国家自然科学基金(31160234)
- 作品数：19 被引量：12H指数：2
- 相关作者：丰继华胡焕李泽华周晓雯卢英更多>>
- 相关机构：云南民族大学包头师范学院四川电力设计咨询有限责任公司更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金云南省应用基础研究基金更多>>
- 相关领域：生物学电气工程农业科学医药卫生更多>>
- 两种模式生物核小体定位比较研究
- 2014年
- 在对两种模式生物酵母与果蝇胚胎期核小体定位进行研究时,发现不同物种间以及同一物种中不同表达模式基因上的核小体分布呈现出差显著异性。在总体上,转录起始位点附近的酵母核小体NFR区域比果蝇的NFR短。经基因中心对齐后,酵母与果蝇胚胎期沉默型基因的核小体缺失区域的两个边界中间处共同呈现了一个明确有着均匀间隔的核小体数n,且随着基因长度L的变长其周期性特性逐渐变模糊,但果蝇的图谱表现的更为复杂。结果表明,从单细胞酵母生物到多细胞果蝇生物间基因组的进化过程中,核小体组织的演化既有变异性,也具有保守性。
- 卢英丰继华单秋甫陈攀峰单增辉
- 关键词：核小体定位
- ISW2缺失下基因功能对核小体定位影响的研究
- 2015年
- 为研究染色质重塑因子对核小体定位的影响以及ISW2缺失情况下基因功能对核小体形成的作用,本文分别对ISW2敲除、野生型(WT)及富营养培养条件下(YPD)三种酵母核小体占位率数据进行聚类、比较、分析后发现,在ISW2缺失情况下核小体的位置远离TSS,同时发现11种基因功能对核小体的定位产生了显著影响。
- 胡焕丰继华魏恨恨周晓雯李泽华
- 关键词：核小体定位野生型
- 基于希尔伯特-黄变换的核小体定位特征提取
- 2019年
- 核小体是染色体折叠的整体结构,它们的空间分布与基因组活动的调节密切相关,是基因工程和表观遗传的重要研究领域。为进一步研究核小体定位特征的物种间差异性,将希尔伯特-黄变换(HHT)引入到酵母和果蝇两个不同物种的定位信号中,从多个角度客观分析核小体定位信号特征在两个物种间的差异性。在此基础上,对酵母和果蝇核小体分布的周期特征和进化印记进行尺度和频域分析,结果表明酵母和果蝇染色体在组织结构上存在显著差异。本文研究思路为准确提取信号瞬时频率提供了前提条件。
- 刘珂丰继华黄月月郭亚茹牟锦
- 关键词：核小体
- 基于SCD文件聚类分析自动生成接线图的方法被引量：1
- 2022年
- 智能变电站配置描述(SCD)文件通常缺少对电气接线拓扑关系的配置,且信息十分抽象,无法直观可视地查看主接线图,给工作人员理解造成困难。提出了一种采用图团体聚类算法自动生成接线图的方法,通过分析SCD文件中所有智能电子设备(IED)之间的连接关系,设置连接权重,通过图聚类算法得到按间隔划分的IED配置分组,解决了已有的主接线自动生成方法不能在配置描述信息命名不规范情况下使用的问题。最后,通过软件对实际SCD文件进行分析,验证了所提方法的准确性和有效性。
- 范力栋丰继华王星宇
- 关键词：智能电子设备接线图自动生成
- 不同转录率下真核模式生物核小体位置研究
- 2016年
- 真核生物中核小体的位置在不同转录率基因上是不同的.我们通过对热冲击前后酵母核小体位置实验数据、酵母转录率数据进行统计分析和比较后,发现在压力环境下,敏感上表达基因中的高转录水平基因与敏感下表达基因中低转录水平基因上的核小体位置趋于平衡位置,而非敏感基因中的高转录基因通常处于趋向远离平衡位置状态.
