上海生物信息技术研究中心
- 作品数：209 被引量：348H指数：8
- 相关作者：李园园韦朝春陆长德刘伟高军晖更多>>
- 相关机构：复旦大学中国科学院上海生命科学研究院同济大学更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金国家高技术研究发展计划国家重点基础研究发展计划更多>>
- 相关领域：医药卫生自动化与计算机技术生物学农业科学更多>>
- FIND:从下一代单端测序数据中快速查找Indel的方法
- 2010年
- 目的:针对下一代测序数据,尤其是单端测序数据,研究快速、准确查找Indel的方法。方法:先与全基因组参考序列进行快速比对,筛选出包含Indel的序列;再对这些序列进行双向的二次比对,确定Indel长度;最后借助长度信息在锁定范围内查找Indel的确切位置和相关信息。结果:本文成功构建FIND(Fast INDel detection system)系统,用于从单端测序数据中查找Indel信息。以模拟测序数据作为测试数据,在12X测试数据情况下,FIND的灵敏度和特异性分别为87.71%和99.66%,而且该性能还随着测序倍数的增加而提升。结论:充分利用比对过程获取的信息,在确定Indle长度的同时也确定出其大致位置,最终在局部范围内实现对单端测序数据中Indle的快速而准确的查找。
- 宋琳琳顾朝辉韦朝春
- 关键词：下一代测序滑动窗口算法
- 基于RNA和DNA双外参实时定量PCR的表达校准值的检测方法
- 本发明公开了一种基于RNA和DNA双外参实时定量荧光PCR策略的基因表达校准值的检测方法，包括：选定外参基因；配制外参基因的RNA与DNA的预混合液；样品中加入预混合液，收集样品RNA和DNA；实时定量荧光PCR，检测待...
- 陆长德李园园
- 文献传递
- 分子三维结构学习软件的设计
- 2011年
- 本文以高中化学和生物教材中的分子信息为数据,以Delphi、MySQL数据库和分子结构显示控件Accelrys Viewer Control为开发工具,设计了一套简单、易用的三维分子学习软件。该学习软件可供教师和学生使用,以期增加学习兴趣,提高学习效果。
- 高竹高军晖
- 关键词：DELPHIVIEWERCONTROL
- 生物信息数据处理系统研究
- 1引言人类基因组计划的初步完成引发了生命科学研究的新进展,导致各种异构生物信息数据迅速产生。生物信息数据的整合问题已成为生物信息学研究的急迫问题和计算机界研究的热点。
- 朱扬勇邓绪斌
- 关键词：DBMS
- 文献传递
- 基于实验数据集对常用蛋白抗原空间表位预测工具的测评被引量：2
- 2010年
- 抗体分子对蛋白抗原的结合主要通过表位区域进行,而表位区域的氨基酸残基通常形成不连续的、构象的或者空间的表位区域,而不是抗原表面上的线性连续片段.已有许多算法可以用来预测构象表位,并且基于各自的测试集,各种工具对空间表位的预测都声称取得了杰出的效果.本文收集了由实验方法确定的空间表位数据并建立了一套独立的测试集.基于这套测试集,采用灵敏度、真阳性预测率、成功挑选率和接受者操作特性曲线下面积(AUC)等参数对常用蛋白抗原空间表位预测工具进行了评估,工具包括SEPPA,CEP,DiscoTope,ElliPro,PEPOP和BEpro等.测试集评估结果表明,6种蛋白抗原空间表位预测工具预测性能仍有待提高.其中,SEPPA预测性能相对较好,然而计算得到的灵敏度、真阳性预测率、成功挑选率和平均AUC值也并不理想.评估结果还表明,预测工具采用的空间表位训练和测试数据集以及预测算法对预测结果的准确性有较大影响.以上分析结果为改进B细胞蛋白抗原空间表位预测方法和为免疫原性多肽和新型疫苗分子的设计提供新的启示.
- 徐小莲孙静刘琦王晓婧徐天磊朱瑞新吴迪曹志伟
- 关键词：表位预测
- 一种抗日本血吸虫药物作用靶标和药物筛选方法
- 本发明公开了一种筛选治疗和/或预防日本血吸虫感染药物的药物作用靶标，所述的靶标为含有日本血吸虫腺苷酸转运蛋白(SjANT)和二磷酸腺苷(ADP)相互作用的活性位点。本发明还公开了所述靶标的构建方法及其用途。
- 胡薇高振霆李亦学唐赟陈宇综曹志伟邓王平孙胜强徐斌莫筱瑾冯正张浩冰肖树华杨忠
- 文献传递
- 基于openEHR的个人健康档案建模被引量：3
- 2013年
- 面向个人的健康服务是未来的发展趋势,而建立个体健康服务的基础,首先需要一个统一的个人健康档案模型。openE-HR规范定义了个人健康档案的基本框架,而卫生部的健康档案数据标准则定义了个人健康档案需要管理的数据项,两者的结合可以用于创建中国的个人健康档案模型。介绍结合两者建立个人健康档案模型的方法。
- 张旭峰姚志洪
- 关键词：个人健康档案
- 科研电子病历系统的设计被引量：7
- 2013年
- 当前医院的电子病历主要用于临床应用,对临床的科研没有提供足够的支持。介绍科研电子病历系统的关键部分设计,该系统集成散落在医院各内部信息系统中已有的临床数据,并通过平板电脑收集门诊随访数据。系统采用RESTful模式的Web服务作为子系统间连接的机制,使用JSON格式作为数据交换格式,同步临床数据和门诊随访数据,从而能够为临床科研提供很好的支持。
- 杨少友黄心砚
- 关键词：电子病历平板电脑
- 临床组织样本库信息管理方法
- 本发明揭示了临床组织样本库信息管理方法，包括：建立一临床组织样本库，所述样本库信息包括样本分类标签信息和定位标签信息，其中，所述样本分类标签信息包括医院、患者住院号、样本类型和数量等信息，所述定位标签信息包括存储设备及其...
- 杨远吴益飞魏明月周伟平刘雷刘逸敏傅思源高军晖潘泽亚张芃
- 文献传递
- 图形聚类算法的代谢网络模块化分析被引量：7
- 2006年
- 代谢网络的研究是当今生物学研究中的新热点,使用图形聚类算法对代谢网络进行分析研究是一个有力的手段.文中提出了用图形聚类方法挖掘复杂代谢网络中蕴含的功能信息并进行模块相似性分析的方法,从系统生物学角度揭示光合作用的进化.介绍了马尔可夫聚类算法和模拟退火聚类算法两种图形聚类方法;给出了两种方法对叶绿体和蓝细菌的代谢网络进行聚类的结果;定义了模块相似度评价指标,挖掘叶绿体和蓝细菌间保守的功能模块,并对其网络结构进行了比较分析.
- 侯静宋安平王卓张武李园园李亦学
- 关键词：代谢网络
