李文升
- 作品数：10 被引量：65H指数：7
- 供职机构：上海海洋大学水产与生命学院更多>>
- 发文基金：国家重点基础研究发展计划黑龙江水产研究所基本科研业务费专项公益性行业(农业)科研专项更多>>
- 相关领域：农业科学生物学更多>>
- 草鱼三、四核苷酸重复微卫星标记的分离与特征分析被引量：14
- 2011年
- 采用磁珠富集法、通过质粒检测法结合同位素杂交检测获得草鱼(Ctenopharyngodon idellu)三、四核苷酸阳性克隆1 378个,测序705个,共得到846个微卫星座位,其中完美型632个(占74.7%),非完美型114个(占13.48%),混合型100个(占11.82%)。根据微卫星侧翼序列设计并合成100对微卫星引物,检测结果显示35对(35%)引物在邗江野生群体中表现出多态性。选择其中20对多态性稳定的引物进行遗传多样性分析,结果显示,20个位点共检测到212个等位基因,平均观察杂合度(Ho)为0.681 1,平均期望杂合度(He)为0.797 5,平均多态信息含量为0.777 7。结果表明,所筛选的微卫星标记能够用于草鱼群体遗传学研究。本研究旨在为草鱼的种群遗传结构分析、遗传图谱构建等研究奠定基础。
- 李文升刘翠鲁翠云李超孙效文
- 关键词：草鱼微卫星标记多态性
- 镜鲤体长性状的QTL定位分析被引量：9
- 2011年
- 以镜鲤良种后代为祖父母本所培育的杂交F2群体的68个个体为材料,利用553个分子标记（217个SSR和336个SNP标记）对其进行基因型检测,运用JoinMap4.0软件包对遗传连锁图谱进行构建。利用MapQTL5.0区间作图法（Interval mapping）进行QTL检测,通过置换实验（1 000次重复）确定连锁群显著性水平阈值。在对体长的区间定位中共检测到12个与体长性状相关的QTLs区间,分布在BL-1-1（SNP0137-SNP1481）、BL-4-1（SNP0092-HLJ797）、BL-5-1（SNP1268-HLJ423）、BL-7-1（HLJ870-SNP0702）、BL-12-1（SNP0922-HLJ639）、BL-16-1（HLJE351-SNP0674）、BL-25-1（SNP0394-SNP0862）、BL-35-1（HLJ668-SNP0832）、BL-43-1（SNP0389-SNP1425）、BL-47-1（HLJ057-HLJ1113）、BL-47-2（HLJ1439-HLJ1418）等11个连锁群上,解释表型变异范围是13.8%~64.9%,其中贡献率大于20%的主效QTLs有8个,是体长性状的主效QTLs区间。
- 张天奇张晓峰谭照君曹柱王宣朋李文升储志远孙效文
- 关键词：镜鲤体长分子辅助育种
- 利用SSR、EST．SSR、SNP标记对鲤食物转化率、体厚、体质量3种性状的分析被引量：9
- 2011年
- 利用Windows Map Manager2.0的标记回归法对鲤(Cyprinus carpio L.)F2群体进行单标记定位分析。用91个SSR标记、33个EST标记、364个SNP标记对鲤进行全基因组扫描,结果得到与食物转化率、体厚、体质量3个性状显著相关(P<0.05)的标记,分别为27、35、27个,其中与食物转化率相关的标记SNP0041、SNP0044,其相关性达到极显著水平(P<0.001),贡献率分别达到15%、16%。这些标记可作为分子标记辅助育种的参考标记。将得到的与食物转化率显著相关的EST座位HLJE14、HLJE253和与体质量显著相关的HLJE253座位在NCBI上进行BLAST比对,结果显示HLJE253与斑马鱼上编码ORF2结构蛋白的基因相关,相关程度达61%。将得到的与3种性状相关的SNP标记在NCBI上进行序列查找,通过Blast比对找到相关的基因,并对可能的功能作了注释。
- 王宣朋张晓峰李文升张天奇孙效文
- 关键词：EST-SSRSNP食物转化率体质量
- 鲤饲料转化率性状的QTL定位及遗传效应分析被引量：22
- 2012年
