国家高技术研究发展计划(2012AA020403)
- 作品数：4 被引量：8H指数：1
- 相关作者：李翰林彭波卢本卓姚志强汤晓芒更多>>
- 相关机构：中国科学院数学与系统科学研究院南京工业大学华东理工大学更多>>
- 发文基金：国家高技术研究发展计划国家自然科学基金国家重点实验室开放基金更多>>
- 相关领域：理学自动化与计算机技术化学工程更多>>
- 褐黄孢链霉菌HBJ591纳他霉素高效发酵工艺研究
- 2012年
- 本文以褐黄孢链霉菌HBJ591为基础,研究了补糖工艺对纳他霉素发酵的影响,结合发酵培养基的优化,实现了纳他霉素的高产发酵。结果表明,维持发酵罐中还原糖浓度为2.5%,能有效延长纳他霉素的合成时间。通过响应曲面法对褐黄孢链霉菌HBJ591菌株的发酵培养基进行优化后,结合补糖工艺,在16 L发酵罐中进行补料分批发酵,纳他霉素的发酵水平达到15.7 g/L,比原始发酵工艺的效价提高4.8倍。
- 宋慧婷邓锐江正兵
- 关键词：纳他霉素响应曲面法补料发酵
- 通过分析来自Pyrococcus abyssi的腈水解酶中带电基团位置变化探讨蛋白耐热机制被引量：1
- 2012年
- 蛋白含带电侧链基团的氨基酸的位置对蛋白质的热稳定性有很大的影响,目前,往往采用蛋白质结构模型"静态"分析这一影响。本文以1株耐热的腈水解酶作为研究对象,构建并异源表达了该酶,对其酶学性质进行初步分析。利用Discovery Studio对该酶进行同源建模,得到空间结构。将此空间结构利用Gromacs软件在不同温度下进行分子动力学(MD)模拟,使用Macrodox软件计算蛋白质所有带电氨基酸残基的包埋率与溶剂可接触性面积(SA),发现在不同温度下,部分氨基酸带电基团的SA值会发生显著变化。说明通过静态分析并不一定能够得到非常准确的结果,而应进行动态分析。
- 汤晓芒张鲁嘉崔东冰姚志强王学东魏东芝
- 关键词：同源建模分子动力学腈水解酶热稳定性
- 生物分子模拟中的静电计算被引量：7
- 2015年
- 在分子尺度上对生物系统的研究主要通过模拟生物分子间的相互作用来完成.在众多的分子间相互作用中,静电相互作用及其重要,对它的定量计算是了解生物分子的溶剂化效应、生物分子折叠和酶催化作用等的一个中心课题.本综述着重介绍用于计算溶剂化效应的泊松-玻尔兹曼模型,包括模型的理论基础、发展历程、数值求解方法、及在分子生物学研究中的应用等.同时,也介绍泊松-玻尔兹曼模型的一种近似模型,广义玻恩模型.
- 彭波李翰林卢本卓
- 关键词：溶剂化效应边界元有限元
- Blogel-SPINAL:分布式PPI网络比对算法
- 2016年
- 高通量技术的发展使蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络的规模日益增大,需要高速算法对其进行全局比对。为此,分析集中式全局比对算法SPINAL,将该算法中耗时超过95%的计算估计值阶段移植到分布式平台Blogel下运算,求比对图阶段则仍保持集中式运算,以此得到Blogel-SPINAL算法。理论分析和实验结果表明,与SPINAL相比,Blogel-SPINAL能提升比对速度,具有较好的扩展性。
- 周文剑靳婷
- 关键词：分布式计算积图可扩展性
