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国家高技术研究发展计划(2006AA02A301): 作品数：16 被引量：37H指数：4; 相关作者：刘炳亚赵维莅朱正纲于颖彦计骏更多>>; 相关机构：上海交通大学医学院附属瑞金医院中国科学技术大学中国科学院广州生物医药与健康研究院更多>>; 发文基金：国家高技术研究发展计划国家自然科学基金上海市科学技术委员会基础研究重点项目更多>>; 相关领域：医药卫生生物学更多>>

一种基于绿色荧光蛋白的蛋白酶体抑制剂细胞筛选模型被引量：4: 2009年; 为建立基于绿色荧光蛋白(GFP)的药物筛选模型,并用此模型从包括中药提取物在内的化合物中筛选新型蛋白酶体抑制剂,本研究构建了pGC-E1-ZU1-GFP融合蛋白慢病毒表达载体并感染A549细胞,筛选稳定表达细胞株,用已知蛋白酶体抑制剂PS-341处理细胞,荧光显微镜检测处理前后细胞GFP水平变化。结果获得了稳定表达pGC-E1-ZU1-GFP的A549细胞,这些细胞用PS-341处理24h后用荧光显微镜检测,发现细胞绿色荧光强度相对于对照组明显增强。利用这一模型对一些化合物进行筛查,发现了一些新的蛋白酶体抑制剂。; 方海同胡政周光飚; 关键词：蛋白酶体抑制剂绿色荧光蛋白

DNA修复基因XRCC1单核苷酸多态性与非霍奇金淋巴瘤遗传易感性的关系被引量：2: 2009年; 目的探讨DNA修复基因XRCC1 R280H、XRCC1 TSS＋29C／T单核苷酸多态性与非霍奇金淋巴瘤（NHL）易感性的关系。方法运用MassARRAY技术对73例NHL病例和540名健康对照的DNA修复基因XRCC1多态性进行检测，比较其不同基因型与淋巴瘤患病风险的关系。结果XRCC1R280H中G、A基因频率在对照组和病例组中分布差异有统计学意义（P=0．001），而XRCC1TSS＋29C／T中T、C的基因频率在两组中的分布差异无统计学意义（P：0．383）。进一步的分析表明，在XRCC1R280H中，与携带GG野生纯合子基因型者比较，携带至少一个A等位基因者（GA或AA）患淋巴瘤的风险显著降低（P〈0．001，OR=0．309，95％CI=0．168—0．567）。而在XRCC1TSS＋29C／T中，CC和CT与基因TT比较，携带c基因者会增加淋巴瘤的发病风险（P=0．472，OR=1．262，95％口=0．669～2．379）。结论DNA修复基因XRCC1R280H的基因多态性与NHL的发生密切相关。; 任丽娟张巧花施静艺张群岭姜晓星侯淑玲黄云鹏赵维莅; 关键词：非霍奇金多态性单核苷酸易感性 XRCC1

酵母单杂交体系筛选胃cDNA文库中IRX1的核心启动子结合蛋白: 2011年; 目的以IRX1基因启动子为诱饵,在胃cDNA文库内钓取与之相互作用的蛋白质.方法构建IRX1启动子诱饵报告基因质粒并转化酵母单杂交（Y1H）Gold酵母获得诱饵基因酵母菌;抽提人胃组织总RNA,逆转得到cDNA文库,文库片段为0.3～2.5 Kb,作为猎物与线性化pGADT7-Rec文库质粒共转染诱饵酵母菌.结果对胃cDNA文库的筛选效率达到3×106,从人胃组织cDNA文库共钓取到8个阳性克隆,测序分析获得3个具有完整开放读码框（ORF）的基因,其编码蛋白均含锌指结构域.结论以酵母单杂交筛选文库方法得到与IRXI基因启动子序列相互作用蛋白质,为探讨IRX1基因的转录调控机制奠定了基础.; 张荣娟于颖彦霍克克张迪李璞计骏张佳年陈雪华刘炳亚朱正纲; 关键词：抑癌基因 CDNA文库

组蛋白甲基化调控淋巴瘤PRDM1基因表达的研究被引量：2: 2011年; 目的:研究细胞分化相关基因PRDM1在淋巴瘤细胞中的表达差异是否受组蛋白甲基化的影响。方法:应用染色质免疫沉淀(CHIP)技术对B淋巴瘤细胞株Namalwa和SU-DHL-4,以及T淋巴瘤细胞株H9和人胚肾细胞系293T的组蛋白甲基化情况进行检测。结果:在表达PRDM1差异的细胞内存在H3K4m3和H3K9m3水平的差异,高水平的H3K4m3与PRDM1的高表达相关,高水平的H3K9m3与PRDM1的表达下调相关。结论:PRDM1基因表达与组蛋白甲基化相关,后者是PRDM1基因转录调控的可能机制之一。; 谢洪强张轶文张伟赵维莅; 关键词：组蛋白甲基化