- 数量性状(QTL)定位是实现分子标记辅助育种、基因选择和定位、培育新品种及加快性状遗传研究进展的重要手段。饲料转化率是鲤鱼的重要经济性状和遗传改良的主要目标,而通过QTL定位获得与饲料转化率性状紧密连锁的分子标记以及相关基因是遗传育种的重要工具。研究利用SNP、SSR、EST-SSR等分子标记构建鲤鱼(Cyprinus carpio L.)遗传连锁图谱并对重要经济性状进行QTL定位。选用174个SSR标记、41个EST-SSR标记、345个SNP标记对德国镜鲤F2代群体68个个体进行基因型检测,用JoinMap4.0软件包构建鲤鱼遗传连锁图谱。再用MapQTL5.0的区间作图法(Interval mapping,IM)和多QTL区间定位法(MQMMapping,MQM)对饲料转化率性状进行QTL区间检测,通过置换实验(1000次重复)确定连锁群显著性水平阈值。结果显示,在对饲料转化率性状的多QTL区间定位中,共检测到15个QTLs区间,分布在9个连锁群上,解释表型变异范围为17.70%—52.20%,解释表型变异最大的QTLs区间在第48连锁群上,为52.20%。HLJE314-SNP0919(LG25)区间标记覆盖的图距最小,为0.164 cM;最大的是HLJ1439-HLJ1438(LG39)区间,覆盖图距为24.922 cM。其中区间HLJ1439-HLJ1438、HLJ922-SNP0711解释表型变异均超过50.00%,可能是影响饲料转化率性状的主效QTLs区间。与饲料转化率相关的15个QTLs的加性效应方向并不一致,有3个区间具有负向加性效应,平均为0.027;12个正向加性效应,平均值为0.06。研究检测出的与鲤鱼饲料转化率性状相关的QTL位点可为鲤鱼分子标记辅助育种和更进一步的QTL精细定位打下基础。
- 王宣朋张晓峰李文升张天奇李超孙效文
- 关键词：鲤鱼饲料转化率
- 西伯利亚鲟（Acipenser baeri）养殖群体遗传结构的AFLP分析
- 2011年
- 本研究构建了西伯利亚鲟（Acipenser baeri）扩增片段长度多态性（AFLP）分析体系,分析了DNA提取、双酶切反应、连接反应、预扩增反应、选择性扩增反应和银染等步骤。用7对引物对24尾西伯利亚鲟进行了AFLP分析,每对引物扩增的位点数在24～39之间,共扩增出了234个位点,多态性位点为116个,多态性比例为48.83%,平均Nei氏基因多样性指数H为0.4297,平均Shannon氏指数I为0.1233,个体间平均遗传距离为0.1872,表明西伯利亚鲟养殖群体的遗传多样性程度比较低,同时还构建了西伯利亚鲟的聚类图。
- 刘翠李文升鲁翠云孙效文
- 关键词：AFLP
- 鲤遗传连锁图谱的构建被引量：9
- 2011年
- 利用JoinMap 4.0软件包,以德国镜鲤选育系为祖父母所培育的自交F2群体的68个个体为作图群体,首次以新型分子标记单核苷酸多态性(Single Nucleotide Polymorphism,SNP)为主要作图标记,以微卫星(Simple Sequence Repeats,SSR)和表达序列标签(Expressed Sequence Tag,EST)为辅助标记,采用CP(CrossPollinators)模型构建鲤的遗传连锁图谱。构建的遗传连锁图谱含有560个标记(174个SSR标记、41个EST-SSR标记和345个SNP标记),分布在50个连锁群上,最大连锁群由60个标记组成,最小连锁群仅含2个标记,平均每个连锁群有11.2个标记。最大连锁群的图距为198.1厘摩(centimorgan,cM),最小的连锁群图距为1.5 cM,图谱总图距为3 295.92 cM,标记间平均间距为7.21 cM,图谱覆盖率为76.26%。构建的图谱为中等密度的遗传连锁图谱可为进一步的鲤相关经济性状的QTL定位研究和分子标记辅助选择育种(MAS)打下基础。研究亮点:首次以新型分子标记SNP为主要作图标记并以SSR标记为辅助标记构建鲤遗传连锁图谱;有来自表达基因编码区的41个EST-SSR标记分布在图谱上;构建的图谱标记类型丰富,数量大,密度高,为进一步的鲤重要经济性状的QTL定位和分子标记辅助育种打下基础。
- 王宣朋孙效文李文升张天奇李超
- 关键词：遗传连锁图微卫星表达序列标签单核苷酸多态性
- 镜鲤体长、体高、体厚性状QTL定位分析被引量：16
- 2011年
