涂强
- 作品数：6 被引量：7H指数：1
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- 发文基金：国家高技术研究发展计划中国科学院知识创新工程重要方向项目国家自然科学基金更多>>
- 相关领域：自动化与计算机技术生物学医药卫生自然科学总论更多>>
- 基于CUDA的蛋白质翻译后修饰鉴定MS-Alignment算法加速研究被引量：1
- 2010年
- 对MS-Alignment算法进行分析得出该算法很难满足大规模数据对鉴定速度的要求,而且具有的一个特点是相同的任务在不同的数据上重复计算,为数据划分提供了基础。基于CUDA编程模型使用图形处理器（GPU）对步骤数据库检索及候选肽段生成进行加速优化,设计了该步骤在单GPU上的实现方法。测试结果表明,此方法平均加速比为30倍以上,效果良好,可以满足蛋白质翻译后修饰鉴定中大规模数据快速计算的需求。
- 翟艳堂涂强郎显宇陆忠华迟学斌
- 关键词：图形处理器统一计算设备架构
- InsPecT的千核并行及优化
- 2010年
- 蛋白质翻译后修饰(PTMs)在复杂的生命过程中起到极其重要的调控作用,对蛋白质翻译后修饰的研究是对蛋白质结构及其功能分析的深入,也是当前蛋白质组学的重要方向。InsPecT软件由于具备盲搜索功能,在蛋白质翻译后修饰鉴定领域备受关注,但极高的计算复杂度是阻碍其广泛应用的主要障碍。本文对InsPecT软件进行并行化,并在千核环境下进行测试;此外,还在负载平衡方面和GPU加速方面进行优化。结果显示,并行效率突出,加速效果显著。
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- 关键词：INSPECT负载平衡
- 中药方剂药物配伍网络构建程序的并行化实现及其应用被引量：4
- 2010年
- 介绍了中药方剂药物配伍网络构建程序使用MPI实现并行化的方法,以及该并行程序在曙光TC2600系统下运行和测试的情况。测试结果显示,使用并行计算的方法在高性能计算环境下可以有效地处理在普通机器上无法处理的较大数量的数据和较为复杂的计算问题。当数据量较大时,采用数据分割的方法进行MPI并行编程是一种行之有效的并行方法,在数据量较大的情况下使用较多数量的CPU参与并行可以明显地提高计算速度。测试结果显示,并行计算的方法和高性能计算技术可以应用于中医药数据挖掘领域,并且可以显著地提高该领域的研究水平。
- 刘红涂强周雪忠赵东升亢力
- 关键词：数据挖掘并行化
- 蛋白质翻译后修饰鉴定软件InsPecT的并行及优化研究
- 随着人类基因组计划的完成，蛋白质组学受到了越来越多关注。其中对蛋白质翻译后修饰的研究是一个重要的分支，而对翻译后修饰进行鉴定是研究的首要任务。
串联质谱技术是鉴定蛋白质翻译后修饰的主要方法，目前已经有很多根据质谱数...
- 涂强
- 关键词：生物信息
- 基于蛋白质翻译后修饰鉴定软件的两类并行优化模式 实现与比较
- 在生命体复杂的生命过程中，蛋白质翻译后修饰（PTMs）的调控作用尤为关键。当前，对于蛋白质翻译后修饰的鉴定无疑已成为计算 蛋白质组学的重要任务。InsPecT软件因能盲搜索鉴定蛋白质翻译后修饰而备受瞩目，但其计算时间复杂...
- 涂强郎显宇陆忠华迟学斌
- 关键词：生物数学蛋白质组学
- 文献传递
- InsPecT的2种并行优化方案被引量：1
- 2010年
- InsPecT软件能通过盲搜索对蛋白质翻译后修饰进行鉴定,但其计算时间和复杂度较高。针对该问题分别采用对等模式和主从模式实现2种并行优化方案。比较结果表明,以主从模式并行的InsPecT软件通过动态数据分配和主从处理器间的及时响应,维持了更优的负载平衡,其加速效果较明显。
- 涂强郎显宇陆忠华迟学斌
- 关键词：蛋白质翻译后修饰对等模式
