浙江省自然科学基金(X307603)
- 作品数：3 被引量：19H指数：3
- 相关作者：王丽鸳成浩韦康张成才谭礼强更多>>
- 相关机构：中国农业科学院茶叶研究所四川农业大学云南省农业科学院更多>>
- 发文基金：浙江省自然科学基金国家现代农业产业技术体系建设项目中央级公益性科研院所基本科研业务费专项更多>>
- 相关领域：生物学农业科学更多>>
- SNaPshot技术检测茶树SNP研究被引量：6
- 2014年
- 为了提高茶树 SNPs 分型效率，促进 SNPs 在茶树遗传育种中的应用，研究了 SNaPshot 技术进行茶树SNPs分型的可行性。从实验室前期确证的SNPs中，选择10个作为目标SNPs；使用SNaPshot技术在不同的茶树品种中进行分型；然后，对分型结果进行比对和统计，以验证 SNaPshot 技术检测茶树 SNPs 的准确性、重复性以及在茶树遗传多样性分析等方面的可用性。结果发现，6个 SNPs分型结果与测序结果一致，准确率为60%；目标SNPs在龙井43及其重复实验中的分型结果完全一致；6个SNPs的等位基因数都是2，期望杂合度（He）介于0.37～0.52，观测杂合度（Ho）介于0.32～0.74，多态性信息含量（PIC）介于0.36～0.50；结果表明，SNaPshot技术对茶树SNPs的分型准确性高、重复性好，可以用于茶树遗传多样性分析以及茶树遗传图谱构建等方面的研究。
- 张成才谭礼强王丽鸳韦康成浩
- 关键词：茶树
- 基于茶树SNP的dCAPS标记体系研究被引量：5
- 2012年
- 从茶树EST序列中搜寻出候选SNPs位点,在候选SNPs两侧设计测序引物进行PCR扩增,并对扩增产物双向测序验证;然后从每个扩增子中选择一个确证的SNPs,设计dCAPS引物,并进行扩增和酶切验证,将SNPs转化为dCAPS标记;最后,在长叶白毫×福鼎大白的F1群体中检测了标记的分离情况。结果发现,20对测序引物中有11对扩增成功,共确证了17个SNPs,占检测总数的54.8%;在设计的11对dCAPS引物中,有8对在长叶白毫、福鼎大白和龙井43等8个品种中表现出多态性,成功转化为dCAPS标记,转化成功率72.7%;8个dCAPS标记中的DCC229和DCC371在长叶白毫和福鼎大白之间表现有多态性,经检测,它们在这2个品种的F1群体中均符合孟德尔1︰1分离。
- 张成才王丽鸳韦康成浩包云秀刘本英汪云刚
- 关键词：茶树ESTSNP
- 茶树EST-SNP分布特征及标记开发被引量：11
- 2012年
- 对NCBI网上公开的12757条茶树ESTs序列进行聚类,成功构建了茶树的独立基因(Unigene)数据库,发现茶树的EST序列冗余率约为68.2%。初步建立了茶树EST-SNP标记开发体系,明确了茶树EST中SNP的分布规律,茶树编码区的SNP发生频率约为0.58%,平均200bp就有1个SNP位点,并进一步推算出茶树基因组DNA序列的杂合率约为0.38%,平均300个碱基就可能出现1个杂合位点。从237个多基因聚类簇中发现了818个SNP候选位点,设计了25对SNP引物进行DNA重测序验证,发现EST-SNP候选位点的多态检出率为75%。
- 王丽鸳张成才成浩韦康
- 关键词：茶树表达序列标签
