四川省应用基础研究计划项目(03JY029-040)
- 作品数：3 被引量：14H指数：3
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- 发文基金：四川省应用基础研究计划项目长江学者和创新团队发展计划国家自然科学基金更多>>
- 相关领域：农业科学生物学更多>>
- 伪狂犬病病毒基因组密码子用法特点分析被引量：6
- 2007年
- 本文根据GenBank收录的伪狂犬病病毒基因组序列,应用CHIPS、CUSP和CodonW在线程序,分别计算了伪狂犬病病毒基因组序列中各编码序列的有效密码子数目(ENc)、编码同一氨基酸的不同密码子的使用频率(Fract)和GC含量及GC3S含量。研究结果证实伪狂犬病病毒对一些密码子的使用存在明显的偏爱性,且主要偏爱于使用以G和C结尾的密码子;GC含量及GC3S含量分析表明,伪狂犬病的编码序列GC含量偏高,平均高达74.9%,特别是密码子的第三位碱基GC含量平均高达93.7%,分析认为GC3S含量可能是促使PRV密码子偏向性形成的原因之一。
- 杨丽郭万柱殷华平徐志文陈蕾
- 关键词：伪狂犬病病毒同义密码子生物信息学
- 伪狂犬病病毒主要毒力基因缺失后的免疫原性研究被引量：4
- 2008年
- 本试验研究伪狂犬病病毒(PRV)基因缺失疫苗株D1、D2和D3的免疫原性.对4周龄仔猪按不同剂量分别肌注接种D1、D2、D3后,于7、14d后采血;14d后用107PFU强毒株PRV Fa滴鼻攻毒所有试验猪,攻毒7d后检查PRV在猪体内器官的分布.基因缺失毒株接种后试验组仔猪体温略有升高,接种部位未发生炎性反应,不向外散毒.PRV Fa攻毒后试验组的仔猪体温稍有升高但不超过40℃,对照接毒组连续4d均超过40℃、有1头出现明显神经症状并死亡.强毒攻毒后,各剂量免疫组散毒均为2～3d,而对照组、同居猪散毒均为5d.对照组10个器官组织(大脑、小脑、三叉神经、心、肺、肝、肾、淋巴结、脾和扁桃体)均检测出PRV;D1组除大脑、小脑、肺脏外均检测出PRV;D2、D3组除大脑、小脑外,其它均检出PRV.免疫组的保护率均为100%,对照组为75%.试验结果表明D1、D2和D3能对接种猪提供充分的保护;攻毒后疫苗接种猪都向外排毒,但散毒天数均远低于对照组且未从同居感染猪中分离出病毒;D1、D2和D3是具有高度免疫原性且接种安全的基因缺失疫苗株.
- 阳爱国郭万柱徐志文石谦宋振辉
- 关键词：伪狂犬病免疫原性
- 影响伪狂犬病病毒同义密码子用法特点的因素分析被引量：4
- 2007年
- 为了充分了解伪狂犬病病毒基因组结构和病毒进化机制,计算伪狂犬病病毒各基因(组)Nc值、RSCU值、GC3s含量和双核苷酸组成,分析伪狂犬病病毒密码子用法特点.采用目前最普遍使用的多变量统计分析方法(对应分析)分析影响伪狂犬病病毒基因组同义密码子用法偏爱性的因素.结果表明:①在GC含量丰富的伪狂犬病病毒基因组中,所有基因都偏爱于以G或C结尾的密码子;②伪狂犬病病毒对CpG、CpC、GpC和GpG 4种双核苷酸具有显著偏爱性,而较少使用ApA、ApT、TpA和TpT 4种双核苷酸;③碱基组成限制、碱基突变压力、翻译选择和基因功能是形成伪狂犬病病毒密码子用法特点的4种因素.伪狂犬病病毒所有基因Nc-GC3s分布图显示有些基因如LLT ORF1、LLT ORF2等的偏向性完全是由于碱基的组成限制.GC3s-GC12s散点图则显示碱基突变和自然选择都是PRV密码子偏向性的形成因素.根据RSCU值进行的对应分析表明伪狂犬病病毒大多数基因密码子用法受基因表达水平和基因功能影响.综上所述,伪狂犬病病毒偏爱于G或C结尾的密码子,且碱基组成限制、碱基突变、翻译选择和基因功能是影响伪狂犬病病毒同义密码子用法特点的主要因素.
- 殷华平郭万柱徐志文杨丽
- 关键词：碱基突变翻译选择
