蚌埠医学院数字医学与智慧健康安徽省重点实验室
- 作品数：16 被引量：20H指数：2
- 相关机构：蚌埠学院食品与生物工程系更多>>
- 发文基金：安徽省高校省级自然科学研究项目安徽省哲学社会科学规划项目国家级大学生创新创业训练计划更多>>
- 相关领域：医药卫生农业科学自动化与计算机技术更多>>
- 感音神经性耳聋患者听觉认知与异常心理和皮质醇的关系被引量：2
- 2021年
- 感音神经性耳聋(SNHL)是耳鼻喉科常见病症,也是耳聋中一发病广泛的类型。患者常伴有不同程度的听觉障碍,这将导致其认知功能下降、产生不良心理状态,并使抑郁、痴呆等疾病的发病率上升。皮质醇是体内应激系统下丘脑-垂体-肾上腺系统即下丘脑-垂体-肾上腺皮质轴(hypothalamic-pituitary-adrenal cortex axis,HPA轴)的终端产物,除作为判别HPA轴生物功能的重要标准外,它对个体心理状况的调节也有着不可替代的积极作用。但对于感音神经性耳聋患者来说,长期处于负面情绪将导致HPA轴功能亢进、皮质醇分泌持续增多。此时过高的皮质醇水平不仅不能缓解负面情绪,反而会引起生理和心理的慢性疲劳,使焦虑、抑郁等负面情绪体验显著增加。
- 林俊雅媛邵倩倩程浩宇
- 关键词：皮质醇感音神经性耳聋异常心理
- 头颅MRI立体定位坐标系及中央沟定位图谱的构建
- 2019年
- 目的:探讨基于标准头颅MRI的立体定位方法,验证定位精度。方法:31例头颅连续MRI断层扫描数据,以Dicom 3.0格式导入eFlim 2.1工作站并以JPG格式导出,后者再导入Photoshop软件。分别通过图像大小校正、图像旋转、坐标轴平移等步骤使系统坐标原点与大脑原点重合、系统Y轴与大脑连合间线重合,建立标准坐标系。通过软件坐标直接读取功能获得断层上X、Y坐标值。Z值由所在层面距离双连合层面层数及层厚乘积决定。选取前连合后缘中点、后连合前缘中点的坐标值、两点距离等作为验证,在建立的立体定位坐标系中,计算连合间径长度并与eFilm软件直接测量结果对照。结果:31例头颅连续MRI断层扫描数据均实现准确三维立体定位,制定定位图谱。2种方法测得的连合间径长度一致。结论:基于标准头颅MRI的立体定位法可以应用于大脑中央沟三维立体定位的研究。
- 沈龙山沈龙山陈刘成李成曹承亮张顺花张艳张磊
- 关键词：磁共振成像
- hsa-miR-106b-5p调控ESR1表达对肝细胞癌患者生存预后的意义被引量：1
- 2022年
- 目的利用生物信息学方法,分析hsa-miR-106b-5p调控ESR1在肝细胞癌(hepatocellular carcinoma,HCC)中的表达及其生存预后意义。方法利用BART和StarBase数据库筛选GSE108724芯片的差异miRNAs及其与HCC患者生存预后的关系;利用TargetScan和MetaScape数据库分析miRNAs的靶基因及其GO和KEGG富集分析,并利用String数据库和Cytoscape软件筛选靶基因中的HUB基因;对HUB基因进行生存预后分析及其与miRNAs的结合位点分析;通过临床数据构建HUB基因在HCC中的风险预测模型,并利用C-index、校准曲线(CC)、决策曲线分析(DCA)以及ROC曲线对预测模型进行评价。结果共得到5个差异miRNAs,仅hsa-miR-106b-5p对HCC患者生存预后有显著意义;hsa-miR-106b-5p的靶基因有644个,其KEGG主要富集在Rap1信号通路、MAPK信号通路和癌症信号通路上;GO功能主要富集在跨膜受体蛋白酪氨酸激酶、Ras GTPase结合和分解代谢调控等上;HUB基因中仅ESR1在HCC中低表达,并对HCC患者的生存预后有显著意义,且ESR1 mRNA 3’UTR直接与hsa-miR-106b-5p结合;Logistic回归分析发现低表达的ESR1是HCC患者生存预后的独立危险因素;且所构建的风险预测模型具有较好的准确性和有效性。结论hsa-miR-106b-5p调控ESR1使其在HCC中低表达,且不利于HCC患者的生存预后,可作为HCC的潜在治疗靶点。