蛋白酶体抑制剂协同组蛋白去乙酰化酶抑制剂诱导T细胞淋巴瘤凋亡及其与蛋白聚集体关系的研究被引量：2: 2009年; 本研究探讨蛋白酶体抑制剂硼替唑米(bortezomib)和组蛋白去乙酰化酶抑制剂辛二酰苯胺异羟肟酸(suberoylanilide hydroxamic acid,SAHA)对T淋巴瘤细胞株Jurkat和Hut78的协同诱导凋亡作用,以及两药联合对蛋白聚集体形成的影响。硼替唑米(10nmol/L)单药或硼替唑米(10nmol/L)联合SAHA(2μmol/L)处理Jurkat和Hut78细胞,应用台盼蓝拒染法计数细胞生长抑制率;细胞涂片观察细胞形态学改变;流式细胞术检测细胞凋亡变化;透射电子显微镜观察细胞凋亡和聚集体形成的超微结构特征。研究结果表明,与对照组和单用硼替唑米组比较,两药合用能够显著抑制Jurkat和Hut78细胞生长,促进细胞凋亡。流式结果显示,两药合用组的Jurkat和Hub78细胞凋亡细胞比例分别为(41.8±4.7)%和(72.7±11.7)%,显著高于对照组[(3.6±1.3)%和(7.0±1.9)%]和单用硼替唑米组[(6.3±2.3)%和(18.7±9.2)%](p均<0.01)。超微结构显示,单用硼替唑米组细胞内多为典型的聚集体结构,两药合用组细胞内聚集体密度降低,数量减少甚至消失,且凋亡细胞明显增多。结论:蛋白酶体抑制剂联合组蛋白去乙酰化酶抑制剂能有效诱导T淋巴瘤细胞凋亡,两药具有协同作用。硼替唑米促进聚集体形成,SAHA能破坏聚集体结构,是增强硼替唑米促凋亡效应的可能机制之一。; 姜晓星张群岭陈新宇邬维礼沈志祥赵维莅; 关键词：蛋白酶体抑制剂组蛋白去乙酰化酶抑制剂 T细胞淋巴瘤

黄芩苷诱导Burkitt淋巴瘤细胞凋亡的初步研究被引量：5: 2011年; 目的:探讨黄芩苷(baicalin)对Burkitt淋巴瘤细胞系Daudi细胞凋亡的诱导作用。方法:用3-(4,5-二甲基噻唑)-2,5-二苯基四氮唑溴盐(MTT)法测定细胞生长抑制率;细胞涂片观察细胞形态学改变;流式细胞术检测细胞凋亡变化;Westernblot法检测凋亡相关蛋白天冬氨酸特异性半胱氨酸蛋白酶(caspase-3)、caspase-9。结果:黄芩苷对Daudi细胞作用72h的半数抑制浓度(IC50)为(10.1±0.5)μg/mL,对其生长抑制作用呈剂量依赖性。与对照组相比,黄芩苷组细胞呈现明显的凋亡状态。48h流式检测细胞凋亡率40μg/mL药物组为61.5%±6.3%,20μg/mL药物组为44.2%±4.7%,明显高于对照组(8.2%±0.9%)(P<0.01)。黄芩苷作用Daudi细胞24、36h后,caspase家族的蛋白前体(procaspase)-3、9表达均下降,而激活的活性片段caspase-3则表达上调,且呈时间依赖性。结论:黄芩苷可有效抑制Burkitt淋巴瘤细胞生长,诱导细胞凋亡,上述凋亡蛋白可能参与了黄芩苷诱导Daudi细胞凋亡的过程。; 肖丹朱伟嵘赵维莅; 关键词：黄芩苷 BURKITT淋巴瘤细胞凋亡

MGMT基因多态性与非霍奇金淋巴瘤遗传易感性的关系被引量：1: 2009年; 目的探讨MGMT及XPA、XPD、XPG基因重要的单核苷酸多态性位点与非霍奇金淋巴瘤发病风险的关系。方法采用分子量阵列技术（Mass—ARRAY）检测73例淋巴瘤患者及500名正常对照中MGMT L84F、MGMT K178R、XPA TSS＋62、XPD K751Q及XPG TSS＋372五个位点的单核苷酸多态性。结果MGMT L84F（T）等位基因的携带者与野生型（CC）相比，发生非霍奇金淋巴瘤的风险显著升高[OR=2．085，95％可信区间（CI）=1．069～4．068，P=0．029]；其中，前者罹患B细胞淋巴瘤的风险是后者的2．403倍（OR=2．403，95％ CI=1．103～5．235，P=0．024）。检测MGMT K178R、XPA TSS＋62、XPD K751Q及XPG TSS＋372未发现与淋巴瘤发病有统计学相关性。结论MGMT L84F单核苷酸多态性可能在非霍奇金淋巴瘤，尤其是B细胞淋巴瘤的发病过程中起着重要作用。; 杨帆施静艺徐岚任丽娟张巧花赵维莅沈志祥

