新疆维吾尔自治区科技支疆项目(201191248)
- 作品数：2 被引量：8H指数：2
- 相关作者：周素娟高眉扬何纳芮宝玲王昌敏更多>>
- 相关机构：新疆维吾尔自治区人民医院复旦大学乌鲁木齐市疾病预防控制中心更多>>
- 发文基金：新疆维吾尔自治区科技支疆项目更多>>
- 相关领域：医药卫生更多>>
- 新疆维吾尔族HIV-1感染者gag基因序列分型研究被引量：6
- 2012年
- 目的通过扩增新疆地区HIV-1感染者gag基因片段,确定HIV-1感染者流行株的基因亚型。方法抽提88例新疆乌鲁木齐市和伊宁市HIV-1感染者的血浆标本的RNA,用巢式PCR扩增gag基因片段,将所得到的序列与国际标准株进行比较,确定被检标本的亚型。结果在88例HIV感染者的血浆标本中,共成功扩增57例gag基因片段,扩增率为64.8%。经BLAST初步判断和构建进化树并与国际标准株比对确认,57例感染者感染的HIV毒株序列中,有56个为CRF07_BC亚型,1例为C亚型。57例毒株之间的平均基因距离为0.043±0.003,与3例CRF07_BC亚型国际参考株之间的平均基因距离在0.034±0.004-0.039±0.005之间。结论新疆地区HIV-1感染者以CRF07_BC亚型为主要流行株。57例序列相互之间以及与3株不同来源的国际参考毒株之间表现出高度的同源性。
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- 关键词：HIV感染者GAG基因分型巢式PCR
- 新疆地区人类免疫缺陷病毒-1感染者CRF07-BC流行毒株gag基因遗传特性被引量：2
- 2014年
- 目的分析新疆地区HIV-1感染者中流行的单-亚型CRF07-BC毒株的gag基因遗传特性。方法对35例CRF07-BC亚型的HIV-1感染者分别于2011年9月（T1时间点）、2012年5月（T2时间点）、2013年2月（T3时间点）和2013年10月（T4时间点）4个时间点采集全血标本。为排除不同程度免疫功能对HIV-1基因变异的影响，使用流式细胞仪进行CD4＋T淋巴细胞计数，并按照CD4’T淋巴细胞〈200／pL（重度免疫抑制）、200～500／pL（中度免疫抑制）和〉500／pL（无免疫抑制）分为不同免疫功能的3组。抽提标本RNA，套式PCR扩增gag基因片段，最终将3组研究对象得到的4次序列进行基因离散率和进化树分析，并使用BEAST软件估算该地区CRF07-BC流行毒株的最近共同祖先株形成时间和平均进化速率。为排除HARRT对HIV-1基因变异影响，对HARRT组和非HARRT组进行基因离散率分析。结果3组不同免疫功能的研究对象均呈现出在T1、T2、T3、T4时间点的组内和组间基因离散率依次升高的趋势。HARRT组和非HARRT组也均呈现出在T1、T2、T3、T4时间点的组内和组间基因离散率依次升高的趋势。进化树分析显示，同一样本的几次序列在进化树上聚集成一簇，大部分毒株均在T4时间点上独立分出一支；其最近共同祖先株形成时间为10．9年E95％最高后验密度（HPD）：2．O～22．2年]，平均进化速率为1．34×10。替换·位点-1·年-1（95％HPD：5．16×10-4-2．23×10。替换·位点-1·年-1）。结论新疆地区HIV-1感染者CRF07-BC亚型毒株会随着在一个地区流行时间的延长，加大该地区同一亚型内的基因离散率；CRF07-BC单-亚型内病毒株的gag基因进化速率相对文献报道的略慢。
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- 关键词：基因产物GAG进化速率