- 陆进安韶光马俊杰俞鹏俞鹏陶恒张浩轩
- 关键词：生物信息学肝细胞癌基因肿瘤
- 拓扑异构酶Ⅱα(TOP2A)基因的表达与CD4^(+)T细胞在肝细胞癌中的数量相关性及临床预后意义被引量：4
- 2022年
- 目的分析拓扑异构酶Ⅱα(TOP2A)基因的表达与CD4^(+)T细胞在肝细胞癌(HCC)中的数量相关性及临床预后意义。方法利用基因注释资源数据库(BioGPS)、基因表达谱交互作用分析(GEPIA)和Kaplan-Meier Plotter数据库分析TOP2A mRNA在正常肝组织和HCC组织中的表达以及对HCC患者生存预后意义;利用GENE和Metascape数据库分析TOP2A的共表达基因及其基因本体论(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析;利用Sangerbox数据库分析TOP2A基因与微卫星不稳定(MSI)和DNA错配修复基因的相关性;再分别利用TISIDB和TIMER数据库分析TOP2A基因与CD4^(+)T细胞和各种免疫细胞的关系,并分析CD4^(+)T细胞对HCC患者生存预后的影响。结果TOP2A mRNA在正常肝组织和CD4^(+)T细胞中表达不显著,而在HCC组织中显著高表达,不利于患者的生存预后;TOP2A共表达基因的GO功能主要富集在细胞有丝分裂和细胞增殖上,而KEGG主要富集在细胞循环和铂类化疗药物耐药通路;TOP2A基因的表达与MSI、DNA错配修复基因MutS同源物2(MSH2)与MSH6、肿瘤细胞纯度以及各种免疫细胞的数量显著正相关;各种免疫细胞在HCC中均发生一定的拷贝数变异,但仅有CD4^(+)T细胞的数量对HCC患者生存预后有显著影响。结论HCC组织中TOP2A mRNA表达与CD4^(+)T细胞数量呈正相关,不利于HCC患者的生存预后。
- 卢兴浩俞鹏俞鹏陈云帆陶恒
- 关键词：肿瘤肝癌
- 我国血吸虫病报告病例数ARIMA模型预测研究被引量：2
- 2021年
- 目的研究我国(不含港、澳、台地区)的血吸虫病月报告病例数进行自回归移动平均(autoregressive integrated moving average,ARIMA)模型预测作用,为血吸虫病的防控提供科学依据。方法采用ARIMA模型,以2009年1月至2018年12月我国血吸虫病月报告病例数时间序列为训练集,应用R 3.6.2软件进行平稳性分析后,采用赤池信息准则和贝叶斯信息准则等筛选参数,选出较优ARIMA模型;以2019年1-12月我国血吸虫病月报告病例数为测试集进行验证和逐月优化,得到1个最优ARIMA模型;并以2019年1月至2020年10月我国血吸虫病月报告病例数验证最优ARIMA模型的预测效果。结果基于2009年1月至2018年12月数据,可以得到4种较优ARIMA模型,分别为ARIMA(2,0,2)(1,0,1)[12]、ARIMA(2,0,2)(0,0,1)[12]、ARIMA(2,0,2)(1,0,0)[12]和ARIMA(2,0,2);以2019年1-12月的病例数实际值和4种ARIMA模型预测值分别进行对比,构建出的血吸虫病月报告病例数的最优预测模型为ARIMA(2,0,2)(1,0,1)[12];预测的相对误差均值为0.51%。结论本研究构建的ARIMA模型精度较高,适用于我国血吸虫病病例数的短期预测分析,可为该病防治提供数据支持,具有一定实践指导意义。
- 常雪莲王小莉魏星李亮
- 关键词：血吸虫病时间序列ARIMA模型
- 基于机器学习鼻咽癌关键特征基因筛选及其与免疫细胞相关性分析
- 2023年
