国家自然科学基金(31222031) 作品数:6 被引量:35 H指数:3 相关作者: 许琪 沙龙泽 沈岩 孙楠楠 梁振伟 更多>> 相关机构: 中国医学科学院北京协和医学院 北京协和医学院 中国医学科学院基础医学研究所 更多>> 发文基金: 国家自然科学基金 中央高校基本科研业务费专项资金 协和青年科研基金 更多>> 相关领域: 医药卫生 生物学 更多>>
外显子组测序在人类疾病中的应用 被引量:12 2014年 据估计,约85%的人类遗传变异集中在蛋白编码区,因此对全部的蛋白编码区(外显子组)进行重测序,可以快速、有效地鉴定人类疾病遗传变异。以往鉴定孟德尔遗传病的致病基因多采用连锁分析结合候选定位克隆的方法,不仅耗时长,而且成功率低。2009年,科学家第一次应用外显子组测序在4名弗里曼谢尔登综合征(常染色体显性遗传病)中发现了位于MYH3中的点突变,显示出外显子组测序在孟德尔遗传病致病基因鉴定中的强大功效。就复杂疾病而言,传统的关联研究,包括全基因组关联研究(GWAS),虽然鉴定了大量的常见变异,但对低频变异和罕见变异的检测能力十分有限;深度测序的发展为解决上述问题提供了良好的契机。文章就外显子组测序在人类疾病中的应用进行了综述。 饶书权 杜廷福 许琪关键词:复杂疾病 C57BL/6J小鼠慢性束缚应激抑郁症模型的建立 被引量:12 2015年 目的通过慢性束缚应激(CRS)建立C57BL/6J小鼠抑郁症模型。方法 C57BL/6J小鼠经体重、糖水偏好、旷场实验初筛后从中选择20只小鼠并随机分为正常对照(NC)组和CRS组2组,每组10只。对CRS组小鼠进行连续21 d,每天4 h的束缚刺激,并最终进行糖水偏好检测和强迫游泳检测。结果 CRS组小鼠在水中不动的时间为(131.70±21.65)s,明显长于NC组的(68.88±8.43)s(P=0.0304)。CRS组小鼠0~24 h和0~48 h的糖水偏好百分比分别为(66.21±3.24)%和(73.25±1.50)%,均明显低于NC组的(79.46±3.85)%(P=0.0196)和(80.20±2.26)%(P=0.0248)。结论通过慢性束缚应激成功建立C57BL/6J小鼠抑郁症模型。 孙楠楠 沙龙泽 许琪关键词:抑郁症 慢性束缚应激 C57BL/6J小鼠 对胆囊收缩素受体A基因进行深度测序寻找精神分裂症相关位点 2014年 目的对与精神分裂症相关的胆囊收缩素受体A基因(CCKAR)进行深度测序,寻找精神分裂症相关位点。方法采用Haloplex目标富集系统对8个病例样本与8个正常对照样本进行CCKAR区域的深度测序,利用IGV软件去除结果中的假阳性,然后利用Unphased软件进行分析。结果深度测序后得到103个变异位点,其中30个变异位点位于CCKAR基因上,发现了可能与精神分裂症相关的位点rs191275118。结论发现了新的可能与精神分裂症相关的位点,对CCKAR基因研究资料进行了补充。 陈凤萍 吴霖 沈岩 许琪关键词:精神分裂症 变异位点 CCAAT/增强子结合蛋白同源蛋白与钙联蛋白在内侧颞叶癫痫模型小鼠海马中的表达 被引量:1 2016年 目的观察CCAAT/增强子结合蛋白同源蛋白(CHOP)及钙联蛋白(CNX)在内侧颞叶癫痫小鼠海马区域中表达的时间和空间分布。方法采用海人酸(KA)诱导内侧颞叶癫痫小鼠模型,免疫印迹和免疫荧光技术检测CHOP和CNX在急性期(12、24 h)小鼠海马CA3区的表达量及分布差异,并与注射PBS的正常小鼠进行对照。结果免疫印迹检测结果显示,KA注射后12 h小鼠海马中的CHOP(F=1.136,P=0.4069)和CNX表达量(F=2.378,P=0.2087)与对照组差异没有统计学意义,KA注射后24 h注射侧海马中的CHOP(F=8.510,P=0.0362)和CNX表达量(F=6.968,P=0.0497)明显高于对照组。免疫荧光结果显示,KA注射后12 h CHOP的表达主要集中于CA3区,注射后24 h在CA1和CA3区表达水平均升高;KA注射后24 h CHOP蛋白(F=24.480,P=0.0057)和CNX蛋白(F=7.149,P=0.0478)的表达量显著高于对照组。结论伴随着癫痫发作的产生,CHOP蛋白表达量上升,提示神经元内质网应激水平不断增加,可能需要更多CNX作为分子伴侣帮助更多未折叠蛋白完成折叠过程。 沙志强 沙龙泽 许琪关键词:内侧颞叶癫痫 通过CRISPR/Cas9系统敲除人源PDE10A基因 被引量:7 2014年 目的建立敲除基因组中PDE10A基因的CRISPR/Cas9系统。方法设计3个长20bp的sgRNA,分别靶向PDE10A的exon 6、exon 7和exon 11。化学合成sgRNA寡核苷酸序列,并克隆进PX330质粒中。将克隆正确的质粒PX330-sgRNA转染至HEK293T细胞中,提取基因组DNA并对敲除位点附近的DNA片段进行PCR扩增,再通过SURVEYOR分析和一代测序对敲除效率进行检测。最后采用有限稀释法挑选稳定敲除PDE10A的HEK 293T细胞株。结果目的sgRNA寡核苷酸双链成功插入PX330质粒中且序列正确;靶向Exon 7的sgRNA可成功敲除PDE10A,且敲除效率高达31.4%;稳定敲除PDE10A的细胞株筛选成功,可导致2 bp缺失。结论PDE10A基因CRISPR/Cas9敲除系统构建成功。 梁振伟 饶书权 沈岩 许琪关键词:CRISPR 重性抑郁障碍易感基因EHD3与疾病认知功能相关 被引量:3 2014年 目的探讨EHD3基因与重性抑郁障碍(MDD)患者认知功能的相关性。方法以47例MDD患者与40例正常对照者为研究对象,分析其认知功能的差异,然后将MDD患者的各项量表得分作为数量性状,采用UNPHASED软件的数量性状模块,分析认知功能与EHD3基因多态性的相关性。结果 MDD组WAIS-RC和WMS-R量表的各项评分均显著低于正常对照组(P均<0.05)。EHD3基因的rs3769621等位基因及基因型分别与WAIS-RC图形拼凑原始分(χ2=10.561,P=0.001;χ2=7.922,P=0.019)和图形拼凑量表分(χ2=12.627,P=0.00038;χ2=11.775,P=0.0027),以及WMS-R心智(1-100)原始分(χ2=8.762,P=0.003;χ2=17.399,P=0.00016)和心智(1-100)量表分(χ2=10.356,P=0.001;χ2=14.958,P=0.00056)显著相关;经过Bonferroni法校正后,上述结果差异仍显著。结论在中国北方汉族人群中,EHD3基因可能与MDD认知功能内表型相关。 王乐 石翠娟 许琪关键词:重性抑郁障碍