李栋
- 作品数：14 被引量：68H指数：5
- 供职机构：军事医学科学院更多>>
- 发文基金：国家重点基础研究发展计划国家自然科学基金国家高技术研究发展计划更多>>
- 相关领域：生物学医药卫生更多>>
- 蛋白质相互作用信息的文本挖掘研究进展被引量：2
- 2010年
- 蛋白质相互作用是生命活动中一种极其重要的生物分子关系,对此领域的研究不仅具有理论意义,还具有较强的应用价值.近年来,随着研究的深入,各种蛋白质相互作用的生物医学文献激增,挖掘其中的蛋白质相互作用关系成为人们面临的一大挑战.当前,已提出了多种文本挖掘方法,对分散于生物医学文献中的蛋白质相互作用信息进行结构化或半结构化处理.对这些工作进行分析,总结出基于生物文本挖掘蛋白质相互作用信息的一般流程,从蛋白质命名实体的识别、蛋白质相互作用关系的提取和蛋白质相互作用注释信息的提取3个子任务进行阐述,同时介绍了生物文本挖掘领域的评测会议和一些挖掘蛋白质相互作用相关信息的工具.最后,对该领域存在的一些重要问题进行分析,并预测了未来可能的发展方向,以期对该领域相关研究提供一定的参考.
- 李满生刘齐军李栋刘培磊朱云平
- 关键词：蛋白质相互作用文本挖掘命名实体识别
- LW-AFC及其活性成分对皮质酮致突触可塑性损伤的保护作用及机制研究
- 应激是指当机体受到各种内外环境因素刺激时，所表现出的非特异性、全身性反应，是以下丘脑-垂体-肾上腺皮质（hypothalamic-pituitary-adrenal，HPA）轴激活为主的神经内分泌反应。适宜的应激反应有助...
- 李栋
- 关键词：学习记忆损伤皮质酮突触可塑性
- 文献传递
- CAPER: a Chromosome-Assembled human Proteome browsER
- 李栋
- 蛋白质泛素化修饰的生物信息学研究进展被引量：17
- 2013年
- 泛素-蛋白酶体系统（Ubiquitin-proteasome system,UPS）介导了真核生物80%~85%的蛋白质降解,该蛋白质降解途径具有依赖ATP、高效、高度选择性的特点。除参与蛋白质降解之外,泛素化修饰还可以直接影响蛋白质的活性和定位。由于泛素化修饰底物蛋白在细胞中的广泛存在,泛素化修饰可以调控包括细胞周期、细胞凋亡、转录调控、DNA损伤修复以及免疫应答等在内的多种细胞活动。近年来,泛素-蛋白酶体系统相关的蛋白质组学数据不断产出,有效地管理、组织并合理分析这些数据显得尤为必要。文章综述了当前世界范围内针对蛋白质泛素化修饰展开的生物信息学研究,总结了前人的工作结果,包括UPS相关蛋白质数据的收录、泛素化修饰网络的构建和分析、泛素化修饰位点的预测及泛素化修饰motif的研究等方面内容,并对该领域未来的发展方向进行了讨论。
- 卢亮李栋贺福初
- 关键词：泛素化修饰生物信息学
- 蛋白质相互作用网络进化分析研究进展被引量：11
- 2009年
- 近年来,随着高通量实验技术的发展和广泛应用,越来越多可利用的蛋白质相互作用网络数据开始出现.这些数据为进化研究提供了新的视角.从蛋白质、蛋白质相互作用、模体、模块直到整个网络五个层次,综述了近年来蛋白质相互作用网络进化研究领域的主要进展,侧重于探讨蛋白质相互作用、模体、模块直到整个网络对蛋白质进化的约束作用,以及蛋白质相互作用网络不同于随机网络特性的起源和进化等问题.总结了前人工作给学术界的启示,探讨了该领域未来可能的发展方向.
- 刘中扬李栋朱云平贺福初
- 关键词：蛋白质相互作用网络进化生物信息学
- PNmerger:一个整合生物学通路和蛋白质相互作用网络的Cytoscape插件(英文)被引量：5
- 2009年
- Cytoscape是一个广泛应用于分子相互作用网络可视化的软件.发展了一个基于java的Cytoscape插件PNmerger.对于一个蛋白质相互作用网络,PNmerger能够使用KEGG数据库中的通路信息自动注释网络中的蛋白质.并通过网络和通路的比较发现网络中已知的通路元件,预测可能的通路元件及通路交联元件.该软件可以可视化网络中存在的通路模块,并将连接不同通路间的潜在交联元件显示出来.PNmerger软件能够有效地帮助实验人员发现网络中重要的功能线索,帮助实验人员进行实验设计.用户可以通过网站http://www.hupo.org.cn/PNmerger下载PNmerger插件.