- 目的利用机器学习法筛选鼻咽癌(NPC)关键特征基因并分析其与免疫细胞相关性。方法从基因表达数据集(GEO)下载NPC训练集数据GSE12452与GSE13597以及验证训练集数据GSE53819。首先,对训练集数据进行合并,并筛选差异表达基因(DEG);其次,对DEG进行基因本体论(GO)、京都基因与基因组百科全书(KEGG)、基因集富集分析(GSEA)以及免疫细胞浸润分析;再次,采用最小绝对收缩选择(LASSO)算法和支持向量机(SVM)算法对训练集数据中NPC相关特征基因进行识别并在验证集中检验,同时利用受试者工作特征(ROC)曲线下面积(AUC)确定关键特征基因;最后,分析关键特征基因与免疫细胞的相关性。结果共得到55个DEG,43个下调基因,12个上调基因;其GO功能主要富集在体液免疫反应、细胞分化、中性粒细胞激活以及趋化因子受体结合等方面;而KEGG主要富集在细胞介素17(IL-17)信号通路上;GSEA富集在细胞周期、细胞外基质受体相互作用、癌症通路以及DNA复制。免疫细胞浸润分析显示,初始B细胞、记忆B细胞以及CD4+静息记忆细胞在NPC显著降低,而CD8+T细胞、CD4+初始T细胞、活化CD4+记忆T细胞、滤泡辅助T细胞、M0和M1巨噬细胞在NPC显著增加。通过LASSO和SVM筛选的特征基因中,仅卷曲螺旋结构域19(CCDC19)、层连蛋白β1亚基(LAMB1)、精子相关抗原6(SPAG6)和RAD51相关蛋白1(RAD51AP1)四个关键特征基因ROC的AUC在训练集与验证集均大于0.9,且与免疫细胞浸润密切相关。结论通过机器学习算法筛选出NPC发生过程中的关键特征基因CCDC19、LAMB1、SPAG6以及RAD51AP1,并与免疫细胞浸润密切相关。
- 张浩轩马俊杰安韶光荀丽雪陆进陆进
- 关键词：鼻咽癌支持向量机
- 爪蟾驱动蛋白样蛋白2靶蛋白在肝细胞癌的表达及临床预后的意义
- 2023年
- 目的 分析爪蟾驱动蛋白样蛋白2靶蛋白(TPX2)在肝细胞癌(HCC)的表达及其临床预后的意义。方法 首先,分别利用UALCAN、K-M Plot以及HPA数据库分析TPX2在HCC的表达水平、生存预后及其相关性;再次,利用TIMER、GEPIA和SangerBox数据库分析TPX2的免疫细胞浸润以及与TP53突变相关性和突变景观图;最后,通过HCCDB数据库分析在HCC中TPX2的共表达基因及其预后价值,并对共表达基因进行基因本体论(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)分析。结果 TPX2在HCC高表达且不利于患者的总体生存(OS)、疾病特异性生存(DSS)、无进展生存(PFS)和无复发生存(RFS);同时,TPX2在HCC组织与肿瘤细胞纯度和多种免疫细胞(B细胞、CD4+T以及CD8+T等)显著相关;并且,TPX2在HCC中的表达水平与TP53突变显著相关。TPX2对HCC患者1年、3年和5年OS预后诊断的受试者工作特征(ROC)曲线下面积(AUC)分别是0.73,95%CI(0.669~0.79)、0.668,95%CI(0.604~0.732)和0.654,95%CI(0.574~0.734)。TPX2的共表达基因在HCC均不利于患者的OS;其GO功能主要富集在有丝分裂与核分裂、微管细胞骨架以及微管运动等,KEGG主要富集在细胞周期、卵母细胞减数分裂以及p53信号等通路上,且对HCC患者1年、3年和5年OS预后诊断的ROC曲线下面积AUC分别是0.801,95%CI(0.745~0.856)、0.725,95%CI(0.667~0.786)和0.711,95%CI(0.635~0.788)。结论 TPX2与HCC的发生密切相关,不利于HCC患者的生存预后,可作为HCC诊断与预后的生物标志物。
- 安韶光马俊杰张浩轩张浩轩
- 关键词：无病生存肝细胞癌数据库分析
