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国家重点基础研究发展计划(2006CB102104)

作品数:11 被引量:50H指数:4
相关作者:张勤卢昕邱小田巩元芳王志鹏更多>>
相关机构:中国农业大学河南科技大学山东省农业科学院更多>>
发文基金:国家重点基础研究发展计划国家自然科学基金国家高技术研究发展计划更多>>
相关领域:农业科学生物学医药卫生更多>>

文献类型

  • 11篇期刊文章
  • 3篇会议论文

领域

  • 10篇农业科学
  • 4篇生物学
  • 1篇医药卫生

主题

  • 3篇基因
  • 3篇QTL
  • 2篇单倍型
  • 2篇血常规
  • 2篇血常规指标
  • 2篇染色
  • 2篇染色体
  • 2篇基因组
  • 2篇QUANTI...
  • 2篇标记辅助导入
  • 1篇动物
  • 1篇性状
  • 1篇性状基因
  • 1篇英文
  • 1篇数量性状
  • 1篇数量性状基因
  • 1篇数量性状基因...
  • 1篇提取基因组
  • 1篇谱系
  • 1篇全基因组

机构

  • 10篇中国农业大学
  • 2篇河南科技大学
  • 1篇安徽农业大学
  • 1篇河北科技师范...
  • 1篇广东省农业科...
  • 1篇山东省农业科...
  • 1篇中国疾病预防...

作者

  • 9篇张勤
  • 3篇卢昕
  • 3篇邱小田
  • 2篇贾小平
  • 2篇巩元芳
  • 2篇王志鹏
  • 2篇白俊艳
  • 1篇刘剑锋
  • 1篇王怀中
  • 1篇王春考
  • 1篇阚飙
  • 1篇李何君
  • 1篇殷宗俊
  • 1篇王继英
  • 1篇丁向东
  • 1篇俞英
  • 1篇蔡绍倩
  • 1篇梅瑰
  • 1篇张陈华
  • 1篇李玉华

传媒

  • 4篇Journa...
  • 2篇遗传
  • 1篇中国农业科学
  • 1篇科学通报
  • 1篇中华流行病学...
  • 1篇生物化学与生...
  • 1篇Scienc...