胃癌临床病理分期相关基因MGP的发现及其表达验证被引量：2: 2010年; 目的通过对基因芯片数据库中一组大样本胃癌表达谱芯片的数据挖掘分析，筛选并验证与临床病理分期及预后密切相关的基因。方法检索基因表达谱芯片数据库，对其中符合分析要求（大样本、病理分型、临床病理分期以及随访资料齐全）的胃癌表达谱芯片数据进行再挖掘分析。利用基因芯片显著性差异基因分析（SAM）方法筛选出不同临床病理分期的差异基因，并通过逆转录聚合酶链反应（RT—PCR）、即时荧光定量PCR、Westernblot方法验证胃癌细胞株及54例胃癌组织MGP表达，利用免疫组织化学EnVision法观察MGP在胃癌中的定位特点。结果通过对GEO开放数据库内GES4007数据的挖掘分析，发现14个基因表达与胃癌临床病理分期显著相关，其中MGP基因表达升高与临床病理分期呈正相关，对预后有明显影响。定量PCR和Westernblot方法证实MGP在胃癌细胞系中存在不同程度表达，免疫组织化学染色显示MGP定位于肿瘤细胞胞质内。RT．PCR分析54例胃癌组织和对应癌旁组织内mRNA，结果显示22例癌组织MGP的mRNA表达明显高于癌旁组织（40．7％）。MGP的高表达与胃癌临床病理分期（P=0．001）和预后呈明显相关（P=0．006）。结论公共数据库存储的芯片数据具有再分析价值。MGP基因是与胃癌临床病理分期和预后相关的新型分子标志物。; 郭磊郭晓波蒋金玲张佳年计骏刘炳亚朱正纲于颖彦; 关键词：寡核苷酸序列分析 MATRIX GLA PROTEIN

使用边扩增边连接技术以两步PCR反应制备两个癌症候选基因的重测序DNA文库: 2008年; 近年来应大规模基因组学和遗传学研究发展的需要,能够提供"高通量、低成本、低劳动量"测序服务的新一代大规模并行测序技术应运而生.辅助其应用的生物信息分析软件和实验方法也层出不穷.而在关联研究如癌症研究中有广泛应用的基于PCR的基因组学和遗传学研究方法,却因其研究的目标区域较短,而较少地受益于采用"鸟枪法测序"策略的新一代测序技术.尽管已提出诸如"芯片捕获法"、"目标选择法"等技术克服这一难题,但这些方法对仪器和实验室操作的额外要求限制了它们的应用和推广.本实验提出一种能简便克服这一难题的"边扩增边连接方法"(Ligation by Amplification,LBA):使用一对"公用接头"和两步PCR反应将多个目标区域随机连接起来,其随机连接而成的长链产物可被简易地随机片段化并在新一代测序仪上测序.使用专门设计的、包含公用接头的LBA引物,将人类基因组保守编码序列中两个癌症相关基因:BRCA1和BRCA2的外显子进行扩增,并将所得到的70个扩增产物在一步PCR过程中进行边扩增边连接.所得的长链LBA产物经随机片段化后制备成可被传统Sanger测序法和新一代边合成边测序技术测序的DNA文库,分别在ABI3730xl测序仪和Illumina/Solexa Genome Analyzer测序仪上进行测序.对目标序列的覆盖度、覆盖深度和单核苷酸多态性检测的有效性的生物信息学分析证明:运用本方法可高效地在新一代测序仪上进行基于PCR的重测序和遗传多态性研究,推动各种基于PCR的基因组学和遗传学研究的发展.; 苏夜阳林琳田埂陈晨刘涛许兴亚齐新捧张秀清杨焕明; 关键词：测序技术

MTAP、CDKN2A和CDKN2B在弥漫大B细胞淋巴瘤中的表达及其临床意义: 2011年; 目的研究弥漫大B细胞淋巴瘤（DLBCL）MTAP、CDKN2A和CDKN2B基因的表达及其临床意义。方法以实时定量聚合酶链反应（PCR）方法检测40例DLBCL及19例淋巴结反应性增生组织中MTAP、CDKN2A和CDKN2B基因的表达情况，结合临床特征进行分析，并进行随访。结果DLBCL组MTAP、CDKN2A和CDKN2B基因表达水平较淋巴结反应性增生组降低，差异有统计学意义（P值分别为0．024、0．044和0．047）；三者表达均与AnnArbor临床分期相关（P值分别为0．004、0．001和0．027）；与患者的性别、年龄、淋巴结外病变累及、ECOG体力评分、骨髓累及、血清乳酸脱氢酶水平均无明显相关（均P〉0．05）。其中MTAP与CDKN2A基因表达情况还与B症状（P值分别为0．003和0．028）和国际预后指数（IPI）相关（P值分别为0．001和0．011）。此外，生存分析结果显示，MTAP、CDKN2A和CDKN2B基因表达水平与患者总生存期相关（P值分别为0．022、0．019和0．042）。结论MTAP、CDKN2A和CDKN2B基因在DLBCL中呈低水平表达，与疾病进展和患者预后有关，可作为反映其生物学行为和评估患者临床疗效的分子标志物。; 李莉许彭鹏沈志祥赵维莅; 关键词：淋巴瘤大细胞弥漫型反转录聚合酶链反应

国家高技术研究发展计划(2006AA02A301)

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