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国家自然科学基金(30630048): 作品数：34 被引量：120H指数：7; 相关作者：刘秀梵胡顺林王晓泉吴双顾敏更多>>; 相关机构：扬州大学江苏农牧科技职业学院中国农业科学院上海兽医研究所更多>>; 发文基金：国家自然科学基金国家科技支撑计划江苏省高校自然科学研究项目更多>>; 相关领域：农业科学生物学自然科学总论更多>>

简化cDNA末端快速扩增技术测定基因Ⅲ、Ⅵb和Ⅶd型新城疫病毒基因组末端序列及分析被引量：2: 2009年; 【目的】简化cDNA末端快速扩增技术(Rapid amplification of cDNAends,RACE)流程,测定基因Ⅲ、Ⅵb和Ⅶd型新城疫病毒(Newcastle disease virus,NDV)基因组两侧末端序列,并对NDV的leader和trailer进行分析。【方法】利用T4 RNA连接酶将特定寡聚核苷酸片段的连接于病毒基因组RNA和cDNA,再利用RT-PCR或PCR方法对病毒基因组的末端进行快速的扩增。【结果】建立一套操作简单、低成本、可重复性高的RACE方法,测定了三种基因型5株NDV3’末端leader和5’末端trailer序列比对分析。【结论】本实验测定的鹅源VII型毒株JS/7/05/Ch基因组的15,184 nt由一个T变为了C,5’端trailer与3’端leader的连续互补序列由8 nt变为12 nt,而其它4株基因Ⅲ型和VI型NDV均未发现该突变。通过RNA的二级结构分析,NDV基因组和反向基因组RNA的3’末端形成一个发卡结构。JS/7/05/Ch等3株NDV U→C(T→C)的突变位于发卡环上,不影响二级结构的形成,发卡环的RNA序列突变为3’-UCUC-5’,与基因组3’端发卡环的3’-UCUUA-5’相似,推测可能影响了基因组RNA的复制速度。; 仇旭升孙庆王伟伟董丽吴双胡顺林吴艳涛刘秀梵; 关键词：新城疫病毒

基于Web的新城疫病毒基因分型系统: 2009年; 根据新城疫病毒分子进化规律,采用JSP和SQL Server技术,设计并开发出基于Web的新城疫病毒基因分型系统。该系统通过计算机自动对核酸序列分析处理,提取特征位点信息,并与分型标准进行比较,从而实现快速准确分型。有效地减少分型过程中人的参与,缩短基因分型的周期,具有较强的实用性和可扩展性。; 陆王红曹永忠张剑峰; 关键词：新城疫病毒 JSP技术基因分型

禽主要病毒感染的比较蛋白质组学研究进展被引量：1: 2011年; 比较蛋白质组学是蛋白质组学的一个重要分支,现已广泛应用于生命科学和医药学的各个领域,尤其在重大疾病研究、治疗和靶向药物的筛选方面得到了更为广泛的应用。比较蛋白质组学在兽医学领域研究的重点在于揭示病毒与宿主细胞的相互作用机制和病毒的分子致病机制,为动物病毒病的诊断、防控和新型疫苗的开发提供新的思路。本文从比较蛋白质组学的研究内容和主要研究技术、在兽医学研究中的应用以及在禽主要病毒感染中的研究进展进行综述。; 段志强王郁杨开妍胡顺林刘秀梵; 关键词：比较蛋白质组学蛋白质组学病毒感染

基于Z曲线的新城疫病毒基因组生物信息分析: 2010年; Z曲线是DNA序列信息的一种几何学表示形式。利用Z曲线坐标所对应的生物学含义,可以对DNA序列的生物信息进行系统分析。本文对40株自测序和从GenBank下载的新城疫病毒(NDV)全基因组序列,利用网络提供和自开发的Z曲线分析系统,对NDV生物信息进行了比较分析,构建了NDV全基因组的X、Y、Z分量沿序列的分布曲线和三维Z曲线,比较了不同基因型NDV基因组Z曲线的特征。结果显示,在NDV全基因组中A、G碱基或A、C碱基是占优势的,在基因组的前1/3序列中,G、C含量大于A、T的含量。不同基因型NDV全基因组的Z曲线(从ClassI到ClassII的I-VIII型)有向Z轴靠拢的趋势。; 曹永忠顾敏刘文博张小荣刘秀梵; 关键词：新城疫病毒 Z曲线分子进化