年份

  • 2篇2011
  • 2篇2010
  • 4篇2009
  • 1篇2008
  • 4篇2007
  • 1篇2006
11 条 记 录,以下是 1-10
排序方式:
全基因组关联研究理论及其在流行病中的应用被引量:1
2011年
全基因组关联研究(GWAS)利用遍布于全基因组范围的分子标记(主要为单核苷酸多态性,SNP)并借助强大统计学工具,对影响某些复杂性状如疾病易感的遗传变异进行鉴定和分析。
卢昕阚飙刘剑锋张勤
关键词:全基因组关联研究流行病
猪2、7和8号染色体上影响血常规指标的数量性状基因座(QTL)检测被引量:5
2008年
以3个品种(长白猪、大白猪、松辽黑猪)16个公猪家系共计368头仔猪组成资源群体,在猪2、7和8号染色体上共选取35个微卫星标记,采用基于线性混合模型的方差组分分析方法,对影响与猪白细胞、红细胞和血小板相关的共计18项血常规指标的数量性状基因座(quantitative trait loci,QTL)进行了检测.通过似然比检验,并以自由度为2的卡方分布作为检验统计量的分布,共发现22个在P<5%水平下显著的QTL,其中在2号染色体上有9个,分别影响白细胞总数、中性粒细胞数、平均红细胞体积、血红蛋白含量、平均红细胞血红蛋白浓度、血小板总数、平均血小板体积、血小板分布宽度和血小板压积,在7号染色体有7个,分别影响白细胞总数、中性粒细胞数、平均红细胞血红蛋白浓度、血红蛋白含量、血小板总数、平均红细胞体积和红细胞分布宽度变异,在8号染色体上有6个,分别影响中性粒细胞百分比、淋巴细胞百分比、平均红细胞血红蛋白浓度、血小板总数、血小板压积和平均红细胞体积.为尽可能地避免由于多重检验所造成的假阳性率的升高,我们采用了控制假检出率(false discovery rate,FDR)的方法来对这22个QTL进行进一步检验,发现有14个达到FDR<5%显著水平,其中又有9个达到FDR<1%显著水平.
巩元芳卢昕王志鹏李珊邱小田张勤
关键词:血常规指标
标记辅助导入的原理与应用被引量:1
2007年
标记辅助导入是分子遗传信息应用于动物育种的一个重要方面,其目的是在标记信息的辅助下将一个品种(供体)中的一个或多个优良基因导入另一个品种(受体),同时还要尽可能地保持受体群体原有的遗传背景。在标记辅助导入过程中,标记信息既可用于辅助前景选择,即对目标基因携带者的选择,以保证目标基因的正确导入,也可用于辅助背景选择,即对受体基因组的选择,以加快受体遗传背景的恢复。本文介绍了标记辅助导入的原理和基本方法,综述了目前已提出的不同前景选择和背景选择方法以及消除遗传累赘(与目标基因连锁的不利基因)的方法,同时列举了标记辅助导入在动物上的一些成功应用。
白俊艳张勤贾小平
关键词:标记辅助导入动物
Mapping quantitative trait loci for cell-mediated immunity in the pig
<正>Introduction Genetic improvement of general immune capacity is an effective way to increase disease resista...
Xin LU~1,Yuan-Fang GONG~(1,2),Qin ZHANG~1 1.Key Laboratory Animal Genetics and Breeding of the Ministry of Agricultural,State Key Laboratory of Agrobiotechnology, College of Animal Science and Technology,China Agricultural University,Beijing 100193,China
关键词:SWINE
文献传递
一种用于一般系谱的零重组单倍型推断方法被引量:1
2007年
大量单核苷酸多态标记(single nucleotide polymorphism,SNP)的出现,使以单个标记为中心的关联分析方法逐渐转变成以单倍型为主的关联分析方法.以单倍型为主的分析方法的首要问题是如何获取单倍型.通过实验手段获取单倍型成本较高,利用基因型数据通过单倍型推断获取单倍型是当前首选方法.针对一般系谱和紧密连锁的SNP标记,本研究提出了一种快速和准确的单倍型推断方法.该方法通过3步6条规则,利用亲子关系确定有序基因型,逐步剔除多余的单倍型,最后通过最大似然法确定单倍型组合.利用模拟数据验证在不同系谱大小、不同标记数目和不同标记基因型缺失率等参数组合条件下单倍型推断方法的效率和准确性,并与PEDPHASE程序作比较.结果表明我们的方法的运行速度和准确性都优于PEDPHASE.本方法的运行速度比PEDPHASE快10~15倍,准确性高4%~10%.同时结果还说明了本方法的准确性几乎不受系谱大小、标记数目和标记基因型缺失率的影响.
王春考王志鹏邱小田张勤
定位影响中国荷斯坦奶牛产奶性状的位置候选基因
<正>引言20世纪以来,奶牛的生产水平大幅度提高,其中由于育种所实现的群体遗传改良起到很大作用。但传统的选择方法进展较慢,如果能找到影响奶牛产奶性状的主效基因,并应用于标记辅助选择,将大大加快遗传
梅瑰张勤丁向东张哲
关键词:奶牛产奶性状
文献传递
利用改进的酚-氯仿法从猪毛囊中提取基因组DNA被引量:19
2010年
为提高从猪毛囊组织中提取基因组DNA的效率,文章在借鉴从其他组织提取基因组DNA方法的基础上,对经典的酚-氯仿法的反应体系和步骤进行了改进。利用改进的酚-氯仿抽提法,从猪的毛囊组织中快速、高效地提取了高质量基因组DNA。利用该方法从1-6根猪毛囊中提取的基因组DNA可满足基于PCR技术的相关分子生物学实验需要。
王继英俞英冯利霞王怀中张勤
关键词:基因组DNA
标记辅助导入中不同前景和背景选择方法的比较(英文)被引量:4
2006年