- 心率变异性与恶性肿瘤患者预后评估的研究进展被引量：1
- 2021年
- 有效的预后评估是指导恶性肿瘤患者进行治疗和康复的重要依据。现有的恶性肿瘤预后评估方法主要以病理学和血液学分析为主,存在检测不便、无法动态和远程监测等问题。以心率变异性(HRV)参数为表征的迷走神经,在抑制肿瘤患者DNA损伤氧化应激、恶性肿瘤相关炎症反应和过度的交感神经活动等方面发挥着重要作用。多项研究建立了HRV与恶性肿瘤患者的病理学分析、血液学标志物及生存期间的关系,以探讨HRV在恶性肿瘤患者预后评估中的应用价值。本文首先简述了HRV的分析方法,从病理学、血液学、生存期3个方面综述了HRV在恶性肿瘤患者预后评估中的研究进展。
- 王敬峰张赛吴双刘慧张乐宇周育夫石波
- 关键词：恶性肿瘤心率变异性自主神经生物标志物生存期
- 基于P300的非器质性失眠症ERP特征及溯源分析被引量：1
- 2023年
- 目的:探讨非器质性失眠症在事件相关电位下的P300特征和溯源分析。方法:将受试者分为健康对照组和非器质性失眠症组,各10例,采用EGI高密度脑电设备记录受试者任务态脑电及行为学数据,其中任务态脑电选择数字N-back任务。通过Net Station软件分析事件相关电位,提取Fz、Cz、Pz电极点的P300潜伏期、振幅以及行为学数据,并在GeoSource工具栏中进行溯源定位。比较2组溯源特征属性。结果:非器质性失眠症组匹兹堡睡眠质量指数总分及其各个组成部分评分、汉密尔顿焦虑量表评分、汉密尔顿抑郁量表评分均高于健康对照组(P<0.05~P<0.01)。2组在0-back、1-back任务中的正确率、反应时间差异均无统计学意义(P>0.05),2组在2-back任务中的正确率、反应时间差异均有统计学意义(P<0.05)。非器质性失眠症组在0-back任务中Fz点、1-back任务中Fz点的P300振幅均低于健康对照组(P<0.05和P<0.01)。非器质性失眠症组在2-back任务中Fz、Cz、Pz点的P300潜伏期均长于健康对照组(P<0.05)。任务态溯源脑区主要集中在额叶部分,非器质性失眠症组激活区域较为分散,且在0-back和2-back中激活区域电流强度明显低于健康对照组(P<0.01)。结论:非器质性失眠症受试者大脑工作记忆略有受损,分散了大脑认知资源,降低了大脑执行等高级认知能力,因此基于P300的事件相关电位特征和溯源分析结果可在一定条件下对其进行客观评估,并且其便捷性值得以后在临床上推广。
- 杨春花丁琳张永卿卢燕王耀霆王震寰
- 关键词：事件相关电位P300
- EDNRB在前列腺癌中的表达及临床预后意义被引量：1
- 2021年
- 目的利用生物信息学方法,筛选前列腺癌预后的关键基因。方法首先,从GEO数据库下载4个前列腺癌表达谱芯片数据集(GSE3325/GSE46602/GSE55945/GSE69223);其次,分别利用GEO2R、DAVID以及STRING数据库分析前列腺癌的差异表达基因(DEGs),并对差异基因进行基因本体论(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集以及蛋白质-蛋白质相互作用关系(PPI);再次,通过Cytoscape软件的Cytohubba插件EPC算法筛选关键基因;最后,利用基因表达谱交互分析(GEPIA)数据库对关键基因进行预后与表达分析,利用人类蛋白图谱(HPA)数据库下载TCGA数据对结果进行验证。结果筛选出103个DEGs,其功能主要富集在血管生成、脂质代谢以及细胞分化等方面,而通路主要富集在Hippo信号上。筛选的10个关键基因中仅EDNRB对前列腺癌患者的预后有显著影响,且其低表达不利于患者预后。结论通过生物学分析筛选前列腺癌关键基因,为其治疗提供新的分子靶点。
- 李菲王宇航徐陈晨张永静李伟玉陆进
- 关键词：前列腺肿瘤计算生物学预后