基于M基因的新城疫病毒实时荧光定量RT-PCR的建立及其对临床样品中新城疫病毒检测的研究被引量：7: 2009年; 根据新城疫病毒M基因的保守序列，设计合成1对引物和TaqMan探针，以作者实验室构建并保存的鹅源新城疫病毒ZJ1株M基因阳性重组质粒为标准品模板建立荧光定量PCR标准曲线，结合ABI公司的7300型荧光定量PCR仪，建立了一种敏感、特异、重复性好的快速检测新城疫病毒核酸载量的TaqMan荧光定量RT-PCR方法。该方法在106~101拷贝范围内具有良好的线性关系，可检测到初始模板中3拷贝.μL-1的病毒核酸，与传统的病毒分离方法具有相近的敏感性，二者对500份临床禽泄殖腔棉拭样品检测结果阳性数？阴性数符合率分别为90.0%、99.8%。经临床应用表明：荧光定量PCR的建立为早期诊断禽新城疫病毒、定量分析禽新城疫病毒感染程度奠定了基础。; 曹军平胡顺林吴双刘慧谋刘晓文王晓泉吴艳涛刘秀梵; 关键词：新城疫病毒荧光定量RT-PCR 探针

40株新城疫病毒全基因组的比较研究被引量：4: 2008年; 利用作者单位测得的和从GenBank检索得到的40株新城疫病毒（NDV）全基因组序列,采用SMS、DNA Star等生物信息分析软件,比较分析NDV全基因组的基本特征和分子进化规律。结果表明：40株NDV全基因组核酸序列长度有3种：15186、15192、15198nt,均符合6倍数规律;基因组A＋T含量占53%～54%,C＋G含量占46%左右;NDV基因组前三分之一（4500nt前）序列存在高GC含量区,特别是在大约1200～2400nt区域,GC含量最高达到69%;F基因片段构建的分子进化树显示,40株NDV划分为两大类（ClassⅠ,ClassⅡ）,基因组长度为15198nt的毒株属于ClassⅠ,其余的属于ClassⅡ;ClassⅡ毒株又分为基因Ⅰ～Ⅶ型,这些已测序的毒株中没有基因和型;病毒6个基因CDS序列构建的进化树显示,各基因进化基本保持一致,仅少数毒株存在差异,可能与病毒分子的基因重组有关。; 曹永忠顾敏刘文博刘秀梵; 关键词：新城疫病毒全基因组生物信息学

Rescue and Preliminary Application of a Recombinant Newcastle Disease Virus Expressing Green Fluorescent Protein Gene: 2007年; 把 ZJI 紧张基于纽卡斯尔疾病病毒(NDV ) 的完全的染色体顺序，七份教材被设计为构造 plasmid pNDV/ZJI 放大 cDNA 碎片，它包含了 NDV ZJI 紧张的全身的 cDNA。与三助手 plasmids， pCIneoNP， pCIneoP 和 pCIneoL， pNDV/ZJI 当时是进表示 T7 RNA 聚合酶的 BSR-T7/5 房间的 cotransfected。在进受胎的鸡肉的 transfected 房间文化上层清液的接种以后，从 specific-pathogen-free (SPF ) 的鸡蛋结队，传染 NDV ZJI 紧张成功地被救。格林荧光灯蛋白质(GFP ) 基因被放大并且插入了到 NDV 全身的 cDNA 产生标注 GFP 的 recombinant plasmid pNDV/ZJIGFP。在进 BSR-T7/5 房间的结果的 plasmid 和三支持 plasmids 的 cotransfection 以后， recombinant NDV， NDV/ZJIGFP，被救。特定的绿荧光在 BSR-T7/5 和鸡胚胎成纤维细胞(CEF ) 房间 48h 被观察感染以后，显示 GFP 基因被表示在一相对高级。NDV/ZJIGFP 被 oculonasal 线路接种进 10-day-old SPF 鸡。四天感染以后的、强壮的绿荧光能在肾和 tracheae 被检测，显示标注 GFP 的 NDV 能是的 recombinant 为 NDV 传播和致病的分析的一个很有用的工具。关键词纽卡斯尔疾病病毒(NDV )- 格林荧光灯蛋白质(GFP )- 营救 - 表示 CLC 数字 S831.7 基础条款：给中国(No.30630048 ); Shun-lin HU Qin SUN Qu-zhi WANG Yu-liang LIU Yan-tao WU Xiu-fan LIU; 关键词：RESCUE

