公共文化服务平台

国家重点基础研究发展计划(2006CB100202): 作品数：10 被引量：56H指数：3; 相关作者：李成云杨静刘林苏源朱有勇更多>>; 相关机构：云南农业大学云南省农业科学院云南大学更多>>; 发文基金：国家重点基础研究发展计划国家自然科学基金教育部科学技术研究重大项目更多>>; 相关领域：农业科学生物学更多>>

灰色大角间座壳菌(稻瘟病菌)蛋白激酶编码基因中SSR变异及其对蛋白结构的潜在影响被引量：2: 2010年; 病原菌可以利用多种方式激活或者抑制蛋白激酶信号通路来增强其自身侵染力,在病原物与植物互作初期的信号识别和转导中蛋白激酶扮演着重要的角色。已有研究结果表明灰色大角间座壳菌(稻瘟病菌)蛋白激酶基因中含有丰富的SSR。作者通过对灰色大角间座壳菌(稻瘟病菌)基因组中的89个蛋白激酶基因的外显子区、内含子区、5′-UTR和3′-UTR区中的SSR进行了查找和分析,并对编码区中SSR的扩张或收缩对蛋白结构的影响进行了预测。结果表明,SSR在基因的调控区和编码区中的分布是不均一的,且这些基因的外显子区、内含子区、5′-UTR和3′-UTR区中SSR的组成和分布也均不相同;基因的编码区中三碱基和六碱基SSR相对较多,且SSR基序大都表现为GC含量较高,编码的亲水性氨基酸出现的频率也远远高于疏水性氨基酸。通过病菌群体中变异幅度的检测表明,几乎所有的SSR序列都存在多态性。根据灰色大角间座壳菌(稻瘟病菌)自然群体中SSR的变化幅度,对SSR的扩张或收缩对蛋白二级结构的影响进行预测,发现SSR的扩张或收缩都可能对蛋白的结构产生影响。这暗示着SSR的变异在致病相关基因的变异中可能起着十分重要的作用。; 刘林李进斌张悦苏源杨静陈梦琪李成云; 关键词：蛋白激酶编码区调控区

禾谷镰刀菌基因组中含寄主靶向模体分泌蛋白功能的初步分析被引量：35: 2008年; 基于生物信息学的方法,以SignalP v3.0、TargetP v1.01、Big-PI Predictor和TMHMM v2.0四个分析软件对禾谷镰刀菌(Fusarium graminearum Schw.)全基因组的11 640个蛋白编码基因的N-端氨基酸序列进行信号肽分析,预测出606个潜在的分泌蛋白编码基因。通过对这些潜在的分泌蛋白进行MEME软件分析,发现其中有157个分泌蛋白的剪切点下游120氨基酸残基范围内具有一个保守的RXLX模体,其中有79个分泌蛋白具有可预测的功能性描述,包括FG00023.1具有与草酸盐氧化酶1有关的功能,FG01588.1具有与1,4-α-葡糖苷酶葡聚糖有关的功能,这些基因可作为禾谷镰刀菌致病相关的候选基因。其中FG04097.1编码的具有与丝氨酸型蛋白酶有关的功能在致病疫霉和疟原虫真核寄生物中具有相似保守的寄主靶标模体的效应蛋白中也观察到,但FG09127.1,FG05287.1编码的蛋白尚未被证明参与致病过程的研究报道。深入研究分泌蛋白将有助于明确植物与病原微生物互作的分子机制。利用禾谷镰刀菌基因组学研究成果,结合计算机技术和生物信息学的方法,分析其分泌蛋白组学,将有助于全面掌握其致病因子的结构与功能。对于这些蛋白功能的比较研究,将有利于对禾谷镰刀菌致病性的分子机制的探索,并为设计新的防治措施提供理论依据。; 于钦亮马莉刘林杨静苏源王云月朱有勇李成云; 关键词：禾谷镰刀菌分泌蛋白生物信息学