- 魏恨恨丰继华胡焕周晓雯李泽华
- 关键词：热冲击转录水平
- 基于绝缘密度HiCID算法的染色质接触域边界检测被引量：1
- 2021年
- 针对现有基于Hi-C数据的接触域边界检测算法进行改进,提出用绝缘密度统计量来表征接触域边界强度变化的绝缘密度算法(Hi-C insulation density,HiCID)。HiCID算法将网络增强技术嵌入预处理过程对原始Hi-C数据进行降噪,根据绝缘子结合蛋白(CTCF)与组蛋白修饰的富集丰度确定域边界筛选阈值,同时为不同分辨率Hi-C数据优化选择滑动窗口的大小和数量。实验结果表明,提出的接触域边界检测算法在一致性和准确性上均优于HiCDB算法,具有不依赖于特定物种的可移植性特点,且算法随Hi-C数据分辨率提高表现出更好的性能。
- 黄月月丰继华刘珂范力栋
- 关键词：定向分化
- 真核模式生物核小体分布参数模型分析被引量：1
- 2020年
- 真核生物核小体空间分布影响着遗传信息的传递,是表观遗传和基因工程的研究基础,对其进行数学建模是研究DNA三维结构与基因调控的基本途径,但空间维度建模素来为科学研究的难题。为比较单细胞与多细胞生物基因转录起始位点周围核小体分布特征,利用高分辨率的酵母和果蝇核小体定位实验数据构建核小体分布模型。在模型构建中综合比较了多项式、傅里叶级数、高斯函数和正弦函数的拟合效果,最终确定以正弦复合函数作为酵母和果蝇的核小体分布模型。在此基础上,对酵母和果蝇核小体分布的周期特征和进化印记进行尺度和频域分析,结果表明酵母和果蝇染色体在组织结构上存在显著差异。研究思路对于利用数学建模与信号处理方法获取基因组结构信息具有重要参考价值。
- 丰继华郭亚茹牟锦黄月月刘珂范力栋
- 关键词：核小体
- 3种条件下基因功能对核小体定位影响的研究
- 2017年
- 为研究基因功能对核小体定位的影响,本研究对ISW2敲除型、野生型(WT)和富营养培养条件下(YPD)的酵母核小体占位率的实验数据进行聚类、比较、分析后,发现有9种基因功能对核小体的定位产生了显著影响,为今后进一步了解基因功能与核小体定位的关系提供了一定的参考价值。
- 周晓雯胡焕丰继华李泽华陈静于华峥
- 关键词：核小体定位野生型
- 酵母基因组组蛋白修饰之间相关性的研究被引量：1
- 2015年
- 我们在对染色质修饰作用进行研究的过程中,发现以往的研究只关注化学修饰间的线性关系,而对于非线性关系未充分重视。为此,我们对Pokholok等(2005)人测出的酵母组蛋白甲基化修饰与乙酰化修饰数据进行了插值处理,得到了16种全基因组组蛋白修饰数据。然后对每组修饰数据在TSS位点上、下游各取1 000 bp进行对齐、平均、平滑和归一化处理。我们发现,根据酵母基因转录水平数据,可将组蛋白修饰数据分为两大类:一类是转录增强修饰群体,一类是转录抑制或转录无关修饰群体。为了揭示不同转录活性基因上修饰间的复杂关系,我们分别利用Pearson相关分析法和Reshef等(2011)人提出的MINE算法得到了以上修饰之间的相关性。最后对该结果进行分析,得到了修饰之间的一些非线性关系,同时发现同群体间修饰的关联性更强。
- 陈攀峰丰继华单增辉魏恨恨胡焕
- 关键词：组蛋白修饰
- 基于Hi-c数据的酵母染色体三维结构重构
- 2019年
- 通过染色体交互频率数据(Hi-c)来预测染色体三维空间结构是近年表观遗传研究热点。研究表明染色体三维空间结构在生物基因表达、调控等方面起到重要作用,对其进行三维重构是研究细胞代谢过程的基本途径。针对酵母Hi-c数据在不同染色体所呈现出的统计特征,拟合出每条染色体交互频率数据分布的数学模型,然后利用梯度上升迭代算法预测并重构其三维结构,并给出模型评估指标。实验结果表明,模型具有较高可重复性和预测精确度。
- 丰继华牟锦郭亚茹