- 以镜鲤全同胞家系为材料,用246个SSR和306个SNP标记构建了鲤鱼的连锁图谱,利用GridQTL软件对体长（SL）、体高（H）、体厚（BT）和体长/体高（SLH）进行了QTL定位分析。结果显示：共检测到14个相关的QTL,分布在7个连锁群上。其中,7个与体长相关的QTL——LG6、LG17、LG21、LG23和LG35连锁群上的QTL为显著水平（P〈0.05）,LG1和LG28上达到极显著水平（P〈0.01）,可解释表型变异为6.6%~12.6%;3个与体高相关的QTL均为极显著水平（P〈0.01）位于LG17、LG23和LG28上,可解释表型变异分别为11.6%、12.7%和15.6%;2个与体厚相关的QTL均为显著水平（P〈0.05）位于LG23和LG28上,可解释表型变异分别为8.6%和7.2%;2个与体长/体高相关的QTL均为显著水平（P〈0.05）位于LG21和LG35上,可解释表型变异均为8.2%。
- 郑先虎匡友谊鲁翠云王宣朋李文升吕伟华孙效文
- 关键词：QTL体长体高
- 鲤头长、体厚、体高性状的QTL定位及遗传效应分析被引量：11
- 2010年
- 用174个SSR、41个EST、345个SNP标记对以镜鲤良种后代为祖父母本所培育的杂交F2群体的68个个体进行基因型检测,运用JoinMap4.0软件包构建遗传连锁图。利用MapQTL5.0区间作图法(interval mapping,IM)和多QTL区间定位法(MQM mapping,MQM)进行QTL检测,通过置换实验(1000次重复)确定连锁群显著性水平阈值。在对体高、头长、体厚的区间定位中,共检测到6个与体高性状相关的QTLs区间,分布在LG1(SNP1339-SNP1490)、LG10(HLJE469-SNP1491)、LG12(SNP0922-HLJ1316)、LG13(SNP0937-HLJ328)、LG25(SNP1041-HLJ594)、LG35(SNP1425-SNP0389)等6个连锁群上,解释表型变异范围为20.0%～43.3%。其中,SNP1339-SNP1490区间LOD值最大为3.64,解释表型变异35.4%。6个与头长相关的QTLs,分布在LG1(SNP1339-SNP1490)、LG12(HLJ071-HLJ336)、LG13(SNP0937-HLJ328)、LG24(SNP1359-SNP0586)、LG24(SNP1016-SNP0326)、LG25(HLJ382-HLJ348)等5个连锁群上,其中LG24(SNP1359-SNP0586)解释表型变异达到50.2%。检测到10个与体厚相关的QTLs,分布在LG1、LG8、LG9、LG10、LG12、LG34、LG35、LG38、LG41等9个连锁群上,解释表型变异范围是16.1%～68.8%,其中LG38(HLJ1331-HLJ487)和LG41(HLJ688-HLJE6)解释表型变异分别达到60.8%和68.8%,是体厚性状的主效QTLs区间。
- 王宣朋张晓峰李文升张天奇孙效文
- 关键词：体高
- 相关鲤科鱼类微卫星的分离及体重、眼径、眼间距的QTL定位
- 本研究采用磁珠富集法、通过质粒检测法结合同位素杂交检测获得草鱼三、四核苷酸阳性克隆1378个，测序705个，共得到846个微卫星座位，其中完美型632个(占74.7％)，非完美型114个(占13.48％)，混合型100个...
- 李文升
- 关键词：鲤科鱼类微卫星遗传连锁图谱数量性状基因座
- 镜鲤体重的QTL定位被引量：6
- 2011年
- 本研究利用217个微卫星标记和336个SNPs标记对德国镜鲤F2代68个个体基因组DNA进行基因型检测。其中507个标记共组成62个连锁群,覆盖基因组总长度为2805.85cM,标记间平均距离为6.31cM;利用软件MapQTL4.0采用区间作图法对体重性状进行QTL定位分析。研究结果共检测到14个与体重性状有关的QTLs,分布于9个连锁群。其中BW-5-1有最大的LOD值,为4.46;BW-1-1的LOD值最小,为2.25。单个QTL平均解释表型变异介于14.10%～45.50%之间,其中贡献率大于20%的主效QTLs有9个。通过BLASTX与斑马鱼蛋白质序列数据库进行序列比对,找到了与斑马鱼酰基辅酶A脱氢酶蛋白、胰淀粉酶α2蛋白、Apoeb protein和甘油醛-3-磷酸脱氢酶蛋白同源的分子标记。本研究结果对分子标记辅助育种具有重要应用价值。
- 李文升刘翠张晓峰张天奇王宣朋储志远孙效文
- 关键词：镜鲤体重数量性状基因座分子标记辅助
