中国科学院知识创新工程(KSCX2-EW-R-01-04)
- 作品数：2 被引量：12H指数：1
- 相关作者：刘万飞赵宇慧胡松年耿佳宁王西亮更多>>
- 相关机构：中国科学院中国科学院研究生院中国科学院大学更多>>
- 发文基金：中国科学院知识创新工程国家自然科学基金更多>>
- 相关领域：生物学更多>>
- 基于第二代测序技术的细菌基因组与转录组研究策略简介被引量：12
- 2011年
- 随着基于第二代测序技术的细菌基因组与转录组研究越来越广泛,选择合适的研究策略变得越来越重要。就基于第二代测序技术的细菌基因组和转录组研究策略进行综述,并简要介绍细菌基因组和转录组研究中的机遇和挑战。综述细菌基因组与转录组研究的常规方法及步骤,并简要地介绍存在的问题。细菌基因组和转录组研究策略为大多数细菌的研究提供了一个相对完整的研究路线,同时也会促进其它领域的研究,如生命形成、生物进化、基础代谢、疾病、药物等。
- 刘万飞王西亮赵宇慧曾瀞瑶耿佳宁胡松年
- 关键词：细菌基因组转录组
- 利用转录组数据鉴定和分析小鼠非编码RNA
- 2015年
- 基因转录表达是一个复杂、精确并具有时空特异性的过程.目前对转录组的研究主要集中在蛋白编码基因上.近几年,一个新的转录组研究工具—大规模并行c DNA测序技术(RNA-seq)为更深入地研究转录组带来了希望.利用RNA-seq数据,鉴定出大量的非编码RNA,特别是lincRNA,并且发现这些非编码RNA是多个生物学过程中重要的调控因子.利用深度测序获得的15个小鼠组织RNA-seq数据探索非编码RNA在小鼠不同组织中的多样性和动态变化.依据自定的标准,在这15个组织中共鉴定出16249个非编码基因(对应21569个非编码RNA).研究这些非编码RNA的多种特征,可以发现与蛋白编码基因相比,非编码RNA通常比较短,外显子个数少,表达量低,组织特异性强.而且,这些非编码RNA有明显的转录起始和转录延伸信号(H3K4me3,H3K27me3,H3K36me3修饰,RNAPⅡ结合位点以及CAGE)的富集.基因集富集分析结果表明,lincRNA与多个生物学过程相关,如免疫反应、肌肉发育和有性生殖等.本研究提供了更加全面的对小鼠非编码RNA的注释信息,为小鼠非编码RNA的功能和进化研究奠定了基础.
- 赵宇慧刘万飞曾瀞瑶刘守成谈馨煜HASAN AwadAljohi胡松年
- 关键词：非编码RNARNA-SEQ转录组小鼠