- 孙汉昌李栋王建刘中扬朱云平谢红卫贺福初
- 关键词：系统生物学蛋白质-蛋白质相互作用
- 军事医学科学院蛋白质组学研究进展被引量：4
- 2011年
- 蛋白质组学是后基因组时代生命科学研究的热点和前沿领域.军事医学科学院是国内最早开展蛋白质组研究的单位之一,其蛋白质组学研究的发展不仅对中国蛋白质组研究起到重要的引领作用,也对国际蛋白质组学的发展做出了重要贡献.本文将重点介绍军事医学科学院的科学家在国际人类肝脏蛋白质组计划以及疾病蛋白质组、病原微生物蛋白质组等领域的研究成果.
- 钱小红姜颖王建朱云平李栋魏开华王恒梁
- 关键词：蛋白质组学表达谱肝病蛋白质相互作用病原微生物
- 泛素连接酶-底物选择关系的研究进展被引量：6
- 2015年
- 泛素是一种包含76个氨基酸的小分子蛋白。泛素共价结合到底物的过程称为泛素化修饰。泛素化修饰过程是一个由级联的泛素激活酶、泛素结合酶和泛素连接酶所介导的复杂过程,泛素化修饰具有高效、ATP依赖、高度特异的特点。泛素化修饰与细胞周期调控、细胞凋亡、转录调控、DNA损伤修复等一系列生物学过程密切相关。在泛素化修饰过程中,泛素连接酶对底物的识别,是决定泛素化修饰特异性的关键环节。泛素连接酶底物识别的相关机制研究不断被报道,鉴定泛素连接酶底物的高通量方法也在不断的改进和发展。随着实验研究的不断深入,实验数据的不断产出,利用生物信息学进行泛素连接酶底物的研究也开始受到关注。对泛素连接酶识别底物的相关机制、高通量泛素连接酶底物的鉴定方法、泛素连接酶底物的生物信息学研究和生物信息学在泛素连接酶底物研究中的发展方向进行讨论。
- 李杨李栋
- 关键词：泛素化修饰泛素连接酶底物生物信息学
- 高通量蛋白质组学研究中一种基于GO的蛋白质功能分析策略(英文)被引量：10
- 2005年
- 挖掘高通量实验数据蕴含的生物学意义是蛋白质组学研究面临的一大挑战.基于等级化结构化的词汇表GO(GeneOntology)和相关数据库中的蛋白质功能注释,发展了一种对蛋白质组学研究中得到的表达谱(Expressionprofile)进行功能分析的策略.在对蛋白质表达谱进行功能注释的基础上给出蛋白质表达谱中蛋白质功能的分布,同时给出感兴趣功能类别的统计信息.这有助于对表达谱蛋白质功能的整体理解和深入的生物信息学分析.该策略已经成功应用胎肝蛋白表达谱研究中,用户可以通过访问网址http://www.hupo.org.cn/GOfact/使用或者下载我们的程序.
- 李栋荔建琦欧阳曙光吴松锋王建徐筱杰朱云平贺福初
- 关键词：生物信息学蛋白质组学表达谱GO蛋白质功能
- SARS-CoV(BJ01)基因预测及功能推测被引量：2
- 2003年
- 通过对有关SARS CoV文献的调研 ,指出了有关基因预测和功能研究的不足。为制备有效的药物和疫苗 ,对SARS CoV(BJ0 1)重新进行了基因预测和功能推测。比较 12种基因预测方法对冠状病毒属中已知基因的预测优劣 ,选用Heuristicmodels、GeneIdentification、ZCURVECoV和ORFFINDER 4种较好的方法来预测基因 ,然后运用AT Gpr分析第一起始密码子的可能性及是否符合Kozak规则 ,同时搜索转录调控序列 ,以提高基因预测的准确性。共预测出 34个ORF ,排除NCBI及有关文献中完全相同或有微弱差别的 13个 ,得到 2 1个大于 5 0个氨基酸的可能新基因。对于预测出的蛋白质 ,运用ProtParam分析它们的物理化学特征 ,用SignalP分析蛋白是否有信号肽 ,用BLAST、FASTA分析是否有相似序列 ,用TMPred、TMHMM、PFAM和HMMTOP分析结构域或模体 ,以提高基因功能推测的可靠性。根据 4种基因预测方法使用情况、与其他冠状病毒属已知基因匹配分值、匹配预期值、已知基因与预测基因长度差别 ,将 2 1个可能的新基因按出现可能性分为 4类。同时对结果进行了讨论。
- 陈廷贵吴松锋万平杜春娟荔建琦李栋魏广智李滨王中胜薛晓芳朱云平贺福初
- 关键词：基因预测基因功能