氮饥饿环境中稻瘟病不同致病力菌株分泌蛋白的双向电泳图谱分析被引量：2: 2010年; 采用双向电泳技术研究了稻瘟病菌株Y99-63和Y98-16在氮饥饿条件下分泌蛋白群的组成及差异。在稻瘟病菌株Y99-63和菌株Y98-16分泌蛋白的2-DE图谱中分别检测出262±10和253±10个蛋白质点。其中有130个蛋白质点为菌株Y99-63特异表达,121个蛋白质点为Y98-16特异表达,132个蛋白质点为两菌株共同表达。在两菌株共同表达的表达量相差达5倍以上的有38个蛋白质点,其中有25个蛋白质点在菌株Y99-63表达量较大,有13个蛋白质点在菌株Y98-16表达量较大。生物信息学预测稻瘟病菌分泌蛋白的分子量在10～20 kDa以及等电点在5.0～5.5范围内蛋白质点数最多。菌株Y99-63特异表达分泌蛋白的分子量10～20 kDa范围内蛋白质点最多,菌株Y98-16特异表达分泌蛋白的分子量在20～30 kDa范围内蛋白质点数最多,两菌株共同表达的分泌蛋白分子量在10～20 kDa范围内蛋白质点数最多。菌株Y99-63特异表达分泌蛋白的等电点在5.5～6.0范围内蛋白质点数最多,菌株Y98-16特异表达分泌蛋白的等电点在4.5～5.0范围内蛋白质点数最多,两菌株共同表达分泌蛋白等电点在5.0～5.5范围内蛋白质点数最多。稻瘟病菌不同菌株在氮饥饿条件下产生的分泌蛋白有较大差异。; 蔡永占苏源孔垂思杨静刘林李成云; 关键词：稻瘟病菌分泌蛋白双向电泳

稻瘟菌基因组规模分泌蛋白的预测分析被引量：16: 2006年; 利用信号肽分析软件SignalP v3．0，亚细胞器蛋白定位软件TargetP v1．01，GPI-锚定位点软件big—PI Predictor和跨膜螺旋结构软件THMM-2．0这4个软件分析预测稻瘟菌12595个蛋白序列中有1134个分泌蛋白。编码这些蛋白的可读框（ORF）最小值为78bp，最大值为7849bp，平均1231bp。引导它们的信号肽长度介于15—45个氨基酸之间，平均为21个氨基酸。435个分泌蛋白具有功能描述，主要是与代谢有关的酶类。分析了其中降解细胞壁组分和与致病相关的酶类，提示在稻瘟菌侵染水稻不同阶段产生的关键酶及基因的功能需进一步研究。; 苏源李成云赵之伟周晓罡李进斌杨静刘林业艳芬; 关键词：稻瘟菌基因组信号肽分泌蛋白

稻瘟病菌ABC转运蛋白基因中SSR的分布及其功能预测被引量：1: 2011年; ABC转运蛋白在真菌的致病性方面起着重要的作用。本研究查找和分析了稻瘟病菌基因组中47个ABC转运蛋白基因的外显子区、内含子区、5-′UTR和3-′UTR区中的SSR,并对编码区中SSR的扩张或收缩对蛋白结构的影响进行了预测。结果表明,SSR在这些基因的调控区和编码区分布不均一,且在基因的外显子区、内含子区、5-′UTR和3-′UTR区中SSR的组成和分布均不相同;基因的编码区中三碱基和六碱基SSR相对较多,SSR的基序大都表现为GC含量较高,编码的亲水性氨基酸出现频率远远高于疏水性氨基酸。根据稻瘟病菌自然群体中SSR的变化幅度,预测了SSR的扩张或收缩对蛋白二级结构的影响,发现SSR的扩张或收缩都可能对蛋白的结构产生影响。暗示着SSR的变异在致病相关基因的变异中可能扮演着重要角色。; 刘林李成云杨静苏源吴晗徐玲胡燕玲; 关键词：稻瘟病菌 ABC转运蛋白蛋白二级结构

