国家自然科学基金(30560039)
- 作品数：41 被引量：82H指数：6
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- 相关机构：内蒙古大学更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金内蒙古自治区自然科学基金国家教育部博士点基金更多>>
- 相关领域：生物学理学更多>>
- 具有不同重复结构单元数的AFPⅢ分子的热滞活性
- 2009年
- 鱼类抗冻蛋白中的AFPⅢ是一种没有规则结构的球状蛋白分子,氨基酸序列组成和顺序与其它的抗冻蛋白完全不同,没有占优势的非极性氨基酸。
- 刘俊杰谢文静李前忠
- 关键词：抗冻蛋白结合位点热滞活性
- 大肠杆菌sigma70启动子预测被引量：1
- 2007年
- 统计了大肠杆菌sigma70启动子在不同基因间的分布。计算了683条大肠杆菌sigma70启动子的每个位点六联体的保守性M6(l)值及涨落限,以大于涨落限7.2的21个保守位点的六联体频数作为参数,利用离散增量理论对大肠杆菌全序列进行启动子搜索。结果显示683条启动子序列被全部正确预测且得到126条预测序列,利用启动子在不同基因间的分布和TSS到TIS的距离分布进行二次筛选,推测其中的84条序列是实验未测定的启动子序列。
- 林昊李前忠
- 关键词：大肠杆菌
- 基于二次判别的果蝇启动子识别被引量：14
- 2006年
- 通过对果蝇polⅡ启动子和非启动子的序列特征分析,计算了序列每个位点单碱基保守性M1(l)值和六联体保守性M6(l)值。从而分别选取两个区域的六联体频数作为离散源参数,利用离散增量结合二次判别函数(IDQD)对启动子进行了预测。对于从编码区和内含子中选取的非启动子数据集,启动子的预测成功率分别达到93%和89%。比较结果显示IDQD模型能够有效地提高启动子预测成功率。
- 林昊李前忠
- 关键词：POL
- 用支持向量机识别β-发夹模体被引量：1
- 2007年
- 基于蛋白质序列,提出了一种新的超二级结构模体β-发夹的预测方法。利用离散增量构成的向量来表示序列信息,并将6个离散增量输入支持向量机,在六维向量空间中寻找最优超平面,将β-发夹和非β-发夹进行分类。计算结果表明,利用所设计的算法预测β-发夹,有较高的预测能力。对于训练集,5-交叉检验的预测总精度为81.24%,相关系数为0.57,β-发夹敏感性为83.06%;对于独立的检验集,预测总精度为78.34%,相关系数0.56,β-发夹敏感性为77.24%。将此预测模型应用于CASP6的63个蛋白质进行检验,得到较好结果。
- 胡秀珍李前忠
- 关键词：超二级结构Β-发夹模体支持向量机
- 用离散量的方法识别蛋白质的超二级结构被引量：18
- 2006年
- 用离散量的方法,对2208个分辨率在2.5I以上的高精度的蛋白质结构中四类超二级结构进行了识别。从蛋白质一级序列出发,以氨基酸(20种氨基酸加一个空位)和其紧邻关联共同为参数,当序列模式固定长取8个氨基酸残基时,对“822”序列模式3交叉检验的平均预测精度达到78.1%,jack-knife检验的平均预测精度达到76.7%;当序列模式固定长取10个氨基酸残基时,对“1041”序列模式3交叉检验的平均预测精度达到83.1%,jack-knife检验的平均预测精度达到79.8%。
- 胡秀珍李前忠
- 关键词：离散量
- 大肠杆菌E．coli K-12转录因子结合位点的理论预测
- 2007年
- 基于实验验证的22种大肠杆菌K12的转录因子结合位点序列,分析了转录因子结合位点每一位置的碱基保守性,提出了预测转录因子结合位点的位置权重矩阵打分函数算法(PWMSA)。利用self-consistency和cross-validation两种检验方法对此算法进行检验,self-consistency检验总的预测成功率达到87.59%,cross-validation检验成功率达到85.48%。对基因间序列进行搜索,获得了多个可能的转录因子结合位点。
- 杨科利李前忠林昊
- 突触前和突触后神经毒素的分析和预测
- 本文从数据库[1]上下载174条突触前神经毒素和332条突触后神经毒素,根据数据库上面给出的注释信息,首先统计了这两类神经毒素的二硫键分布数目(表1),结果发
- 杨磊李前忠左永春
- 关键词：神经毒素二硫键
- 文献传递
- The DNA Geometric Flexibility of Promoter in Model Organism Genomes
- The general mechanism of transcription initiation is dependent on protein-DNA interaction.The promoter DNA has...
- Yongchun Zuo
- 不同亚细胞位置的细胞凋亡蛋白质的结构特性分析
- 2009年
- 细胞凋亡蛋白质是一类与人类疾病密切相关的蛋白质,在肿瘤、神经退行性疾病等病理过程中都有细胞凋亡存在。
- 陈颖丽李前忠
- 关键词：细胞凋亡结构特性
- 预测酵母(Yeast)基因转录因子结合位点被引量：19
- 2006年
- 基于在转录因子结合位点各碱基出现的概率不相同,以转录因子结合位点每一位置的碱基保守程度为参量,分别计算每种转录因子结合位点在每一位置的碱基保守指数Mi.通过构建每种转录因子结合位点位置权重矩阵(PWM),利用位置权重矩阵打分函数对酵母四种转录因子结合位点进行预测.利用se lf-cons istency和cross-va lidation两种方法对此算法进行检验,均获得了较高的预测成功率.结果显示四种转录因子结合位点的预测成功率均超过80%,且同时获得多个试验未测定的转录因子结合位点,对实验有指导意义.
- 杨科利李前忠林昊
- 关键词：转录因子结合位点位置权重矩阵