鸭源新城疫病毒P基因遗传变异分析被引量：2: 2009年; 为分析2002-2007年分离的鸭源弱毒新城疫病毒（Newcastle disease virus,NDV）磷蛋白（P）基因的分子特征,以及在新城疫病毒演化过程中所起的作用,采用RT-PCR方法扩增NDV弱毒分离株的P基因,进行测序,并应用生物信息学软件（SNAP和CODEML）研究了作用于NDV P基因的选择压力。根据P基因序列的遗传发生分析表明,NDV I类（Class I）2型毒株与德国鸭源毒株DE/R49-99和美国株亲缘关系较近,而3b型毒株与其他I类病毒遗传关系较远,具有地区特色,形成一个独特的分支;NDV II类（Class II）中基因Ib型与中国广泛使用的基因I型疫苗毒Qeensland V4（QV4）以及I型代表株亲缘关系较远。生物信息学软件分析表明,P基因不同片段受到正选择压力的作用不一样,P基因的两端受到负选择压力的作用不易发生变异,而中间（aa62~113和137~198）片段多个位点受到正选择压力的作用。可见,I类病毒中3b具有地域特色,不同基因型P蛋白之间变异较大,而且P蛋白不同位置变异不均匀。; 刘晓文王晓泉吴双胡顺林刘秀梵; 关键词：新城疫病毒

鹅源新城疫病毒M蛋白酵母双杂交诱饵载体的构建及鉴定: 2011年; 为了筛选鹅源新城疫病毒(JS/5/05/Go)M蛋白与鸡胚成纤维细胞作用的靶蛋白,应用酵母双杂交技术构建M蛋白的诱饵载体pGBKT7-M。采用RT-PCR方法从鹅源新城疫病毒中扩增了M基因片段,将其克隆到pGEM-T载体中,经测序鉴定正确后,定向克隆到酵母双杂交诱饵载体pGBKT7中,将重组诱饵载体转化酿酒酵母Y187,并验证其在酵母细胞中有无自激活和毒性作用。结果显示,成功构建了诱饵载体pGBKT7-M,并证明其对报告基因无自激活作用,且对酵母细胞无毒性。表明诱饵载体pGBKT7-M可用于酵母双杂交系统寻找与M蛋白相互作用的蛋白质。; 段志强王郁杨朱艳梅开妍胡顺林刘秀梵; 关键词：新城疫病毒 M蛋白酵母双杂交诱饵载体自激活作用

Establishment of a Real-time Fluorescent Quantitative RTPCR Method for Detecting NP Gene of Class Ⅰ Newcastle Disease Virus(NDV): 2018年; Newcastle disease( ND) is one of the most serious infectious diseases that infect the poultry industry.There is only one serotype of Newcastle disease virus( NDV),but NDVs can be divided into two distinct classes( class Ⅰ,and class Ⅱ) according to their genetic relationship.To develop a method for rapid quantitative detection of class Ⅰ NDV,a pair of primers and a TaqM an probe were designed and synthesized according to the conservative sequence of NP gene of class Ⅰ NDV.The positive recombinant plasmid harboring NP gene of JS-18-05 isolate was used as a positive template to establish the standard curve.A real-time fluorescent quantitative RT-PCR method was established for rapid detection of class Ⅰ NDV with strong specificity,high sensitivity and good repeatability.The established method exhibited a good linear relationship within the concentration of 102 to 108 copies of NDV,by which 1 μl of 10 copy of NDV nucleic acid could be detected in the initial template.Compared with conventional virus isolation methods,the established method had similar sensitivity and led to the same results in detecting33 class Ⅰ,class Ⅱ NDV isolates.The study provided the basis for rapid quantitative detection of class Ⅰ NDVs and further clarification of their pathogenicity and pathogenic mechanism in poultry.; Junping CAOXiaoquan WANGHan CHENGXiaowen LIUXiufan LIU; 关键词：CLASS NUCLEOCAPSID FLUORESCENT

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