我国黑痣菌属Phyllachora 4个新记录种(英文): 2010年; Phyllachora keralensis Hosag.,Manian & Vasuki,J.Econ.Bot.12:422,1989.Fig.1 Leaf spots amphigenous,dark,blackened regions epiphyllous or on both sides of the leaves,sparse; 滕学琼李成云何慕涵张陶杨根华弓立伟张中义; 关键词：黑痣菌属生物学菌物

琼脂糖凝胶电泳在水稻EcoTILLING技术中的应用被引量：6: 2008年; 为构建低成本的基于琼脂糖凝胶电泳的EcoTILLING技术体系,用于水稻及其他生物自然群体变异的检测,对基于琼脂糖凝胶的EcoTILLING技术进行了优化。结果表明,从芹菜中提取的CELⅠ核酸酶粗提物结合琼脂糖凝胶电泳检测技术,可以成功地检测到目的基因位点的突变。利用该技术,在云南地方水稻品种大吊糯中检测到2个SNPs。; 张志刚谢勇李成云陆春明王云月朱有勇; 关键词：突变检测

稻瘟菌胞外蛋白的提取及电泳方法初探被引量：2: 2009年; 利用蛋白质组学研究方法对稻瘟菌的胞外蛋白进行分析，可以更好地了解该病原菌的生物学特性和致病机制。蛋白质样品制备和双向电泳，都是蛋白质组学研究的基础。采用冷冻干燥，透析结合法与三氯乙酸-脱氧胆酸钠沉淀法（TCA-DOC沉淀法）提取液体培养稻瘟菌得到的胞外蛋白，利用17cm pH3.0-10.0与17cm pH4.0-7.0两种pH梯度IPG胶条对同一样品进行第一向等电聚焦，12％ SDS-PAGE凝胶进行第二向电泳，银染后用PDQuest软件（V7.4）对电泳图谱进行分析。结果表明，在上述两种提取稻瘟菌胞外蛋白的方法中，TCA-DOC沉淀法具有较好的提取效果，应用该实验方法得到的蛋白质分布在pH4.0-7.0之间的点数达到621个，因此在双向电泳中，采用pH4.0-7.0的胶条具有较好的分辨率。; 常明苏源蔡永占孔垂思仓晓燕杨静刘林朱有勇李成云; 关键词：稻瘟菌胞外蛋白双向电泳

Polymorphism of microsatellite sequence within signal transduction coding genes in phytopathogenic fungus, Magnaporthe grisea: 2007年; Sixteen polymorphic microsatellite markers suitable for population genetic structure analysis and signal transduction coding genes variation measurement were developed for rice blast fungus, Magnaporthe grisea. Polymorphism was evaluated by using forty-six isolates collected from diverse geographical locations （including japonica grown zone, indica grown zone） and rice varieties. Preliminary results indicated that each locus resolved multiple alleles ranging from three to fourteen. The results showed that these SSR-containing genes are also polymorphic in the nature population.; LIU LinLI Cheng-yunYANG JingLI Jin-binSU YuanWANG Yun-yueZHU You-yong; 关键词：MICROSATELLITE

黑痣菌属Phyllachora三个中国新记录(英文): 2011年; 报道中国黑痣菌属3个新记录种,即小黑痣菌Phyllachora minutissima、宽椭圆黑痣菌Phyllachora platy elliptica和相邻黑痣菌Phyllachora contigua,寄主分别是白草,苞子草和崖豆藤,对其进行了描述;标本保藏于云南农业大学真菌标本室(MH YAU)。; 滕学琼李成云李晓玲张陶张中义; 关键词：黑痣菌属

国家重点基础研究发展计划(2006CB100202)

文献类型

领域

主题

机构

作者

传媒

年份

用户反馈

国家重点基础研究发展计划(2006CB100202)

文献类型

领域

主题

机构

作者

传媒

年份

用户登录

用户反馈