P=0.001)。结论构建了携带甲基化阳性的APC基因启动子的质粒标准品并制备了低拷贝的弱阳性质控品,可以对MSP检测灵敏度进行质量控制,降低了检测的假阴性率。 魏源华 潘世扬 王贤 陈丹 张丽霞 黄珮珺 童明庆 张寄南关键词:甲基化特异性PCR APC基因