标记辅助导入是分子遗传信息应用于动物育种的一个重要方面,其目的是在标记信息的辅助下将一个品种(供体)中的一个或多个优良基因导入另一个品种(受体),同时还要尽可能地保持受体群体原有的遗传背景。标记辅助导入的过程包括3个阶段,第一阶段是杂交,即供体与受体杂交产生F1代个体,第二阶段是回交,即F1个体以及后续各个世代的后代个体重复地与受体回交,以使受体的遗传背景得到恢复,第三阶段是横交,即重复回交后得到的个体彼此间交配,以便获得供体基因的纯合个体,使该基因在群体中固定。在回交和横交阶段,都要对参与交配的个体进行选择。在选择中,要分别进行前景选择和背景选择,前景选择是对供体基因的选择,选择携带有供体基因个体参加配种,从而使该基因在回交过程中不会丢失,并在横交过程中能尽快固定,背景选择是对受体遗传背景的选择,选择那些含有受体基因组比例较高的个体参加配种,从而加快恢复受体遗传背景的速度。本研究通过计算机模拟对不同的前景选择方法和不同的背景选择方法进行了比较。前景选择方法包括对受体基因的直接选择(假设该基因可以直接测定)、利用单个连锁标记的间接选择和利用两侧标记的间接选择3种,背景选择方法包括随机选择、基因组相似性选择、指数选择和标记辅助BLUP(MBLUP)选择4种。研究结果表明,对于前景选择来说,对供体基因的直接选择能保证该基因在回交的各个世代中保持一个稳定的频率(0.25)并在横交阶段迅速固定(2个世代),用两侧标记的间接选择也能得到类似的结果,但如果仅利用单个连锁标记进行选择,则会导致供体基因的频率在回交阶段中有所下降,并在横交阶段不能被固定。对于背景选择来说,如果最终的目的是要完全恢复受体的遗传背景,基因组相似性选择或标记指数选
白俊艳张勤贾小平
关键词:标记辅助导入
A method for haplotype inference in general pedigrees without recombination
2007年
The abundance of single nucleotide polymorphisms (SNPs) makes the haplotype-based method instead of single-maker-oriented method the main approach to association studies on QTL mapping. The key problem in haploptype-based method is how to reconstruct haplotypes from genotype data. Directly assaying haplotypes in diploid individuals by experimental methods is too expensive, therefore the in silico haplotyping-determination methods are the major choice at the present. This paper presents a rapid and reliable algorithm for haplotype reconstruction for tightly linked SNPs in general pedigrees. It is based on six rules and consists of three steps. First, the parental origins of alleles in offspring are assigned conditional on genotypes in parent-offspring trios; second, the redundant haplotypes are eliminated based on the six rules; and finally, the most likely haplotype combinations are chosen via maximum likelihood method. Our method was verified and compared with PEDPHASE by simulated data with different pedigree sizes, numbers of loci, and proportions of missing genotypes. The result shows that our algorithm was superior to PEDPHASE in terms of computing time and accuracy of haplotype estimation. The computing time for 100 runs was 10―15 times less and the accuracy was 4%―10% higher than PEDPHASE. The result also indicates that our method was very robust and was hardly affected by pedigree size, number of loci, and proportion of missing genotypes.
WANG ChunKao WANG ZhiPeng QIU XiaoTian ZHANG Qin
关键词:谱系计算方法QTL
基于EM和规则算法的半同胞家系单倍型推断方法
<正>引言单倍型(Haplotype)是指同一染色体上多个基因座位等位基因的组合,它能同时利用多个基因座位的遗传信息,比单基因座位分析更有效力,在进化、基因定位、基因组选择等研究领域有广阔的应用前景。目前,
丁向东张勤
关键词:EM算法半同胞家系
文献传递
共2页<12>
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